seq1 = pF1KB5959.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KB5959/gi568815590r_28248722.tfa (gi568815590r:28248722_28461124), 212403 bp

>pF1KB5959 1539
>gi568815590r:28248722_28461124 (Chr8)

(complement)

1-240  (100001-100240)   100% ->
241-473  (101301-101533)   100% ->
474-583  (104346-104455)   100% ->
584-819  (107717-107952)   100% ->
820-920  (108452-108552)   100% ->
921-1233  (109318-109630)   100% ->
1234-1326  (110969-111061)   100% ->
1327-1430  (111897-112000)   100% ->
1431-1539  (112295-112403)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAGTGTCCTGTCCCGACGCCTTGGAAAGCGGTCCCTCCTGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAGTGTCCTGTCCCGACGCCTTGGAAAGCGGTCCCTCCTGGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGTGTTGGGACCCAGTGCCTCGGAGGGGCCCTCGGCTGCCCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGTGTTGGGACCCAGTGCCTCGGAGGGGCCCTCGGCTGCCCCACCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGCCACTGCTAGAAGGGGCCGCTCCCCAGCCTTTCACCACCTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGCCACTGCTAGAAGGGGCCGCTCCCCAGCCTTTCACCACCTCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACACCCCCTGCCAGGAGCAGCCCAAGGAAGTCCTTAAGGCTCCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACACCCCCTGCCAGGAGCAGCCCAAGGAAGTCCTTAAGGCTCCCAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCGGGCCTTCAGCAGGTGGCCTTTCAGCCTGGGCAGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100201 CTCGGGCCTTCAGCAGGTGGCCTTTCAGCCTGGGCAGAAGGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTATGTGTGGTACGGGGGTCAAGAGTGCACAGGACTGGTGGAGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101302 TTTATGTGTGGTACGGGGGTCAAGAGTGCACAGGACTGGTGGAGCAGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCTGGATGGAGGGTCAGGTGACCGTCTGGCTGCTGGAGCAGAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101352 AGCTGGATGGAGGGTCAGGTGACCGTCTGGCTGCTGGAGCAGAAGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTCTGCTGCAGGGTGGAGGAGGTGTGGCTGGCAGAGCTGCAGGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101402 GGTCTGCTGCAGGGTGGAGGAGGTGTGGCTGGCAGAGCTGCAGGGCCCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTCCCCAGGCACCACCCCTGGAGCCCGGAGCCCAGGCCCTGGCCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 GTCCCCAGGCACCACCCCTGGAGCCCGGAGCCCAGGCCCTGGCCTACAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCGTCTCCAGGAACATCGATGTCCCAAAGAG         GAAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101502 CCCGTCTCCAGGAACATCGATGTCCCAAAGAGGTT...CAGGAAGTCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGCAGTGGAAATGGATGAGATGATGGCGGCCATGGTGCTGACGTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104355 CGCAGTGGAAATGGATGAGATGATGGCGGCCATGGTGCTGACGTCCCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTGCAGCCCTGTTGTACAGAGTCCTCCCGGGACCGAGGCCAACTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104405 CCTGCAGCCCTGTTGTACAGAGTCCTCCCGGGACCGAGGCCAACTTCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 G         CTTCCCGTGCGGCCTGCGACCCATGGAAGGAGAGTGGTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104455 GGTG...CAGCTTCCCGTGCGGCCTGCGACCCATGGAAGGAGAGTGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATCTCGGACAGCGGCAGCAGCACTACCAGCGGTCACTGGAGTGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107757 CATCTCGGACAGCGGCAGCAGCACTACCAGCGGTCACTGGAGTGGGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTGGTGTCTCCACCCCCTCGCCCCCCCACCCCCAGGCCAGCCCCAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107807 GTGGTGTCTCCACCCCCTCGCCCCCCCACCCCCAGGCCAGCCCCAAGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTGGGGGATGCTTTTGGTTCTCCCCAAACTGATCATGGCTTTGAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107857 TTGGGGGATGCTTTTGGTTCTCCCCAAACTGATCATGGCTTTGAGACCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCCTGACCCTTTCCTGCTGGACGAACCAGCTCCACGAAAAAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107907 TCCTGACCCTTTCCTGCTGGACGAACCAGCTCCACGAAAAAGAAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820      AACTCTGTGAAGGTGATGTACAAGTGCCTGTGGCCAAACTGTGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107957 ..TAGAACTCTGTGAAGGTGATGTACAAGTGCCTGTGGCCAAACTGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAAGTTCTGCGCTCCATTGTGGGCATCAAACGACACGTCAAAGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108497 AAAGTTCTGCGCTCCATTGTGGGCATCAAACGACACGTCAAAGCCCTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTGGG         GGACACAGTGGACTCTGATCAGTTCAAGCGGGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108547 TCTGGGGTA...CAGGGACACAGTGGACTCTGATCAGTTCAAGCGGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGATTTCTACTACACAGAGGTGCAGCTGAAGGAGGAATCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109353 AGGATTTCTACTACACAGAGGTGCAGCTGAAGGAGGAATCTGCTGCTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCTGCTGCTGCTGCCGCAGGCACCCCAGTCCCTGGGACTCCCACCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109403 GCTGCTGCTGCTGCCGCAGGCACCCCAGTCCCTGGGACTCCCACCTCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCCAGCTCCCACCCCCAGCATGACTGGCCTGCCTCTGTCTGCTCTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109453 GCCAGCTCCCACCCCCAGCATGACTGGCCTGCCTCTGTCTGCTCTTCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CACCTCTGCACAAAGCCCAGTCCTCCGGCCCAGAACATCCTGGCCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109503 CACCTCTGCACAAAGCCCAGTCCTCCGGCCCAGAACATCCTGGCCCGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCCTCCCTGCCCTCAGGGGCTCTCAGCAAGTCAGCTCCTGGGTCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109553 TCCTCCCTGCCCTCAGGGGCTCTCAGCAAGTCAGCTCCTGGGTCCTTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCACATTCAGGCAGATCATGCATACCAG         GCTCTGCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109603 GCACATTCAGGCAGATCATGCATACCAGGTA...CAGGCTCTGCCATCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCCAGATCCCAGTCTCACCACACATCTACACCAGTGTCAGCTGGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110982 TCCAGATCCCAGTCTCACCACACATCTACACCAGTGTCAGCTGGGCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCCCCCTCCGCCGCCTGCTCTCTCTCTCCG         GTCCGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111032 GCCCCCTCCGCCGCCTGCTCTCTCTCTCCGGTG...CAGGTCCGGAGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GTCGCTAAGCTTCAGCGAGCCCCAGCAGCCAGCACCTGCGATGAAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111908 GTCGCTAAGCTTCAGCGAGCCCCAGCAGCCAGCACCTGCGATGAAATCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATCTGATCGTCACTTCTCCACCCCGGGCCCAGAGTGGTGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111958 ATCTGATCGTCACTTCTCCACCCCGGGCCCAGAGTGGTGCCAGGTG...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1431   GAAAGCCCGAGGGGAGGCTAAGAAGTGCCGCAAGGTGTATGGCATCGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112293 AGGAAAGCCCGAGGGGAGGCTAAGAAGTGCCGCAAGGTGTATGGCATCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCACCGGGACCAGTGGTGCACGGCCTGCCGGTGGAAGAAGGCCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112343 GCACCGGGACCAGTGGTGCACGGCCTGCCGGTGGAAGAAGGCCTGCCAGC

   1600     .    :
   1529 GCTTTCTGGAC
        |||||||||||
 112393 GCTTTCTGGAC