seq1 = pF1KB5951.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KB5951/gi568815595r_185948642.tfa (gi568815595r:185948642_186205868), 257227 bp

>pF1KB5951 1530
>gi568815595r:185948642_186205868 (Chr3)

(complement)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-133  (100157-100244)   100% ->
134-187  (100373-100424)   94% ->
188-232  (100520-100564)   100% ->
233-362  (124694-124823)   100% ->
363-650  (125765-126052)   100% ->
651-910  (139797-140056)   100% ->
911-970  (141393-141452)   100% ->
971-1039  (148378-148446)   100% ->
1040-1209  (148625-148794)   100% ->
1210-1311  (153738-153839)   100% ->
1312-1530  (157009-157227)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGGTTTTATGATCAGCAAGTCCCTTTTATGGTCCCAGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGACGGGTTTTATGATCAGCAAGTCCCTTTTATGGTCCCAGGGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     AAATCTCGATCTGAGGAATGCAGAGGGCGGCCTGTGATTGACAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGAAATCTCGATCTGAGGAATGCAGAGGGCGGCCTGTGATTGACAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGGAAGTTTTTGGACACAGATCTGGCTCACGATTCTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100203 AGAGGAAGTTTTTGGACACAGATCTGGCTCACGATTCTGAAGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  AGCTATTTCAGGATCTCAGTCAACTTCAAGAGGCTTGGTTAGCTGAAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100372 GAGCTATTTCAGGATCTCAGTCAACTTCAAGAGGCTTGGTTAGCTGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAAG         TTCCTGATGATGAACAGTTTGTCCCAGATTTTCAGT
        -|||->>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422  CAA GTT...AAGTTCCTGATGATGAACAGTTTGTCCCAGATTTTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGATAACC         TGGTGCTTCATGCCCCACCTCCAACCAAGATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100556 CTGATAACCGTA...CAGTGGTGCTTCATGCCCCACCTCCAACCAAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAACGGGAGCTGCACAGCCCCTCCTCTGAGCTGTCGTCTTGTAGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124726 AAACGGGAGCTGCACAGCCCCTCCTCTGAGCTGTCGTCTTGTAGCCATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCAGGCTCTTGGTGCTAACTATGGAGAAAAGTGCCTCTACAACTATTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124776 GCAGGCTCTTGGTGCTAACTATGGAGAAAAGTGCCTCTACAACTATTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    363        TGCCTATGATAGGAAGCCTCCCTCTGGGTTCAAGCCATTAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124826 G...CAGTGCCTATGATAGGAAGCCTCCCTCTGGGTTCAAGCCATTAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCTCCTACAACCCCCCTCTCACCCACCCATCAGAATCCCCTATTTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125808 CCTCCTACAACCCCCCTCTCACCCACCCATCAGAATCCCCTATTTCCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACCTCAGGCAACTCTGCCCACCTCAGGGCATGCCCCTGCAGCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125858 ACCTCAGGCAACTCTGCCCACCTCAGGGCATGCCCCTGCAGCTGGCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCAAGGTGTGGGCCCCGCCCCCGCCCCCCATTCGCTTCCAGAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125908 TTCAAGGTGTGGGCCCCGCCCCCGCCCCCCATTCGCTTCCAGAGCCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCACAGCAGCAAACATTTGCGGTCCCCCGACCACCACATCAGCCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125958 CCACAGCAGCAAACATTTGCGGTCCCCCGACCACCACATCAGCCCCTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATGCCAAAGATGATGCCTGAAAACCAGTATCCATCAGAACAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 126008 GATGCCAAAGATGATGCCTGAAAACCAGTATCCATCAGAACAGAGGTG..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651     ATTTCAGAGACAACTGTCTGAACCCTGCCACCCCTTCCCTCCTCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126058 .CAGATTTCAGAGACAACTGTCTGAACCCTGCCACCCCTTCCCTCCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCAGGAGTTCCTGGAGATAATCGCCCCAGTTACCATCGGCAAATGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139843 CCAGGAGTTCCTGGAGATAATCGCCCCAGTTACCATCGGCAAATGTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACCTATTGTCCCTGCAGCTCCCCCGCCCCCTCAGGGATTCAAACAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139893 ACCTATTGTCCCTGCAGCTCCCCCGCCCCCTCAGGGATTCAAACAAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCATGACCCACTCTATGAACATGGGGTCCCGGGCATGCCAGGGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139943 ACCATGACCCACTCTATGAACATGGGGTCCCGGGCATGCCAGGGCCCCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCACACGGGTTCCAGTCACCAATGGGAATCAAGCAGGAGCCTCGGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139993 GCACACGGGTTCCAGTCACCAATGGGAATCAAGCAGGAGCCTCGGGATTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCGTCGATTCAG         AAGTGCCTAACTGCCAGTCATCCTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 140043 CTGCGTCGATTCAGGTC...CAGAAGTGCCTAACTGCCAGTCATCCTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAGAGGGGGTTATTTCTCCAGCAGCCATGAAG         GTTTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 141420 TGAGAGGGGGTTATTTCTCCAGCAGCCATGAAGGTA...CAGGTTTTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TATGAAAAAGATCCCCGATTATACTTTGACGACACTTGTGTTGTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148386 TATGAAAAAGATCCCCGATTATACTTTGACGACACTTGTGTTGTGCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGACTGGAAG         GCAAAGTCAAACAGGAGCCTACCATGTATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 148436 GAGACTGGAAGGTA...CAGGCAAAGTCAAACAGGAGCCTACCATGTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAGAGGGGCCCCCTTACCAGAGGCGAGGTTCCCTTCAGCTGTGGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148655 GAGAGGGGCCCCCTTACCAGAGGCGAGGTTCCCTTCAGCTGTGGCAGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGGTCACCCTTCTTGATGACCCAGCCAATGCCCACTTCATTGCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148705 CTGGTCACCCTTCTTGATGACCCAGCCAATGCCCACTTCATTGCCTGGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGGTCGAGGCATGGAGTTCAAGCTGATAGAACCGGAAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 148755 AGGTCGAGGCATGGAGTTCAAGCTGATAGAACCGGAAGAGGTA...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTGCTCGGCGCTGGGGCATCCAGAAGAACCGGCCAGCCATGAACTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153739 TTGCTCGGCGCTGGGGCATCCAGAAGAACCGGCCAGCCATGAACTATGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAGCTGAGCCGCTCTCTCCGCTATTACTATGAAAAGGGCATCATGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153789 AAGCTGAGCCGCTCTCTCCGCTATTACTATGAAAAGGGCATCATGCAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 G         GTGGCTGGAGAGCGATACGTCTACAAATTTGTCTGTGACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153839 GGTG...CAGGTGGCTGGAGAGCGATACGTCTACAAATTTGTCTGTGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAGATGCCCTCTTCTCCATGGCTTTCCCGGATAACCAGCGTCCGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157049 CAGATGCCCTCTTCTCCATGGCTTTCCCGGATAACCAGCGTCCGTTCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGGCAGAGTCCGAGTGCCACCTCAGCGAGGAGGACACCCTGCCGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157099 AAGGCAGAGTCCGAGTGCCACCTCAGCGAGGAGGACACCCTGCCGCTGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCACTTTGAAGACAGCCCCGCTTACCTCCTGGACATGGACCGCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157149 CCACTTTGAAGACAGCCCCGCTTACCTCCTGGACATGGACCGCTGCAGCA

   1600     .    :    .    :    .
   1502 GCCTCCCCTATGCCGAAGGCTTTGCTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 157199 GCCTCCCCTATGCCGAAGGCTTTGCTTAC