seq1 = pF1KB5948.tfa, 1632 bp
seq2 = pF1KB5948/gi568815575f_111023104.tfa (gi568815575f:111023104_111320444), 297341 bp

>pF1KB5948 1632
>gi568815575f:111023104_111320444 (ChrX)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-276  (118993-119093)   100% ->
277-430  (124634-124787)   100% ->
431-468  (129307-129344)   100% ->
469-600  (139812-139943)   100% ->
601-766  (140459-140624)   100% ->
767-830  (149915-149978)   100% ->
831-879  (169024-169072)   100% ->
880-992  (169403-169515)   100% ->
993-1110  (171198-171315)   100% ->
1111-1210  (172739-172838)   100% ->
1211-1407  (173341-173537)   100% ->
1408-1545  (193318-193455)   100% ->
1546-1632  (197255-197341)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACGGTCTGGATAATGAAGAGAAACCCCCGGCTCCTCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGACGGTCTGGATAATGAAGAGAAACCCCCGGCTCCTCCACTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGAATAGTAACAACCGGGATTCTTCAGCACTCAACCACAGCTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGAATAGTAACAACCGGGATTCTTCAGCACTCAACCACAGCTCCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTTCCCATGGCCCCTGAAGAGAAGAATAAGAAAGCCAGGCTTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACTTCCCATGGCCCCTGAAGAGAAGAATAAGAAAGCCAGGCTTCGCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTCCCAGGAGGAGGGGATAAAA         CCAATAAGAAGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 ATCTTCCCAGGAGGAGGGGATAAAAGTA...TAGCCAATAAGAAGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAGAGCGCCCAGAGATCTCTCTTCCTTCAGACTTTGAGCATACGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119009 GAAAGAGCGCCCAGAGATCTCTCTTCCTTCAGACTTTGAGCATACGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGGGGTTTGATGCAGTCACCGGGGAATTCACT         GGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119059 ATGTGGGGTTTGATGCAGTCACCGGGGAATTCACTGTA...CAGGGAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAGCAATGGGCACGATTACTCCAAACTTCCAACATAACAAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124640 CCAGAGCAATGGGCACGATTACTCCAAACTTCCAACATAACAAAATTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAGAAGAAGAACCCACAAGCTGTTCTAGATGTTCTCAAATTCTATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124690 ACAGAAGAAGAACCCACAAGCTGTTCTAGATGTTCTCAAATTCTATGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAAGAAACAGTCAACAACCAGAAATACATGAGCTTTACATCAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124740 CCAAAGAAACAGTCAACAACCAGAAATACATGAGCTTTACATCAGGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        ATAAAAGTGCACATGGATACATAGCAGCCCATCCTTCG     
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124790 A...CAGATAAAAGTGCACATGGATACATAGCAGCCCATCCTTCGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     AGTACAAAAACAGCATCTGAGCCTCCATTGGCCCCTCCTGTGTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129350 .AAGAGTACAAAAACAGCATCTGAGCCTCCATTGGCCCCTCCTGTGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAAGAAGATGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAAATGAGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139858 AAGAAGAAGATGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAAATGAGCCACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGTTATCGCACCAAGACCAGAGCATACAAAATCA         ATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 139908 CCAGTTATCGCACCAAGACCAGAGCATACAAAATCAGTA...TAGATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACTCGTTCTGTGGTTGAATCCATTGCTTCACCAGCAGTACCAAATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140464 TACTCGTTCTGTGGTTGAATCCATTGCTTCACCAGCAGTACCAAATAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTCACACCACCCTCTGCTGAAAATGCCAATTCCAGTACTTTGTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140514 AGGTCACACCACCCTCTGCTGAAAATGCCAATTCCAGTACTTTGTACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACACAGATCGGCAAAGAAAAAAATCCAAGATGACAGATGAGGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140564 