seq1 = pF1KB5971.tfa, 1554 bp
seq2 = pF1KB5971/gi568815575f_54900423.tfa (gi568815575f:54900423_55107432), 207010 bp

>pF1KB5971 1554
>gi568815575f:54900423_55107432 (ChrX)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-241  (101124-101207)   100% ->
242-422  (101829-102009)   100% ->
423-569  (102540-102686)   100% ->
570-639  (103377-103446)   100% ->
640-1554  (106096-107010)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCGCGTGGTGAGCTGGAACATCAATGGGATTCGGAGACCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCGCGTGGTGAGCTGGAACATCAATGGGATTCGGAGACCCCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGTGGCAAATCAGGAACCCAGCAACTGTGCCGCCGTGGCCGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGTGGCAAATCAGGAACCCAGCAACTGTGCCGCCGTGGCCGTGGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATTTTGGACGAGCTGGATGCGGATATCGTCTGTCTCCAGGAAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATTTTGGACGAGCTGGATGCGGATATCGTCTGTCTCCAGGAAACCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGACCA         GGGATGCACTGACAGAGCCCCTGGCTATCGTTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGACCAGTG...CAGGGGATGCACTGACAGAGCCCCTGGCTATCGTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGTTATAACTCCTATTTCAGCTTCAGCCGCAACCGTAGCGGCTATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101158 GGGTTATAACTCCTATTTCAGCTTCAGCCGCAACCGTAGCGGCTATTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          GTGTAGCCACCTTCTGTAAGGACAATGCTACCCCAGTGGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101208 GTA...CAGGTGTAGCCACCTTCTGTAAGGACAATGCTACCCCAGTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGAAGAAGGCCTGAGTGGCCTGTTTGCCACCCAGAATGGGGATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101870 GCTGAAGAAGGCCTGAGTGGCCTGTTTGCCACCCAGAATGGGGATGTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGCTATGGAAACATGGATGAGTTTACCCAAGAGGAACTCCGGGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101920 TTGCTATGGAAACATGGATGAGTTTACCCAAGAGGAACTCCGGGCTCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAGTGAGGGCAGGGCCCTCCTCACACAGCATAAGATCCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101970 ATAGTGAGGGCAGGGCCCTCCTCACACAGCATAAGATCCGGTA...CAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACATGGGAAGGTAAGGAGAAGACCTTGACCCTAATCAACGTGTACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 ACATGGGAAGGTAAGGAGAAGACCTTGACCCTAATCAACGTGTACTGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATGCGGACCCTGGGAGGCCTGAGCGGCTAGTCTTTAAGATGCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 CCATGCGGACCCTGGGAGGCCTGAGCGGCTAGTCTTTAAGATGCGCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCGTTTGCTGCAAATCCGAGCAGAAGCCCTCCTGGCGGCAGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102641 ATCGTTTGCTGCAAATCCGAGCAGAAGCCCTCCTGGCGGCAGGCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570      CCATGTGATCATTCTGGGTGACCTGAATACAGCCCACCGCCCCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 ..CAGCCATGTGATCATTCTGGGTGACCTGAATACAGCCCACCGCCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGACCACTGGGATGCAGTCAACCTG         GAATGCTTTGAAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103422 TGACCACTGGGATGCAGTCAACCTGGTA...TAGGAATGCTTTGAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCCAGGGCGCAAGTGGATGGACAGCTTGCTCAGTAACTTGGGGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106112 ACCCAGGGCGCAAGTGGATGGACAGCTTGCTCAGTAACTTGGGGTGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGCCTCTCATGTAGGGCCCTTCATCGATAGCTACCGCTGCTTCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106162 TCTGCCTCTCATGTAGGGCCCTTCATCGATAGCTACCGCTGCTTCCAACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAGCAGGAGGGGGCCTTCACCTGCTGGTCAGCAGTCACTGGCGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106212 AAAGCAGGAGGGGGCCTTCACCTGCTGGTCAGCAGTCACTGGCGCCCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCTCAACTATGGCTCCCGGCTTGACTATGTGCTGGGGGACAGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106262 ATCTCAACTATGGCTCCCGGCTTGACTATGTGCTGGGGGACAGGACCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTCATAGACACCTTTCAGGCCTCTTTCCTGCTGCCTGAGGTGATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106312 GTCATAGACACCTTTCAGGCCTCTTTCCTGCTGCCTGAGGTGATGGGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGACCACTGCCCTGTGGGTGCAGTCTTGAGTGTGTCCTCTGTGCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106362 TGACCACTGCCCTGTGGGTGCAGTCTTGAGTGTGTCCTCTGTGCCTGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AACAGTGCCCACCTCTGTGCACCCGCTTCCTCCCTGAGTTTGCAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106412 AACAGTGCCCACCTCTGTGCACCCGCTTCCTCCCTGAGTTTGCAGGCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGCTCAAGATCCTTCGCTTCCTAGTTCCTCTCGAACAAAGTCCTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106462 CAGCTCAAGATCCTTCGCTTCCTAGTTCCTCTCGAACAAAGTCCTGTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGAGCAGTCGACGCTGCAGCACAACAATCAAACCCGGGTACAGACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106512 GGAGCAGTCGACGCTGCAGCACAACAATCAAACCCGGGTACAGACATGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAAACAAAGCCCAAGTGCGCTCAACCAGGCCTCAGCCCAGTCAGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106562 AAAACAAAGCCCAAGTGCGCTCAACCAGGCCTCAGCCCAGTCAGGTTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCTAGCAGAGGCCAGAAAAACCTGAAGAGCTACTTTCAGCCCTCCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106612 TCTAGCAGAGGCCAGAAAAACCTGAAGAGCTACTTTCAGCCCTCCCCTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTGTCCCCAAGCCTCTCCTGACATAGAGCTGCCTAGCCTACCACTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106662 CTGTCCCCAAGCCTCTCCTGACATAGAGCTGCCTAGCCTACCACTGATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GCGCCCTCATGACCCCGAAGACTCCAGAAGAGAAGGCAGTGGCCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106712 GCGCCCTCATGACCCCGAAGACTCCAGAAGAGAAGGCAGTGGCCAAAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GTGAAGGGGCAGGCCAAGACTTCAGAAGCCAAAGATGAGAAGGAGTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106762 GTGAAGGGGCAGGCCAAGACTTCAGAAGCCAAAGATGAGAAGGAGTTACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GACCTCATTCTGGAAGTCTGTGCTGGCGGGGCCCTTGCGCACACCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106812 GACCTCATTCTGGAAGTCTGTGCTGGCGGGGCCCTTGCGCACACCCCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GTGGGGGCCACAGGGAGCCATGTGTGATGCGTACTGTGAAGAAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106862 GTGGGGGCCACAGGGAGCCATGTGTGATGCGTACTGTGAAGAAGCCAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CCCAACTTGGGCCGCCGCTTCTACATGTGTGCCAGGCCCCGGGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106912 CCCAACTTGGGCCGCCGCTTCTACATGTGTGCCAGGCCCCGGGGTCCTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1506 CACTGACCCCTCCTCCCGGTGCAACTTCTTCCTCTGGAGCAGGCCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106962 CACTGACCCCTCCTCCCGGTGCAACTTCTTCCTCTGGAGCAGGCCCAGC