seq1 = pF1KB5947.tfa, 1527 bp
seq2 = pF1KB5947/gi568815597f_32174330.tfa (gi568815597f:32174330_32385713), 211384 bp

>pF1KB5947 1527
>gi568815597f:32174330_32385713 (Chr1)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-187  (100408-100489)   100% ->
188-278  (100664-100754)   100% ->
279-377  (100992-101090)   100% ->
378-481  (101240-101343)   100% ->
482-631  (101585-101734)   100% ->
632-784  (102008-102160)   100% ->
785-964  (102278-102457)   100% ->
965-1041  (105342-105418)   100% ->
1042-1195  (105512-105665)   100% ->
1196-1327  (105750-105881)   100% ->
1328-1527  (111185-111384)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGTGGCTGCAGCTCACACCCGGAAGATGACTGGATGGAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGTGGCTGCAGCTCACACCCGGAAGATGACTGGATGGAAAACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGATGTGTGTGAGAACTGCCATTATCCCATAGTCCCACTGGATGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGATGTGTGTGAGAACTGCCATTATCCCATAGTCCCACTGGATGGCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACG         CTGCTCATCCGAAATGGCTCTGAGGTGCGGGACCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACGGTA...CAGCTGCTCATCCGAAATGGCTCTGAGGTGCGGGACCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGTTACCTACGAAGGCTCCAATCCGCCGGCTTCCCCACTGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100444 CTGGTTACCTACGAAGGCTCCAATCCGCCGGCTTCCCCACTGCAAGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      ACAACCTGGTTATCGCTCTGCACAGCTATGAGCCCTCTCACGACG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 ..CAGACAACCTGGTTATCGCTCTGCACAGCTATGAGCCCTCTCACGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGATCTGGGCTTTGAGAAGGGGGAACAGCTCCGCATCCTGGAGCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100709 GAGATCTGGGCTTTGAGAAGGGGGAACAGCTCCGCATCCTGGAGCAGTG.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      GAGCGGCGAGTGGTGGAAGGCGCAGTCCCTGACCACGGGCCAGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 ..CAGGAGCGGCGAGTGGTGGAAGGCGCAGTCCCTGACCACGGGCCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGCTTCATCCCCTTCAATTTTGTGGCCAAAGCGAACAGCCTGGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101037 AGGCTTCATCCCCTTCAATTTTGTGGCCAAAGCGAACAGCCTGGAGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACC         CTGGTTCTTCAAGAACCTGAGCCGCAAGGACGCGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101087 AACCGTA...CAGCTGGTTCTTCAAGAACCTGAGCCGCAAGGACGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGGCAGCTCCTGGCGCCCGGGAACACTCACGGCTCCTTCCTCATCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 CGGCAGCTCCTGGCGCCCGGGAACACTCACGGCTCCTTCCTCATCCGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGCGAGAGCACCGCGG         GATCGTTTTCACTGTCGGTCCGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101327 GAGCGAGAGCACCGCGGGTG...CAGGATCGTTTTCACTGTCGGTCCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTTCGACCAGAACCAGGGAGAGGTGGTGAAACATTACAAGATCCGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101609 ACTTCGACCAGAACCAGGGAGAGGTGGTGAAACATTACAAGATCCGTAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGACAACGGTGGCTTCTACATCTCCCCTCGAATCACTTTTCCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 CTGGACAACGGTGGCTTCTACATCTCCCCTCGAATCACTTTTCCCGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCATGAACTGGTCCGCCATTACACCA         ATGCTTCAGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101709 GCATGAACTGGTCCGCCATTACACCAGTG...CAGATGCTTCAGATGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTGCACACGGTTGAGCCGCCCCTGCCAGACCCAGAAGCCCCAGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 TGTGCACACGGTTGAGCCGCCCCTGCCAGACCCAGAAGCCCCAGAAGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGTGGGAGGACGAGTGGGAGGTTCCCAGGGAGACGCTGAAGCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102073 TGGTGGGAGGACGAGTGGGAGGTTCCCAGGGAGACGCTGAAGCTGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCGGCTGGGGGCTGGACAGTTCGGGGAGGTGTGGATGG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102123 GCGGCTGGGGGCTGGACAGTTCGGGGAGGTGTGGATGGGTG...CAGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACTACAACGGGCACACGAAGGTGGCGGTGAAGAGCCTGAAGCAGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102281 ACTACAACGGGCACACGAAGGTGGCGGTGAAGAGCCTGAAGCAGGGCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGTCCCCGGACGCCTTCCTGGCCGAGGCCAACCTCATGAAGCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102331 ATGTCCCCGGACGCCTTCCTGGCCGAGGCCAACCTCATGAAGCAGCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACACCAGCGGCTGGTTCGGCTCTACGCTGTGGTCACCCAGGAGCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102381 ACACCAGCGGCTGGTTCGGCTCTACGCTGTGGTCACCCAGGAGCCCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACATCATCACTGAATACATGGAGAATG         GGAGTCTAGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102431 ACATCATCACTGAATACATGGAGAATGGTG...CAGGGAGTCTAGTGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTCTCAAGACCCCTTCAGGCATCAAGTTGACCATCAACAAACTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105356 TTTCTCAAGACCCCTTCAGGCATCAAGTTGACCATCAACAAACTCCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATGGCAGCCCAA         ATTGCAGAAGGCATGGCATTCATTGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105406 CATGGCAGCCCAAGTA...CAGATTGCAGAAGGCATGGCATTCATTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCGGAATTATATTCATCGTGACCTTCGGGCTGCCAACATTCTGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105540 AGCGGAATTATATTCATCGTGACCTTCGGGCTGCCAACATTCTGGTGTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACACCCTGAGCTGCAAGATTGCAGACTTTGGCCTAGCACGCCTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105590 GACACCCTGAGCTGCAAGATTGCAGACTTTGGCCTAGCACGCCTCATTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGACAACGAGTACACAGCCAGGGAGG         GGGCCAAGTTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105640 GGACAACGAGTACACAGCCAGGGAGGGTA...TAGGGGCCAAGTTTCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTAAGTGGACAGCGCCAGAAGCCATTAACTACGGGACATTCACCATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105765 TTAAGTGGACAGCGCCAGAAGCCATTAACTACGGGACATTCACCATCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCAGATGTGTGGTCTTTTGGGATCCTGCTGACGGAAATTGTCACCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105815 TCAGATGTGTGGTCTTTTGGGATCCTGCTGACGGAAATTGTCACCCACGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCGCATCCCTTACCCAG         GGATGACCAACCCGGAGGTGATTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105865 CCGCATCCCTTACCCAGGTT...TAGGGATGACCAACCCGGAGGTGATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGAACCTGGAGCGAGGCTACCGCATGGTGCGCCCTGACAACTGTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111209 AGAACCTGGAGCGAGGCTACCGCATGGTGCGCCCTGACAACTGTCCAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGCTGTACCAACTCATGAGGCTGTGCTGGAAGGAGCGCCCAGAGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111259 GAGCTGTACCAACTCATGAGGCTGTGCTGGAAGGAGCGCCCAGAGGACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCCCACCTTTGACTACCTGCGCAGTGTGCTGGAGGACTTCTTCACGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111309 GCCCACCTTTGACTACCTGCGCAGTGTGCTGGAGGACTTCTTCACGGCCA

   1600     .    :    .    :    .
   1502 CAGAGGGCCAGTACCAGCCTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||
 111359 CAGAGGGCCAGTACCAGCCTCAGCCT