AACACAGATCGGCAAAGAAAAAAATCCAAGATGACAGATGAGGAGATCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGAAGCTAA         GAAGCATTGTGAGTGTTGGGGACCCAAAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140614 AGAGAAGCTAAGTG...TAGGAAGCATTGTGAGTGTTGGGGACCCAAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAAATACACAAGATTTGAAAAAATTGGTCAAGG         GGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 149945 AAAAATACACAAGATTTGAAAAAATTGGTCAAGGGTA...CAGGGCATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTACTGTTTATACAGCACTAGACATTGCAACAGGACAAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 169031 GGTACTGTTTATACAGCACTAGACATTGCAACAGGACAAGAGGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  GTGGCCATAAAGCAGATGAACCTTCAACAGCAACCCAAGAAGGAATTAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169402 GGTGGCCATAAAGCAGATGAACCTTCAACAGCAACCCAAGAAGGAATTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTATTAATGAAATTCTGGTCATGAGGGAAAATAAGAACCCTAATATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169452 TTATTAATGAAATTCTGGTCATGAGGGAAAATAAGAACCCTAATATTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATTATTTAGATAG         CTACTTGGTGGGTGATGAACTATGGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 169502 AATTATTTAGATAGGTA...TAGCTACTTGGTGGGTGATGAACTATGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTCATGGAATACTTGGCTGGTGGCTCTCTGACTGATGTGGTCACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171225 AGTCATGGAATACTTGGCTGGTGGCTCTCTGACTGATGTGGTCACAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCTGTATGGATGAAGGACAGATAGCAGCTGTCTGCAGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 171275 CCTGTATGGATGAAGGACAGATAGCAGCTGTCTGCAGAGAGGTA...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGCCTGCAAGCTTTGGATTTCCTGCACTCAAACCAGGTGATCCATAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172739 TGCCTGCAAGCTTTGGATTTCCTGCACTCAAACCAGGTGATCCATAGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TATAAAGAGTGACAATATTCTTCTCGGGATGGATGGCTCTGTTAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172789 TATAAAGAGTGACAATATTCTTCTCGGGATGGATGGCTCTGTTAAATTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211          CTGACTTTGGGTTCTGTGCCCAGATCACTCCTGAGCAAAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172839 GTA...CAGCTGACTTTGGGTTCTGTGCCCAGATCACTCCTGAGCAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAACGAAGCACTATGGTGGGAACCCCATATTGGATGGCACCTGAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173382 AAACGAAGCACTATGGTGGGAACCCCATATTGGATGGCACCTGAGGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GACTCGAAAAGCTTATGGTCCGAAAGTTGATATCTGGTCTCTTGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173432 GACTCGAAAAGCTTATGGTCCGAAAGTTGATATCTGGTCTCTTGGAATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGCAATTGAAATGGTGGAAGGTGAACCCCCTTACCTTAATGAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173482 TGGCAATTGAAATGGTGGAAGGTGAACCCCCTTACCTTAATGAAAATCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCAGG         GCATTGTATCTGATAGCCACTAATGGAACTCCAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173532 CTCAGGGTA...CAGGCATTGTATCTGATAGCCACTAATGGAACTCCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTCCAGAATCCTGAGAGACTGTCAGCTGTATTCCGTGACTTTTTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193353 GCTCCAGAATCCTGAGAGACTGTCAGCTGTATTCCGTGACTTTTTAAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCTGTCTTGAGATGGATGTGGATAGGCGAGGATCTGCCAAGGAGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193403 GCTGTCTTGAGATGGATGTGGATAGGCGAGGATCTGCCAAGGAGCTTTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAG         CATCCATTTTTAAAATTAGCCAAGCCTCTCTCCAGCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193453 CAGGTG...CAGCATCCATTTTTAAAATTAGCCAAGCCTCTCTCCAGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1584 GACTCCTCTGATTATCGCTGCAAAGGAAGCAATTAAGAACAGCAGCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197293 GACTCCTCTGATTATCGCTGCAAAGGAAGCAATTAAGAACAGCAGCCGC