seq1 = pF1KB5943.tfa, 1524 bp
seq2 = pF1KB5943/gi568815588f_96204498.tfa (gi568815588f:96204498_96438221), 233724 bp

>pF1KB5943 1524
>gi568815588f:96204498_96438221 (Chr10)

1-203  (100001-100203)   100% ->
204-378  (113855-114029)   98% ->
379-507  (114765-114893)   100% ->
508-678  (116121-116291)   100% ->
679-750  (118160-118231)   100% ->
751-874  (119769-119892)   100% ->
875-1007  (122971-123103)   100% ->
1008-1113  (124228-124333)   100% ->
1114-1359  (127854-128099)   100% ->
1360-1440  (131397-131477)   100% ->
1441-1524  (133641-133724)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCACCACGAGCGTCCCACTTGAGCCCTCGGAAGAAGAGACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCACCACGAGCGTCCCACTTGAGCCCTCGGAAGAAGAGACCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGACGGGTGCCTTGATGGCCTCCTCTCCTCAAGACATCAAATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGACGGGTGCCTTGATGGCCTCCTCTCCTCAAGACATCAAATTTCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTTGGTCGTCTTCATTTTGGAGAAGAAAATGGGAACCACCCGCAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTTGGTCGTCTTCATTTTGGAGAAGAAAATGGGAACCACCCGCAGAGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCTCATGGAGCTGGCCCGCAGGAAAGGGTTCAGGGTTGAAAATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCTCATGGAGCTGGCCCGCAGGAAAGGGTTCAGGGTTGAAAATGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAG         TGATTCTGTCACCCACATTGTAGCAGAGAACAACTCGG
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100201 CAGGTA...CAGTGATTCTGTCACCCACATCGTAGCAGAGAACAACTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTTCGGATGTTCTGGAGTGGCTTCAAGCACAGAAAGTACAAGTCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113893 GTTCGGATGTTCTGGAGTGGCTTCAAGCACAGAAAGTACAAGTCAGCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAACCAGAGCTCCTCGATGTCTCCTGGCTGATCGAATGCATAGGAGCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 113943 CAACCAGAGCTCCTCGATGTCTCCTGGCTGATCGAATGCATAAGAGCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAACCGGTGGAAATGACAGGAAAACACCAGCTTGTT         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113993 GAAACCGGTGGAAATGACAGGAAAACACCAGCTTGTTGTA...TAGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAAGAGACTATTCAGATAGCACCAACCCAGGCCCCCCGAAGACTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114769 GAAGAGACTATTCAGATAGCACCAACCCAGGCCCCCCGAAGACTCCACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTGCTGTACAAAAGATCTCCCAGTATGCGTGTCAGAGAAGAACCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114819 ATTGCTGTACAAAAGATCTCCCAGTATGCGTGTCAGAGAAGAACCACTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAACAACTGTAACCAGATATTCACG         GATGCCTTTGATATAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114869 AAACAACTGTAACCAGATATTCACGGTA...CAGGATGCCTTTGATATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCTGAAAACTGTGAGTTTAGAGAAAATGAAGACTCCTGTGTGACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116137 TGGCTGAAAACTGTGAGTTTAGAGAAAATGAAGACTCCTGTGTGACATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGAGAGCAGCTTCTGTATTGAAATCTCTGCCATTCACAATCATCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116187 ATGAGAGCAGCTTCTGTATTGAAATCTCTGCCATTCACAATCATCAGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGGACACAGAAGGAATTCCCTGCCTGGGGTCCAAGGTGAAGGGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116237 GAAGGACACAGAAGGAATTCCCTGCCTGGGGTCCAAGGTGAAGGGTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAGAG         GAGATTATTGAAGATGGAGAAAGTTCTGAAGTTAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116287 TAGAGGTA...TAGGAGATTATTGAAGATGGAGAAAGTTCTGAAGTTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTGTGTTAAATGATGAACGATATCAATCCTTCAAA         CTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118196 GCTGTGTTAAATGATGAACGATATCAATCCTTCAAAGTA...TAGCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACTTCTGTATTTGGAGTGGGGCTGAAGACTTCTGAGAAGTGGTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119774 TACTTCTGTATTTGGAGTGGGGCTGAAGACTTCTGAGAAGTGGTTCAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGGTTTCAGAACTCTGAGTAAAGTAAGGTCGGACAAAAGCCTGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119824 TGGGTTTCAGAACTCTGAGTAAAGTAAGGTCGGACAAAAGCCTGAAATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACACGAATGCAGAAAGCAG         GATTTCTGTATTATGAAGACCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119874 ACACGAATGCAGAAAGCAGGTA...CAGGATTTCTGTATTATGAAGACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCAGCTGTGTGACCAGGGCAGAAGCAGAGGCCGTCAGTGTGCTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122993 TGTCAGCTGTGTGACCAGGGCAGAAGCAGAGGCCGTCAGTGTGCTGGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGAGGCTGTCTGGGCATTTCTTCCGGATGCTTTCGTCACCATGACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123043 AAGAGGCTGTCTGGGCATTTCTTCCGGATGCTTTCGTCACCATGACAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGGTTCCGGAG         GGGTAAGAAGATGGGGCATGATGTAGATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123093 GGGTTCCGGAGGTA...TAGGGGTAAGAAGATGGGGCATGATGTAGATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTTAATTACCAGCCCAGGATCAACAGAGGATGAAGAGCAACTTTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124258 TTTAATTACCAGCCCAGGATCAACAGAGGATGAAGAGCAACTTTTACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGTGATGAACTTATGGGAAAAGAAG         GGATTACTTTTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124308 AAGTGATGAACTTATGGGAAAAGAAGGTG...CAGGGATTACTTTTATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TATGACCTTGTGGAGTCAACATTTGAAAAGCTCAGGTTGCCTAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127869 TATGACCTTGTGGAGTCAACATTTGAAAAGCTCAGGTTGCCTAGCAGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGTTGATGCTTTGGATCATTTTCAAAAGTGCTTTCTGATTTTCAAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127919 GGTTGATGCTTTGGATCATTTTCAAAAGTGCTTTCTGATTTTCAAATTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTCGTCAAAGAGTGGACAGTGACCAGTCCAGCTGGCAGGAAGGAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127969 CTCGTCAAAGAGTGGACAGTGACCAGTCCAGCTGGCAGGAAGGAAAGACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TGGAAGGCCATCCGTGTGGATTTAGTTCTGTGCCCCTACGAGCGTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128019 TGGAAGGCCATCCGTGTGGATTTAGTTCTGTGCCCCTACGAGCGTCGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTTTGCCCTGTTGGGATGGACTGGCTCCCGG         TTTGAGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128069 CTTTGCCCTGTTGGGATGGACTGGCTCCCGGGTA...CAGTTTGAGAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ACCTCCGGCGCTATGCCACACATGAGCGGAAGATGATTCTGGATAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131407 ACCTCCGGCGCTATGCCACACATGAGCGGAAGATGATTCTGGATAACCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCTTTATATGACAAGACCAAG         AGGATATTCCTCAAAGCAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 131457 GCTTTATATGACAAGACCAAGGTA...CAGAGGATATTCCTCAAAGCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AAGTGAAGAAGAAATTTTTGCGCATCTGGGATTGGATTATATTGAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133661 AAGTGAAGAAGAAATTTTTGCGCATCTGGGATTGGATTATATTGAACCGT

   1600     .    :
   1511 GGGAAAGAAATGCC
        ||||||||||||||
 133711 GGGAAAGAAATGCC