seq1 = pF1KB5961.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KB5961/gi568815596f_69729893.tfa (gi568815596f:69729893_69978990), 249098 bp

>pF1KB5961 1545
>gi568815596f:69729893_69978990 (Chr2)

1-260  (100001-100260)   100% ->
261-384  (107655-107778)   100% ->
385-481  (109565-109661)   100% ->
482-579  (111050-111147)   100% ->
580-692  (113257-113369)   100% ->
693-758  (114239-114304)   100% ->
759-843  (117651-117735)   100% ->
844-934  (119760-119850)   100% ->
935-1072  (124931-125068)   100% ->
1073-1142  (131386-131455)   100% ->
1143-1218  (135008-135083)   100% ->
1219-1364  (139827-139972)   100% ->
1365-1452  (141853-141940)   100% ->
1453-1545  (149017-149109)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCGTTGAGCAGCCGGGTGCTGCGCCAGCCAAGACCAGCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCGTTGAGCAGCCGGGTGCTGCGCCAGCCAAGACCAGCCCTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCAGGCGCAGGGTGCCAGGGCGGGGGGCTCGGCCCGGAGGCCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCAGGCGCAGGGTGCCAGGGCGGGGGGCTCGGCCCGGAGGCCGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGAGACGATGCGGCGGGCCACGGATTCTGTTACTGTGCGGGCAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGAGACGATGCGGCGGGCCACGGATTCTGTTACTGTGCGGGCAGCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCGCAAGCGGAGCAGCGGGTCCTTCTGCTACTGTCACCCTGACTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCGCAAGCGGAGCAGCGGGTCCTTCTGCTACTGTCACCCTGACTCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACGGACGAGGATGAGGAGGAGGGGGACGAGCAGCAGCGGCTCCTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACGGACGAGGATGAGGAGGAGGGGGACGAGCAGCAGCGGCTCCTCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCCTCGAAG         GAAAAAATTAAAGAGTACATCTAAATATATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCCTCGAAGGTA...CAGGAAAAAATTAAAGAGTACATCTAAATATATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATCAAACATTATTTTTGAATGGTGAAAACAGTGACATTAAGATTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107686 TATCAAACATTATTTTTGAATGGTGAAAACAGTGACATTAAGATTTGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTAGGAGAAGAATGGAGCTTACACAAAATATATTTATGTCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107736 TCTAGGAGAAGAATGGAGCTTACACAAAATATATTTATGTCAAGTA...A

