seq1 = pF1KB5940.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KB5940/gi568815596r_164393039.tfa (gi568815596r:164393039_164721309), 328271 bp

>pF1KB5940 1620
>gi568815596r:164393039_164721309 (Chr2)

(complement)

1-191  (100001-100191)   100% ->
192-324  (101491-101623)   99% ->
325-481  (173494-173650)   100% ->
482-603  (194175-194296)   100% ->
604-678  (196232-196306)   100% ->
679-816  (199193-199330)   100% ->
817-927  (212458-212568)   100% ->
928-1023  (212760-212855)   100% ->
1024-1104  (218975-219055)   100% ->
1105-1221  (223820-223936)   100% ->
1222-1294  (224027-224099)   100% ->
1295-1382  (224215-224302)   100% ->
1383-1476  (226786-226879)   100% ->
1477-1620  (228128-228271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACTTCCCTGCAAGATGGGCAGAGCGCCGCGAGCAGGGCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACTTCCCTGCAAGATGGGCAGAGCGCCGCGAGCAGGGCGGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGATTCGCCGCTGGCCGCCCAGGTGTGTGGCGCTGCCCAGGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGATTCGCCGCTGGCCGCCCAGGTGTGTGGCGCTGCCCAGGGGAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGACGCCCACGACCTGGCGCCGGCCCCCTGGCTGCACGCGCGAGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGACGCCCACGACCTGGCGCCGGCCCCCTGGCTGCACGCGCGAGCGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCCCTTCCGGACGGGACCCGCGGCTGTGCTGCAGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100151 CTGCCCCTTCCGGACGGGACCCGCGGCTGTGCTGCAGACAGGTA...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGAAAAAAGAAAGATCTTGATGTTCCGGAAATGCCATCTATTCCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101491 GAGAAAAAAGAAAGATCTTGATGTTCCGGAAATGCCATCTATTCCAAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTTCCTGAGCTATGCTGTTCTCCAATTACATCTGTGTTGTCAGCAGAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 101541 CTTTTCCTGAGCTATGCTGTTCTCCATTTACATCTGTGTTGTCAGCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTATTTCCCAAAGCAAATTCAAGGAAAAAACAG         GTGATTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101591 CTATTTCCCAAAGCAAATTCAAGGAAAAAACAGGTA...CAGGTGATTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTATACAGTGAAGATGAAACCAGCAGGGCTTTAGATGTACCCAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173502 AGTATACAGTGAAGATGAAACCAGCAGGGCTTTAGATGTACCCAGTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAACGGCTCGAGATGTTTGTCAGCTGTTGATCCTGAAGAATCATTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173552 TAACGGCTCGAGATGTTTGTCAGCTGTTGATCCTGAAGAATCATTACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGACCACAGCTGGACCCTTTTTGAGCACCTGCCTCACATAGGTGTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 173602 GATGACCACAGCTGGACCCTTTTTGAGCACCTGCCTCACATAGGTGTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         AAAGAACAATAGAAGACCACGAACTGGTGATTGAAGTGCTAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173652 TA...CAGAAAGAACAATAGAAGACCACGAACTGGTGATTGAAGTGCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAACTGGGGGATAGAAGAAGAAAACAAACTATACTTTAGAAAAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194217 CCAACTGGGGGATAGAAGAAGAAAACAAACTATACTTTAGAAAAAATTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCAAATATGAGTTCTTTAAAAACCCAATG         TATTTTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 194267 GCCAAATATGAGTTCTTTAAAAACCCAATGGTA...CAGTATTTTTTTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGAGCATATGGTATCTTTTGCAACTGAAACCAATGGTGAAATATCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196243 AGAGCATATGGTATCTTTTGCAACTGAAACCAATGGTGAAATATCCCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACAGATTTTGCAG         ATGTTTCTGAGTTCAAGCACATATCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 196293 CACAGATTTTGCAGGTA...CAGATGTTTCTGAGTTCAAGCACATATCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAATTCATGGTTTCTTACATGCGAAAGAACAGGGAAAGAAGTCTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199220 