seq1 = pF1KB5954.tfa, 1644 bp
seq2 = pF1KB5954/gi568815580r_57501655.tfa (gi568815580r:57501655_57720653), 218999 bp

>pF1KB5954 1644
>gi568815580r:57501655_57720653 (Chr18)

(complement)

9-93  (100001-100085)   100% ->
94-252  (104679-104837)   100% ->
253-342  (104924-105013)   100% ->
343-421  (106974-107052)   100% ->
422-492  (108947-109017)   100% ->
493-579  (111211-111297)   100% ->
580-801  (112989-113210)   100% ->
802-1001  (113321-113520)   100% ->
1002-1137  (113903-114038)   100% ->
1138-1251  (114684-114797)   100% ->
1252-1383  (117711-117842)   100% ->
1384-1515  (118168-118299)   100% ->
1516-1644  (118871-118999)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 AGCAGAGCTGTACGTCTCTGACCGAGAGGGAAGCGATGCCACGGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGCAGAGCTGTACGTCTCTGACCGAGAGGGAAGCGATGCCACGGGAGATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 GAACCAAGGAGAAACCATTTAAAACAGGTCTAAAG         GCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GAACCAAGGAGAAACCATTTAAAACAGGTCTAAAGGTA...AAGGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 ATGACAGTAGGGAAAGAACCATTTCCTACCATTTACGTAGATTCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104685 ATGACAGTAGGGAAAGAACCATTTCCTACCATTTACGTAGATTCACAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 AGAAAATGAGAGGTGGAATGTTATTTCTAAATCACAGTTGAAGAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104735 AGAAAATGAGAGGTGGAATGTTATTTCTAAATCACAGTTGAAGAACATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AAAAGATGTGGCATAGGGAACAAATGAAGAGTGAATCCCGGGAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104785 AAAAGATGTGGCATAGGGAACAAATGAAGAGTGAATCCCGGGAAAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 GAG         GCAGAAGATAGTTTACGAAGAGAAAAGAACCTGGAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 GAGGTG...TAGGCAGAAGATAGTTTACGAAGAGAAAAGAACCTGGAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 AGCAAAGAAGATTACCATTAAAAATGATCCAAGTCTCCCAGAGCCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104962 AGCAAAGAAGATTACCATTAAAAATGATCCAAGTCTCCCAGAGCCAAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 GT         GTGAAGATTGGTGCGTTAGAAGGATATAGAGGCCAAAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105012 GTGTA...CAGGTGAAGATTGGTGCGTTAGAAGGATATAGAGGCCAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382 GTAAAGGTGTTTGGCTGGGTCCACAGGCTGCGCAGGCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107013 GTAAAGGTGTTTGGCTGGGTCCACAGGCTGCGCAGGCAAGGTA...TAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 AAAGAATTTAATGTTTCTGGTGTTGCGAGATGGTACAGGTTATCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108948 AAAGAATTTAATGTTTCTGGTGTTGCGAGATGGTACAGGTTATCTTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 GTGTCTTGGCGGATGAGTTG         TGTCAGTGCTACAATGGAGTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108998 GTGTCTTGGCGGATGAGTTGGTA...TAGTGTCAGTGCTACAATGGAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 CTCTTGTCCACGGAGAGCAGTGTTGCAGTGTATGGAATGCTAAATCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111232 CTCTTGTCCACGGAGAGCAGTGTTGCAGTGTATGGAATGCTAAATCTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564 CCCAAAGGGCAAGCAG         GCTCCAGGTGGCCATGAGCTGAGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111282 CCCAAAGGGCAAGCAGGTG...CAGGCTCCAGGTGGCCATGAGCTGAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 GTGACTTCTGGGAACTAATTGGGTTGGCCCCTGCTGGAGGAGCTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113014 GTGACTTCTGGGAACTAATTGGGTTGGCCCCTGCTGGAGGAGCTGACAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655 CTGATCAATGAGGAGTCTGACGTTGATGTCCAGCTCAACAACAGACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113064 CTGATCAATGAGGAGTCTGACGTTGATGTCCAGCTCAACAACAGACACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705 GATGATCCGAGGAGAAAACATGTCCAAAATCCTAAAAGCACGATCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113114 