seq1 = pF1KB5973.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB5973/gi568815593r_1777972.tfa (gi568815593r:1777972_1982647), 204676 bp

>pF1KB5973 1557
>gi568815593r:1777972_1982647 (Chr5)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-297  (100589-100840)   100% ->
298-407  (101814-101923)   100% ->
408-736  (102816-103144)   100% ->
737-1557  (103856-104676)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTACCCGCAGTTTGGATACCCCTACTCCTCGGCTCCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGTCCTACCCGCAGTTTGGATACCCCTACTCCTCGGCTCCCCAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     TTCTTGATGGCCACCAACTCCCTGAGCACGTGCTGCGAGTCCGGAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGTTCTTGATGGCCACCAACTCCCTGAGCACGTGCTGCGAGTCCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGCACGCTGGCGGACTCCGGGCCCGCCGCCTCGGCCCAGGCGCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 GCCGCACGCTGGCGGACTCCGGGCCCGCCGCCTCGGCCCAGGCGCCGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTGCCCGGTCTACGAGAGCCGGCTGCTGGCCACCGCGCGCCACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100685 TACTGCCCGGTCTACGAGAGCCGGCTGCTGGCCACCGCGCGCCACGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACTCGGCCGCGGCGCTGGGCGTCTATGGGGGTCCCTATGGCGGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100735 CAACTCGGCCGCGGCGCTGGGCGTCTATGGGGGTCCCTATGGCGGATCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCTATGGCAACTACGTGACCTACGGCTCGGAGGCGTCCGCCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100785 AGGGCTATGGCAACTACGTGACCTACGGCTCGGAGGCGTCCGCCTTCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCGCTG         AACAGCTTTGATTCCAAGGATGGTTCGGGATCTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100835 TCGCTGGTA...CAGAACAGCTTTGATTCCAAGGATGGTTCGGGATCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCATGGGGGCCTGGCACCAGCCGCTGCCGCCTACTACCCTTACGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 GCATGGGGGCCTGGCACCAGCCGCTGCCGCCTACTACCCTTACGAGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCTGGGCCAGTACCCCTATGACAG         GTATGGAACCATGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101899 CTCTGGGCCAGTACCCCTATGACAGGTG...CAGGTATGGAACCATGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCGGCACGCGGCGCAAGAACGCCACGCGCGAGACCACCAGCACGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 AGCGGCACGCGGCGCAAGAACGCCACGCGCGAGACCACCAGCACGCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCTGGCTGCAGGAGCACCGCAAGAACCCCTACCCCACCAAGGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 GGCCTGGCTGCAGGAGCACCGCAAGAACCCCTACCCCACCAAGGGCGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGATCATGCTGGCCATCATCACCAAGATGACCCTCACACAGGTCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 AGATCATGCTGGCCATCATCACCAAGATGACCCTCACACAGGTCTCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGTTCGCCAACGCGCGCCGGCGCCTCAAGAAGGAGAACAAGATGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 TGGTTCGCCAACGCGCGCCGGCGCCTCAAGAAGGAGAACAAGATGACGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCGCCGCGGAACAAGTGCGCAGACGAGAAGCGGCCCTACGCGGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 GCCGCCGCGGAACAAGTGCGCAGACGAGAAGCGGCCCTACGCGGAGGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGAGGAGGAGGGGGGCGAGGAGGAGGCGCGGGAGGAGCCCCTCAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103082 AGGAGGAGGAGGGGGGCGAGGAGGAGGCGCGGGAGGAGCCCCTCAAGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCAAGAACGCAG         AGCCCGTGGGCAAAGAGGAGAAGGAGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103132 TCCAAGAACGCAGGTG...CAGAGCCCGTGGGCAAAGAGGAGAAGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAGCTTAGTGACTTGGACGACTTCGACCCGCTGGAAGCAGAGCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103884 GGAGCTTAGTGACTTGGACGACTTCGACCCGCTGGAAGCAGAGCCGCCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CGTGCGAGCTGAAGCCGCCCTTCCACTCCCTGGACGGCGGTCTGGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103934 CGTGCGAGCTGAAGCCGCCCTTCCACTCCCTGGACGGCGGTCTGGAGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTCCCCGCCGCGCCCGACGGCCCGGTCAAGGAGGCCTCAGGCGCGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103984 GTCCCCGCCGCGCCCGACGGCCCGGTCAAGGAGGCCTCAGGCGCGCTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GATGTCTCTGGCCGCGGGTGGCGGAGCTGCTCTGGACGAGGACCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104034 GATGTCTCTGGCCGCGGGTGGCGGAGCTGCTCTGGACGAGGACCTGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGGCCCGGAGCTGTCTCCGCAGCGCGGCGGCCGGGCCGGAGCCACTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104084 GGGCCCGGAGCTGTCTCCGCAGCGCGGCGGCCGGGCCGGAGCCACTGCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGCGCAGAGGGCGGCCCTCAGGTCTGCGAGGCCAAGCTGGGGTTTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104134 GGCGCAGAGGGCGGCCCTCAGGTCTGCGAGGCCAAGCTGGGGTTTGTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGCGGGGGCGTCGGCAGGCCTGGAGGCTAAGCCGCGTATCTGGTCCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 104184 GGCGGGGGCGTCGGCAGGCCTGGAGGCTAAGCCGCGCATCTGGTCCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCCACACAGCCACCGCCGCTGCCGCCGCCGCCACCTCCCTGAGCCAGACT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 104234 CCCACACAGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCCACCTCCCTGAGCCAGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGTTTCCGTCGTGCATGCTCAAGCGCCAAGGTCCCGCGGCCCCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104284 GAGTTTCCGTCGTGCATGCTCAAGCGCCAAGGTCCCGCGGCCCCTGCGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGTGTCCTCCGCGCCCGCCACGTCCCCGTCTGTGGCCCTTCCCCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104334 TGTGTCCTCCGCGCCCGCCACGTCCCCGTCTGTGGCCCTTCCCCACTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCGCCCTGGACAGGCACCAGGACTCCCCGGTAACCAGTCTCAGAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104384 GCGCCCTGGACAGGCACCAGGACTCCCCGGTAACCAGTCTCAGAAACTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GTGGACGGGGTCTTCCACGACCCCATCCTCAGGCACAGCACTTTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104434 GTGGACGGGGTCTTCCACGACCCCATCCTCAGGCACAGCACTTTGAACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GGCCTGGGCCACCGCCAAGGGCGCCCTCCTGGACCCCGGGCCTCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104484 GGCCTGGGCCACCGCCAAGGGCGCCCTCCTGGACCCCGGGCCTCTGGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCTCGCTGGGGGCGGGCGCGAACGTGCTGACTGCACCCCTGGCCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104534 GCTCGCTGGGGGCGGGCGCGAACGTGCTGACTGCACCCCTGGCCCGCGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTTCCGCCTGCCGTGCCCCAGGACGCCCCAGCTGCAGGCGCCGCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104584 TTTCCGCCTGCCGTGCCCCAGGACGCCCCAGCTGCAGGCGCCGCCAGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCTGCTCGCCCTGCCCAAGGCCGGCGGCAAACCCTTCTGCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104634 GCTGCTCGCCCTGCCCAAGGCCGGCGGCAAACCCTTCTGCGCC