seq1 = pF1KB5920.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KB5920/gi568815581f_39642302.tfa (gi568815581f:39642302_39846894), 204593 bp

>pF1KB5920 1596
>gi568815581f:39642302_39846894 (Chr17)

1-155  (100001-100155)   100% ->
156-306  (100265-100415)   100% ->
307-463  (100597-100753)   100% ->
464-585  (100879-101000)   100% ->
586-663  (101092-101169)   100% ->
664-801  (101769-101906)   100% ->
802-912  (102252-102362)   100% ->
913-1011  (102585-102683)   100% ->
1012-1092  (102942-103022)   100% ->
1093-1209  (103121-103237)   100% ->
1210-1270  (103427-103487)   100% ->
1271-1358  (103612-103699)   100% ->
1359-1452  (103808-103901)   100% ->
1453-1596  (104450-104593)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGGATCTGTCTCCACCTCATCTTAGCAGCTCTCCGGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGGATCTGTCTCCACCTCATCTTAGCAGCTCTCCGGAAGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGCCCAGCCCCTGGGACCCCTCCTGGGACTCCCCGGCCCCCTGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGCCCAGCCCCTGGGACCCCTCCTGGGACTCCCCGGCCCCCTGATACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTGCCTGAGGAGGTAAAGAGGTCCCAGCCTCTCCTCATCCCAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTGCCTGAGGAGGTAAAGAGGTCCCAGCCTCTCCTCATCCCAACCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAG         GAAACTTCGAGAGGAGGAGAGGCGTGCCACCTCCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAGGTA...CAGGAAACTTCGAGAGGAGGAGAGGCGTGCCACCTCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCTCTATCCCCAACCCCTTCCCTGAGCTCTGCAGTCCTCCCTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCTCTATCCCCAACCCCTTCCCTGAGCTCTGCAGTCCTCCCTCACAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCCAATTCTCGGGGGCCCCTCCAGTGCAAGGGGGCTGCTCCCCCGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCCAATTCTCGGGGGCCCCTCCAGTGCAAGGGGGCTGCTCCCCCGCGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAGCCGCCCCCAT         GTAGTAAAGGTGTACAGTGAGGATGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCAGCCGCCCCCATGTG...CAGGTAGTAAAGGTGTACAGTGAGGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCCTGCAGGTCTGTGGAGGTGGCAGCAGGTGCCACAGCTCGCCACGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100623 GGCCTGCAGGTCTGTGGAGGTGGCAGCAGGTGCCACAGCTCGCCACGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGAAATGCTGGTGCAGCGAGCTCACGCCTTGAGCGACGAGACCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100673 GTGAAATGCTGGTGCAGCGAGCTCACGCCTTGAGCGACGAGACCTGGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGTGGAGTGCCACCCCCACCTAGCACTGG         AGCGGGGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100723 CTGGTGGAGTGCCACCCCCACCTAGCACTGGGTA...CAGAGCGGGGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGACCACGAGTCCGTGGTGGAAGTGCAGGCTGCCTGGCCCGTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100889 GGAGGACCACGAGTCCGTGGTGGAAGTGCAGGCTGCCTGGCCCGTGGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGATAGCCGCTTCGTCTTCCGGAAAAACTTCGCCAAGTACGAACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100939 GAGATAGCCGCTTCGTCTTCCGGAAAAACTTCGCCAAGTACGAACTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGAGCTCCCCA         CACTCCCTGTTCCCAGAAAAAATGGTCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100989 AAGAGCTCCCCAGTG...CAGCACTCCCTGTTCCCAGAAAAAATGGTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCTGTCTCGATGCACACACTGGTATATCCCATGAAGACCTCATCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101121 CAGCTGTCTCGATGCACACACTGGTATATCCCATGAAGACCTCATCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664         AACTTCCTGAATGCTGGCAGCTTTCCTGAGATCCAGGGCTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101171 TG...CAGAACTTCCTGAATGCTGGCAGCTTTCCTGAGATCCAGGGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCAGCTGCGGGGTTCAGGACGGAAGCTTTGGAAACGCTTTTTCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101811 