GATGATCCGAGGAGAAAACATGTCCAAAATCCTAAAAGCACGATCCATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TCACCAGGTGCTTTAGAGATCACTTCTTTGATAGGGGGTACTATGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113164 TCACCAGGTGCTTTAGAGATCACTTCTTTGATAGGGGGTACTATGAAGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802       GTTACTCCTCCAACATTAGTGCAAACACAAGTAGAAGGTGGTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113214 ...CAGGTTACTCCTCCAACATTAGTGCAAACACAAGTAGAAGGTGGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846 CACACTCTTCAAGCTTGACTATTTTGGGGAAGAGGCATTTTTGACTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113365 CACACTCTTCAAGCTTGACTATTTTGGGGAAGAGGCATTTTTGACTCAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 CCTCTCAGTTGTACTTGGAGACCTGCCTCCCAGCCCTGGGAGATGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113415 CCTCTCAGTTGTACTTGGAGACCTGCCTCCCAGCCCTGGGAGATGTTTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 TGTATTGCTCAGTCATACCGGGCAGAGCAGTCCAGAACACGAAGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113465 TGTATTGCTCAGTCATACCGGGCAGAGCAGTCCAGAACACGAAGGCACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 GGCTGA         GTACACTCACGTGGAAGCTGAGTGTCCTTTCCTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113515 GGCTGAGTA...CAGGTACACTCACGTGGAAGCTGAGTGTCCTTTCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 CTTTTGACGACCTCCTGAACCGGTTGGAGGACTTGGTTTGTGATGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113938 CTTTTGACGACCTCCTGAACCGGTTGGAGGACTTGGTTTGTGATGTGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 GATCGAATATTGAAGTCACCTGCAGGGAGCATAGTGCATGAGCTCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113988 GATCGAATATTGAAGTCACCTGCAGGGAGCATAGTGCATGAGCTCAACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 G         AACTTTCAGCCCCCCAAACGGCCTTTCAAACGGATGAACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114038 GGTA...TAGAACTTTCAGCCCCCCAAACGGCCTTTCAAACGGATGAACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178 ATTCAGATGCTATCGTTTGGCTAAAAGAACATGATGTAAAGAAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114724 ATTCAGATGCTATCGTTTGGCTAAAAGAACATGATGTAAAGAAAGAAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 GGAACTTTCTATGAATTTGGAGAA         GATATCCCAGAAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114774 GGAACTTTCTATGAATTTGGAGAAGTA...CAGGATATCCCAGAAGCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269 TGAGAGACTGATGACAGACACCATTAATGAACCAATCTTGCTGTGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117728 TGAGAGACTGATGACAGACACCATTAATGAACCAATCTTGCTGTGTCGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1319 TTCCTGTGGAGATCAAGTCCTTCTACATGCAGCGATGTCCTGAGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117778 TTCCTGTGGAGATCAAGTCCTTCTACATGCAGCGATGTCCTGAGGATTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369 CGTCTTACTGAATCT         GTCGACGTGTTGATGCCCAATGTTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117828 CGTCTTACTGAATCTGTC...AAGGTCGACGTGTTGATGCCCAATGTTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 TGAGATTGTGGGAGGCTCAATGCGTATCTTTGATAGTGAAGAAATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118194 TGAGATTGTGGGAGGCTCAATGCGTATCTTTGATAGTGAAGAAATACTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460 CAGGTTATAAAAGGGAAGGGATTGACCCCACTCCCTATTACTGGTATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118244 CAGGTTATAAAAGGGAAGGGATTGACCCCACTCCCTATTACTGGTATACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510 GATCAG         AGAAAATACGGTACATGTCCCCATGGAGGATATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118294 GATCAGGTA...CAGAGAAAATACGGTACATGTCCCCATGGAGGATATGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CTTGGGCTTGGAACGATTCTTAACGTGGATTCTGAATAGGTATCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118906 CTTGGGCTTGGAACGATTCTTAACGTGGATTCTGAATAGGTATCACATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GAGACGTGTGCTTATACCCTCGATTTGTCCAGCGTTGCACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118956 GAGACGTGTGCTTATACCCTCGATTTGTCCAGCGTTGCACGCCA