seq1 = pF1KB5966.tfa, 1665 bp
seq2 = pF1KB5966/gi568815592r_160117435.tfa (gi568815592r:160117435_160358757), 241323 bp

>pF1KB5966 1665
>gi568815592r:160117435_160358757 (Chr6)

(complement)

1-414  (100001-100414)   100% ->
415-518  (102041-102144)   100% ->
519-673  (108056-108210)   100% ->
674-842  (109374-109542)   99% ->
843-957  (111460-111574)   100% ->
958-1064  (113213-113319)   100% ->
1065-1279  (114972-115186)   100% ->
1280-1388  (116356-116464)   100% ->
1389-1501  (117172-117284)   100% ->
1502-1601  (133954-134053)   99% ->
1602-1665  (141260-141323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCACCACCGTGGACGATGTCCTGGAGCATGGAGGGGAGTTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCACCACCGTGGACGATGTCCTGGAGCATGGAGGGGAGTTTCACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCAGAAGCAAATGTTTTTCCTCTTGGCTCTGCTCTCGGCTACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCAGAAGCAAATGTTTTTCCTCTTGGCTCTGCTCTCGGCTACCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCCATCTACGTGGGCATCGTCTTCCTGGGCTTCACCCCTGACCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCCCATCTACGTGGGCATCGTCTTCCTGGGCTTCACCCCTGACCACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCGGAGCCCCGGAGTGGCCGAGCTGAGTCTGCGCTGCGGCTGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCGGAGCCCCGGAGTGGCCGAGCTGAGTCTGCGCTGCGGCTGGAGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCAGAGGAACTGAACTACACGGTGCCGGGCCCAGGACCTGCGGGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCAGAGGAACTGAACTACACGGTGCCGGGCCCAGGACCTGCGGGCGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTCCCCAAGACAGTGTAGGCGCTACGAGGTGGACTGGAACCAGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTCCCCAAGACAGTGTAGGCGCTACGAGGTGGACTGGAACCAGAGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCGACTGCGTGGACCCCCTGGCCAGCCTGGACACCAACAGGAGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCGACTGCGTGGACCCCCTGGCCAGCCTGGACACCAACAGGAGCCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCACTGGGCCCCTGCCGGGACGGCTGGGTGTACGAGACGCCTGGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCACTGGGCCCCTGCCGGGACGGCTGGGTGTACGAGACGCCTGGCTCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATCGTCACCGAG         TTTAACCTGGTATGTGCCAACTCCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATCGTCACCGAGGTA...CAGTTTAACCTGGTATGTGCCAACTCCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGTTGGACCTATTCCAGTCATCAGTGAATGTAGGATTCTTTATTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 ATGTTGGACCTATTCCAGTCATCAGTGAATGTAGGATTCTTTATTGGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TATGAGTATCGGCTACATAGCAGACAG         GTTTGGCCGTAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102118 TATGAGTATCGGCTACATAGCAGACAGGTA...CAGGTTTGGCCGTAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGCCTCCTAACTACAGTCCTCATAAATGCTGCAGCTGGAGTTCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108070 TCTGCCTCCTAACTACAGTCCTCATAAATGCTGCAGCTGGAGTTCTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCATTTCCCCAACCTATACGTGGATGTTAATTTTTCGCTTAATCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108120 GCCATTTCCCCAACCTATACGTGGATGTTAATTTTTCGCTTAATCCAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACTGGTCAGCAAAGCAGGCTGGTTAATAGGCTACATCCTGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108170 ACTGGTCAGCAAAGCAGGCTGGTTAATAGGCTACATCCTGAGTA...