seq1 = pF1KB5955.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KB5955/gi568815590f_55841860.tfa (gi568815590f:55841860_56110107), 268248 bp

>pF1KB5955 1473
>gi568815590f:55841860_56110107 (Chr8)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-115  (104589-104634)   100% ->
116-221  (105759-105864)   100% ->
222-320  (108600-108698)   100% ->
321-424  (108822-108925)   100% ->
425-574  (110107-110256)   100% ->
575-727  (111973-112125)   100% ->
728-910  (124856-125038)   100% ->
911-987  (127858-127934)   100% ->
988-1141  (156487-156640)   100% ->
1142-1273  (157559-157690)   100% ->
1274-1473  (168049-168248)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATGTATAAAATCAAAAGGGAAAGACAGCTTGAGTGACGATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATGTATAAAATCAAAAGGGAAAGACAGCTTGAGTGACGATGGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATTTGAAGACTCAACCA         GTTCCAGAATCTCAGCTTTTAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 AGATTTGAAGACTCAACCAGTA...TAGGTTCCAGAATCTCAGCTTTTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGACAGAGGTTTCAAACTAAAG         ATCCAGAGGAACAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104611 CTGGACAGAGGTTTCAAACTAAAGGTA...TAGATCCAGAGGAACAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACATTGTGGTAGCCTTGTACCCCTATGATGGCATCCACCCGGACGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105776 GACATTGTGGTAGCCTTGTACCCCTATGATGGCATCCACCCGGACGACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCTTTCAAGAAAGGAGAGAAGATGAAAGTCCTGGAGGA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105826 GTCTTTCAAGAAAGGAGAGAAGATGAAAGTCCTGGAGGAGTA...TAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGGAGAATGGTGGAAAGCAAAGTCCCTTTTAACAAAAAAAGAAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108602 ATGGAGAATGGTGGAAAGCAAAGTCCCTTTTAACAAAAAAAGAAGGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCCCCAGCAACTATGTGGCCAAACTCAACACCTTAGAAACAGAAGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108652 ATCCCCAGCAACTATGTGGCCAAACTCAACACCTTAGAAACAGAAGAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321       GTGGTTTTTCAAGGATATAACCAGGAAGGACGCAGAAAGGCAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108702 ...CAGGTGGTTTTTCAAGGATATAACCAGGAAGGACGCAGAAAGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTTTGGCACCAGGAAATAGCGCTGGAGCTTTCCTTATTAGAGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108866 TTTTGGCACCAGGAAATAGCGCTGGAGCTTTCCTTATTAGAGAAAGTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACATTAAAAG         GAAGCTTCTCTCTGTCTGTCAGAGACTTTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 108916 ACATTAAAAGGTA...TAGGAAGCTTCTCTCTGTCTGTCAGAGACTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCCTGTGCATGGTGATGTTATTAAGCACTACAAAATTAGAAGTCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110138 CCCTGTGCATGGTGATGTTATTAAGCACTACAAAATTAGAAGTCTGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGGGGGCTATTACATCTCTCCACGAATCACTTTTCCCTGTATCAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110188 ATGGGGGCTATTACATCTCTCCACGAATCACTTTTCCCTGTATCAGCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGATTAAACATTACCAAA         AGCAGGCAGATGGCTTGTGCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110238 ATGATTAAACATTACCAAAGTA...TAGAGCAGGCAGATGGCTTGTGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGATTGGAGAAGGCTTGTATTAGTCCCAAGCCACAGAAGCCATGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111995 AAGATTGGAGAAGGCTTGTATTAGTCCCAAGCCACAGAAGCCATGGGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGATGCCTGGGAGATCCCCCGGGAGTCCATCAAGTTGGTGAAAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112045 AAGATGCCTGGGAGATCCCCCGGGAGTCCATCAAGTTGGTGAAAAGGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCGCTGGGCAGTTTGGGGAAGTCTGGATGG         GTTACTATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112095 GGCGCTGGGCAGTTTGGGGAAGTCTGGATGGGTA...TAGGTTACTATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAACAGTACCAAGGTGGCTGTGAAAACCCTGAAGCCAGGAACTATGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124866 CAACAGTACCAAGGTGGCTGTGAAAACCCTGAAGCCAGGAACTATGTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCAAGCCTTCCTGGAAGAAGCCAACCTCATGAAGACCCTGCAGCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124916 TGCAAGCCTTCCTGGAAGAAGCCAACCTCATGAAGACCCTGCAGCATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGCTCGTGAGGCTCTACGCTGTGGTCACCAGGGAGGAGCCCATTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124966 AAGCTCGTGAGGCTCTACGCTGTGGTCACCAGGGAGGAGCCCATTTACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCACCGAGTACATGGCCAAGG         GCAGTTTGCTGGATTTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125016 CATCACCGAGTACATGGCCAAGGGTG...TAGGCAGTTTGCTGGATTTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGAAGAGCGATGAAGGTGGCAAAGTGCTGCTTCCAAAGCTCATTGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127876 TGAAGAGCGATGAAGGTGGCAAAGTGCTGCTTCCAAAGCTCATTGACTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTGCTCAG         ATTGCAGAGGGAATGGCATACATCGAGCGGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 127926 TCTGCTCAGGTA...CAGATTGCAGAGGGAATGGCATACATCGAGCGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAACTACATTCACCGGGACCTGCGAGCAGCTAATGTTCTGGTCTCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156519 GAACTACATTCACCGGGACCTGCGAGCAGCTAATGTTCTGGTCTCCGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CACTCATGTGCAAAATTGCAGATTTTGGCCTTGCTAGAGTAATTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156569 CACTCATGTGCAAAATTGCAGATTTTGGCCTTGCTAGAGTAATTGAAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AATGAGTACACAGCAAGGGAAG         GTGCTAAGTTCCCTATTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 156619 AATGAGTACACAGCAAGGGAAGGTA...TAGGTGCTAAGTTCCCTATTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTGGACGGCTCCAGAAGCAATCAACTTTGGATGTTTCACTATTAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157578 GTGGACGGCTCCAGAAGCAATCAACTTTGGATGTTTCACTATTAAGTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGTGTGGTCCTTTGGAATCCTCCTATACGAAATTGTCACCTATGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157628 ATGTGTGGTCCTTTGGAATCCTCCTATACGAAATTGTCACCTATGGGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTCCCTACCCAG         GGAGAACTAATGCCGACGTGATGACCGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 157678 ATTCCCTACCCAGGTA...TAGGGAGAACTAATGCCGACGTGATGACCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCTGTCCCAGGGCTACAGGATGCCCCGTGTGGAGAACTGCCCAGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168077 CCTGTCCCAGGGCTACAGGATGCCCCGTGTGGAGAACTGCCCAGATGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCTATGACATTATGAAAATGTGCTGGAAAGAAAAGGCAGAAGAGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168127 TCTATGACATTATGAAAATGTGCTGGAAAGAAAAGGCAGAAGAGAGACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACGTTTGACTACTTACAGAGCGTCCTGGATGATTTCTACACAGCCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168177 ACGTTTGACTACTTACAGAGCGTCCTGGATGATTTCTACACAGCCACGGA

   1550     .    :    .    :
   1452 AGGGCAATACCAGCAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||
 168227 AGGGCAATACCAGCAGCAGCCT