GAAATTCATGGTTTCTTACATGCGAAAGAACAGGGAAAGAAGTCTTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAAATTTACTTTTTTCTAAGAAGATCTGGTTTATATTTTTCTACTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199270 AAAAATTTACTTTTTTCTAAGAAGATCTGGTTTATATTTTTCTACTAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GAACATCAAAG         GAACCGCGGCATTTGCAGTTTTTCAGCGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 199320 GAACATCAAAGGTA...AAGGAACCGCGGCATTTGCAGTTTTTCAGCGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGGCAATAGTGATATTTATGTGTCACTGGCAGGCAAAAAAAAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212488 TTTGGCAATAGTGATATTTATGTGTCACTGGCAGGCAAAAAAAAACATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCACCGACTAACTATGGATTCTGCTTTAAG         CCTAACAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 212538 AGCACCGACTAACTATGGATTCTGCTTTAAGGTA...TAGCCTAACAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CGGGAGGGCCCCGAGACCTGAAAATGCTCTGTGCAGAAGAAGAGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212770 CGGGAGGGCCCCGAGACCTGAAAATGCTCTGTGCAGAAGAAGAGCAGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGGACGTGCTGGGTGACCGCGATTAGATTGCTTAAG         TATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 212820 AGGACGTGCTGGGTGACCGCGATTAGATTGCTTAAGGTA...CAGTATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CATGCAGCTGTACCAGAATTATATGCATCCATATCAAGGTAGAAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218980 CATGCAGCTGTACCAGAATTATATGCATCCATATCAAGGTAGAAGTGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCAGTTCACAGAGCATATCACCTATG         AGAAGTATATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 219030 GCAGTTCACAGAGCATATCACCTATGGTA...CAGAGAAGTATATCAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AATTCCCTGGTAGCAATGGACTTCTCAGGCCAGAAAAGCAGAGTTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223835 AATTCCCTGGTAGCAATGGACTTCTCAGGCCAGAAAAGCAGAGTTATAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAATCCCACTGAAGCCCTTTCAGTTGCGGTTGAAGAAGGACTCGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223885 AAATCCCACTGAAGCCCTTTCAGTTGCGGTTGAAGAAGGACTCGCTTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GG         AAAAAAGGATGTTTACGCCTGGGCACTCACGGTAGCCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223935 GGGTA...CAGAAAAAAGGATGTTTACGCCTGGGCACTCACGGTAGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACTGCCTCTTCACAGAGCTCTGCCACAAACATGG         CTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 224066 ACTGCCTCTTCACAGAGCTCTGCCACAAACATGGGTA...TAGCTATCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCGGTCCCAGCCATGGTTTCACCACAAAATTTCTAGAGATGAGGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224222 CCGGTCCCAGCCATGGTTTCACCACAAAATTTCTAGAGATGAGGCTCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GATTGATTATTCAGCAAGGACTTGTGGATGG         AGTTTTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 224272 GATTGATTATTCAGCAAGGACTTGTGGATGGGTA...TAGAGTTTTCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTACGGGATAGTCAGAGTAACCCCAAAACTTTCGTACTGTCAATGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226796 GTACGGGATAGTCAGAGTAACCCCAAAACTTTCGTACTGTCAATGAGTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGGACAAAAAATAAAGCACTTTCAAATTATACCA         GTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 226846 TGGACAAAAAATAAAGCACTTTCAAATTATACCAGTA...CAGGTAGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATGACGGTGAAATGTTCCACACACTGGATGATGGCCACACAAGATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228135 ATGACGGTGAAATGTTCCACACACTGGATGATGGCCACACAAGATTTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GATCTAATACAGCTGGTGGAGTTCTATCAACTCAATAAGGGCGTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228185 GATCTAATACAGCTGGTGGAGTTCTATCAACTCAATAAGGGCGTTCTTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1584 TTGCAAGTTGAAACATTATTGTGCTAGGATTGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228235 TTGCAAGTTGAAACATTATTGTGCTAGGATTGCTCTC