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385   TCTGGCTACTTTTCTAGTATGTTCAGTGGTTCTTGGAAAGAATCCAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109563 AGTCTGGCTACTTTTCTAGTATGTTCAGTGGTTCTTGGAAAGAATCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGAATATTATTGAACTGGAGATTCCTGACCAGAACATTGATGTAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109613 ATGAATATTATTGAACTGGAGATTCCTGACCAGAACATTGATGTAGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         CACTGCAGGTTGCATTTGGTTCACTGTATCGAGATGATGTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109663 TA...CAGCACTGCAGGTTGCATTTGGTTCACTGTATCGAGATGATGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGATAAAGCCCAGTCGAGTTGTTGCCATTTTGGCAGCAGCTTGTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111092 TGATAAAGCCCAGTCGAGTTGTTGCCATTTTGGCAGCAGCTTGTTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTTG         GACGGTTTAATACAGCAGTGTGGTGAGACAATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111142 CAGTTGGTA...CAGGACGGTTTAATACAGCAGTGTGGTGAGACAATGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAACAGTTAATGTGAAAACTGTATGTGGCTATTACACATCAGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113292 GGAAACAGTTAATGTGAAAACTGTATGTGGCTATTACACATCAGCAGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTATGGATTAGATTCTGTAAAGAAAAA         GTGCCTTGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113342 CCTATGGATTAGATTCTGTAAAGAAAAAGTG...CAGGTGCCTTGAATGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTTCTAAACAATTTGATGACTCACCAGAATGTTGAACTTTTTAAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114252 CTTCTAAACAATTTGATGACTCACCAGAATGTTGAACTTTTTAAAGAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAG         TATAAATGTCATGAAACAGCTCATTGGTTCATCTAACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114302 CAGGTA...CAGTATAAATGTCATGAAACAGCTCATTGGTTCATCTAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TATTTGTGATGCAAGTGGAGATGGATATATACACTGCTCTAAAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 117689 TATTTGTGATGCAAGTGGAGATGGATATATACACTGCTCTAAAAAAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       TGGATGTTCCTTCAACTTGTGCCTTCTTGGAATGGATCTTTAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117739 ...TAGTGGATGTTCCTTCAACTTGTGCCTTCTTGGAATGGATCTTTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACAGCTTTTGACAGAAACAGATGTCTGGTTTTCTAAACAGAGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119804 ACAGCTTTTGACAGAAACAGATGTCTGGTTTTCTAAACAGAGGAAAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935       ATTTTGAAGGTATGGCCTTTCTTGAAACTGAACAAGGAAAACCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119854 ...TAGATTTTGAAGGTATGGCCTTTCTTGAAACTGAACAAGGAAAACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTGTGTCAGTATTCAGACATTTAAGGTTACAATATATTATCAGTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124975 TTTGTGTCAGTATTCAGACATTTAAGGTTACAATATATTATCAGTGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCTTCTGCAAGAATTATTGAACAAGATGCTGTAGTACCTTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 125025 GGCTTCTGCAAGAATTATTGAACAAGATGCTGTAGTACCTTCAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    AATGGCTCTCTTCTGTGTATAAACAGCAGTGGTTTGCTATGCTGCGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131383 CAGAATGGCTCTCTTCTGTGTATAAACAGCAGTGGTTTGCTATGCTGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCAGAACAGGACAGTGAGGTGGG         GCCTCAAGAAATCAATAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 131433 GCAGAACAGGACAGTGAGGTGGGGTA...TAGGCCTCAAGAAATCAATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGAAGAACTAGAGGGAAACAGCATGAGGTGTGGTAGAAAGCTTGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135026 AGAAGAACTAGAGGGAAACAGCATGAGGTGTGGTAGAAAGCTTGCCAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGGTGAA         TACTGCTGGCGTTGGACAGGTTTTAACTTCGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 135076 ATGGTGAAGTA...TAGTACTGCTGGCGTTGGACAGGTTTTAACTTCGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTCGACCTACTTGTAACTTACACCAATCGATACATCATTTTCAAACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139860 TTCGACCTACTTGTAACTTACACCAATCGATACATCATTTTCAAACGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TACACTGAATCAGCCATGTAGCGGATCTGTCAGTTTACAGCCTCGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139910 TACACTGAATCAGCCATGTAGCGGATCTGTCAGTTTACAGCCTCGAAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCATAGCATTTAG         ATTACGTTTGGCTTCTTTTGATAGTAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 139960 GCATAGCATTTAGGTA...TAGATTACGTTTGGCTTCTTTTGATAGTAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GGAAAACTAATATGTAGTAGAACAACTGGCTATCAAATACTTACACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141881 GGAAAACTAATATGTAGTAGAACAACTGGCTATCAAATACTTACACTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AAAGGATCAG         GAACAAGTGGTGATGAACTTGGACAGCAGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 141931 AAAGGATCAGGTA...TAGGAACAAGTGGTGATGAACTTGGACAGCAGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TTCTGATCTTCCCTTTATATATCTGCTGTAACTTCTTGTATATATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149048 TTCTGATCTTCCCTTTATATATCTGCTGTAACTTCTTGTATATATCACCA

   1650     .    :
   1534 GAAAAAAAGAAT
        ||||||||||||
 149098 GAAAAAAAGAAT