CTGCAGCTGCGGGGTTCAGGACGGAAGCTTTGGAAACGCTTTTTCTGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTGCGCCGATCTGGCCTCTATTACTCCACCAAGGGCACCTCTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101861 CTTGCGCCGATCTGGCCTCTATTACTCCACCAAGGGCACCTCTAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      GATCCGAGGCACCTGCAGTACGTGGCAGATGTGAACGAGTCCAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101911 ..TAGGATCCGAGGCACCTGCAGTACGTGGCAGATGTGAACGAGTCCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTACGTGGTGACGCAGGGCCGCAAGCTCTACGGGATGCCCACTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102297 GTGTACGTGGTGACGCAGGGCCGCAAGCTCTACGGGATGCCCACTGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGGTTTCTGTGTCAAG         CCCAACAAGCTTCGAAATGGCCACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102347 CGGTTTCTGTGTCAAGGTG...CAGCCCAACAAGCTTCGAAATGGCCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGGGCTTCGGATCTTCTGCAGTGAAGATGAGCAGAGCCGCACCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102610 AGGGGCTTCGGATCTTCTGCAGTGAAGATGAGCAGAGCCGCACCTGCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGCTGCCTTCCGCCTCTTCAAG         TACGGGGTGCAGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102660 CTGGCTGCCTTCCGCCTCTTCAAGGTG...CAGTACGGGGTGCAGCTGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGAATTACCAGCAGGCACAGTCTCGCCATCTGCATCCATCTTGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102959 CAAGAATTACCAGCAGGCACAGTCTCGCCATCTGCATCCATCTTGTTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCTCCCCACCCTTG         AGAAGTGCCTCAGATAATACCCTGGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103009 GCTCCCCACCCTTGGTG...CAGAGAAGTGCCTCAGATAATACCCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCCATGGACTTCTCTGGCCATGCTGGGCGTGTCATTGAGAACCCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103148 GCCATGGACTTCTCTGGCCATGCTGGGCGTGTCATTGAGAACCCCCGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCTCTGAGTGTGGCCCTGGAGGAGGCCCAGGCCTGGAGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103198 GGCTCTGAGTGTGGCCCTGGAGGAGGCCCAGGCCTGGAGGGTG...CAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGAAGACAAACCACCGCCTCAGCCTGCCCATGCCAGCCTCCGGCACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103428 AGAAGACAAACCACCGCCTCAGCCTGCCCATGCCAGCCTCCGGCACGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTCAGTGCAG         CCATCCACCGCACCCAACTCTGGTTCCACGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103478 CTCAGTGCAGGTG...CAGCCATCCACCGCACCCAACTCTGGTTCCACGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCGCATTTCCCGTGAGGAGAGCCAGCGGCTTATTGGACAGCAGGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103643 GCGCATTTCCCGTGAGGAGAGCCAGCGGCTTATTGGACAGCAGGGCTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TAGACGG         CCTGTTCCTGGTCCGGGAGAGTCAGCGGAACCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 TAGACGGGTA...CAGCCTGTTCCTGGTCCGGGAGAGTCAGCGGAACCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGGGCTTTGTCCTCTCTTTGTGCCACCTGCAGAAAGTGAAGCATTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103842 CAGGGCTTTGTCCTCTCTTTGTGCCACCTGCAGAAAGTGAAGCATTATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATCCTGCCG         AGCGAGGAGGAGGGCCGCCTGTACTTCAGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103892 CATCCTGCCGGTG...CAGAGCGAGGAGGAGGGCCGCCTGTACTTCAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGGATGATGGCCAGACCCGCTTCACTGACCTGCTGCAGCTCGTGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104481 TGGATGATGGCCAGACCCGCTTCACTGACCTGCTGCAGCTCGTGGAGTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CACCAGCTGAACCGCGGCATCCTGCCGTGCTTGCTGCGCCATTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104531 CACCAGCTGAACCGCGGCATCCTGCCGTGCTTGCTGCGCCATTGCTGCAC

   1700     .    :
   1584 GCGGGTGGCCCTC
        |||||||||||||
 104581 GCGGGTGGCCCTC