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTACAGAATTTGTTGGGCGGAGATATCGGAGAACAGTGGGGATTTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109374 TTACAGAATTTGTTGGGCGGAGATATCGGAGAACAGTGGGGATTTTTTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAAGTTGCCTATACAGTTGGGCTCCTGGTGCTAGCTGGGGTGGCTTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109424 CAAGTTGCCTATACAGTTGGGCTCCTGGTGCTAGCTGGGGTGGCTTACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ACTTCCTCACTGGAGGTGGTTGCAGTTCACAGTTGCTCTGCCCAACTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 109474 ACTTCCTCACTGGAGGTGGTTGCAGTTCACAGTTTCTCTGCCCAACTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTTCTTGCTCTATTACTG         GTGCATACCTGAGTCTCCCAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109524 TCTTCTTGCTCTATTACTGGTA...TAGGTGCATACCTGAGTCTCCCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGGCTGATCTCCCAGAATAAGAATGCTGAAGCCATGAGAATCATTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111482 TGGCTGATCTCCCAGAATAAGAATGCTGAAGCCATGAGAATCATTAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATCGCAAAGAAAAATGGAAAATCTCTACCCGCCTCCCTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111532 CATCGCAAAGAAAAATGGAAAATCTCTACCCGCCTCCCTTCAGGTG...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958   CGCCTGAGACTTGAAGAGGAAACTGGCAAGAAATTGAACCCTTCATTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113211 AGCGCCTGAGACTTGAAGAGGAAACTGGCAAGAAATTGAACCCTTCATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTGACTTGGTCAGAACTCCTCAGATAAGGAAACATACTATGATATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113261 CTTGACTTGGTCAGAACTCCTCAGATAAGGAAACATACTATGATATTGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GTACAACTG         GTTCACGAGCTCTGTGCTCTACCAGGGCCTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113311 GTACAACTGGTA...CAGGTTCACGAGCTCTGTGCTCTACCAGGGCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCATGCACATGGGCCTTGCAGGTGACAATATCTACCTGGATTTCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115004 TCATGCACATGGGCCTTGCAGGTGACAATATCTACCTGGATTTCTTCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTGCCCTGGTTGAATTCCCAGCTGCCTTCATGATCATCCTCACCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115054 TCTGCCCTGGTTGAATTCCCAGCTGCCTTCATGATCATCCTCACCATCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCGCATCGGACGCCGTTACCCTTGGGCTGCATCAAATATGGTTGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115104 CCGCATCGGACGCCGTTACCCTTGGGCTGCATCAAATATGGTTGCAGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAGCCTGTCTGGCCTCAGTTTTTATACCTGGTG         ATCTACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115154 CAGCCTGTCTGGCCTCAGTTTTTATACCTGGTGGTA...TAGATCTACAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TGGCTAAAAATTATTATCTCATGCTTGGGAAGAATGGGGATCACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116364 TGGCTAAAAATTATTATCTCATGCTTGGGAAGAATGGGGATCACAATGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTATGAGATAGTCTGCCTGGTCAATGCTGAGCTGTACCCCACATTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116414 CTATGAGATAGTCTGCCTGGTCAATGCTGAGCTGTACCCCACATTCATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 G         GAATCTTGGCGTCCACATCTGTTCCTCAATGTGTGACATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116464 GGTG...TAGGAATCTTGGCGTCCACATCTGTTCCTCAATGTGTGACATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGTGGCATCATCACGCCATTCCTGGTCTACCGGCTCACTAACATCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117212 GGTGGCATCATCACGCCATTCCTGGTCTACCGGCTCACTAACATCTGGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGAGCTCCCGCTGATGGTTTTCG         GCGTACTTGGCTTGGTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||
 117262 TGAGCTCCCGCTGATGGTTTTCGGTA...CAGGCGTGCTTGGCTTGGTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTGGAGGTCTGGTGCTGTTGCTTCCAGAAACTAAAGGGAAAGCTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133972 CTGGAGGTCTGGTGCTGTTGCTTCCAGAAACTAAAGGGAAAGCTTTGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAGACCATCGAGGAAGCCGAAAATATGCAAAG         ACCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 134022 GAGACCATCGAGGAAGCCGAAAATATGCAAAGGTA...CAGACCAAGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AAATAAAGAAAAGATGATTTACCTCCAAGTTCAGAAACTAGACATTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141269 AAATAAAGAAAAGATGATTTACCTCCAAGTTCAGAAACTAGACATTCCAT

   1750     .
   1661 TGAAC
        |||||
 141319 TGAAC