seq1 = pF1KB5914.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KB5914/gi568815584r_64133140.tfa (gi568815584r:64133140_64382985), 249846 bp

>pF1KB5914 1590
>gi568815584r:64133140_64382985 (Chr14)

(complement)

1-362  (100001-100362)   100% ->
363-535  (102833-103005)   100% ->
536-652  (114075-114191)   100% ->
653-952  (122238-122537)   100% ->
953-1091  (125622-125760)   100% ->
1092-1225  (133307-133440)   100% ->
1226-1406  (147836-148016)   100% ->
1407-1590  (149663-149846)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATAAAAAACTCACCATCTAGCCTTAATTCTCCTTCCTCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATAAAAAACTCACCATCTAGCCTTAATTCTCCTTCCTCCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAGTCAATCCATCTTACCCCTGGAGCACGGCTCCATATACATACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAGTCAATCCATCTTACCCCTGGAGCACGGCTCCATATACATACCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCCTATGTAGACAGCCACCATGAATATCCAGCCATGACATTCTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCCTATGTAGACAGCCACCATGAATATCCAGCCATGACATTCTATAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCTGCTGTGATGAATTACAGCATTCCCAGCAATGTCACTAACTTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCTGCTGTGATGAATTACAGCATTCCCAGCAATGTCACTAACTTGGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGGCCTGGTCGGCAGACCACAAGCCCAAATGTGTTGTGGCCAACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGGCCTGGTCGGCAGACCACAAGCCCAAATGTGTTGTGGCCAACACCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCACCTTTCTCCTTTAGTGGTCCATCGCCAGTTATCACATCTGTATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCACCTTTCTCCTTTAGTGGTCCATCGCCAGTTATCACATCTGTATGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAACCTCAAAAGAGTCCCTGGTGTGAAGCAAGATCGCTAGAACACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAACCTCAAAAGAGTCCCTGGTGTGAAGCAAGATCGCTAGAACACACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCTGTAAACAG         AGAGACACTGAAAAGGAAGGTTAGTGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACCTGTAAACAGGTA...TAGAGAGACACTGAAAAGGAAGGTTAGTGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCGTTGCGCCAGCCCTGTTACTGGTCCAGGTTCAAAGAGGGATGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102862 ACCGTTGCGCCAGCCCTGTTACTGGTCCAGGTTCAAAGAGGGATGCTCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCTGCGCTGTCTGCAGCGATTACGCATCGGGATATCACTATGGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102912 TTCTGCGCTGTCTGCAGCGATTACGCATCGGGATATCACTATGGAGTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCGTGTGAAGGATGTAAGGCCTTTTTTAAAAGAAGCATTCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102962 GTCGTGTGAAGGATGTAAGGCCTTTTTTAAAAGAAGCATTCAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536    GACATAATGATTATATTTGTCCAGCTACAAATCAGTGTACAATCGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114072 TAGGACATAATGATTATATTTGTCCAGCTACAAATCAGTGTACAATCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAAACCGGCGCAAGAGCTGCCAGGCCTGCCGACTTCGGAAGTGTTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114122 AAAAACCGGCGCAAGAGCTGCCAGGCCTGCCGACTTCGGAAGTGTTACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGTGGGAATGGTGAAGTGTG         GCTCCCGGAGAGAGAGATGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114172 AGTGGGAATGGTGAAGTGTGGTG...CAGGCTCCCGGAGAGAGAGATGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGTACCGCCTTGTGCGGAGACAGAGAAGTGCCGACGAGCAGCTGCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122259 GGTACCGCCTTGTGCGGAGACAGAGAAGTGCCGACGAGCAGCTGCACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCGGCAAGGCCAAGAGAAGTGGCGGCCACGCGCCCCGAGTGCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122309 GCCGGCAAGGCCAAGAGAAGTGGCGGCCACGCGCCCCGAGTGCGGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTGCTGGACGCCCTGAGCCCCGAGCAGCTAGTGCTCACCCTCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122359 GCTGCTGGACGCCCTGAGCCCCGAGCAGCTAGTGCTCACCCTCCTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGAGCCGCCCCATGTGCTGATCAGCCGCCCCAGTGCGCCCTTCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122409 CTGAGCCGCCCCATGTGCTGATCAGCCGCCCCAGTGCGCCCTTCACCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCCTCCATGATGATGTCCCTGACCAAGTTGGCCGACAAGGAGTTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122459 GCCTCCATGATGATGTCCCTGACCAAGTTGGCCGACAAGGAGTTGGTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CATGATCAGCTGGGCCAAGAAGATTCCCG         GCTTTGTGGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122509 CATGATCAGCTGGGCCAAGAAGATTCCCGGTA...CAGGCTTTGTGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCAGCCTGTTCGACCAAGTGCGGCTCTTGGAGAGCTGTTGGATGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125634 TCAGCCTGTTCGACCAAGTGCGGCTCTTGGAGAGCTGTTGGATGGAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTAATGATGGGGCTGATGTGGCGCTCAATTGACCACCCCGGCAAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125684 TTAATGATGGGGCTGATGTGGCGCTCAATTGACCACCCCGGCAAGCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTTTGCTCCAGATCTTGTTCTGGACAG         GGATGAGGGGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125734 CTTTGCTCCAGATCTTGTTCTGGACAGGTG...TAGGGATGAGGGGAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GCGTAGAAGGAATTCTGGAAATCTTTGACATGCTCCTGGCAACTACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133321 GCGTAGAAGGAATTCTGGAAATCTTTGACATGCTCCTGGCAACTACTTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AGGTTTCGAGAGTTAAAACTCCAACACAAAGAATATCTCTGTGTCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133371 AGGTTTCGAGAGTTAAAACTCCAACACAAAGAATATCTCTGTGTCAAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CATGATCCTGCTCAATTCCA         GTATGTACCCTCTGGTCACAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 133421 CATGATCCTGCTCAATTCCAGTA...CAGGTATGTACCCTCTGGTCACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CGACCCAGGATGCTGACAGCAGCCGGAAGCTGGCTCACTTGCTGAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147857 CGACCCAGGATGCTGACAGCAGCCGGAAGCTGGCTCACTTGCTGAACGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTGACCGATGCTTTGGTTTGGGTGATTGCCAAGAGCGGCATCTCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147907 GTGACCGATGCTTTGGTTTGGGTGATTGCCAAGAGCGGCATCTCCTCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCAGCAATCCATGCGCCTGGCTAACCTCCTGATGCTCCTGTCCCACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147957 GCAGCAATCCATGCGCCTGGCTAACCTCCTGATGCTCCTGTCCCACGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGCATGCGAG         TAACAAGGGCATGGAACATCTGCTCAACATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 148007 GGCATGCGAGGTA...TAGTAACAAGGGCATGGAACATCTGCTCAACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AAGTGCAAAAATGTGGTCCCAGTGTATGACCTGCTGCTGGAGATGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149694 AAGTGCAAAAATGTGGTCCCAGTGTATGACCTGCTGCTGGAGATGCTGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGCCCACGTGCTTCGCGGGTGCAAGTCCTCCATCACGGGGTCCGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149744 TGCCCACGTGCTTCGCGGGTGCAAGTCCTCCATCACGGGGTCCGAGTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCCCGGCAGAGGACAGTAAAAGCAAAGAGGGCTCCCAGAACCCACAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149794 GCCCGGCAGAGGACAGTAAAAGCAAAGAGGGCTCCCAGAACCCACAGTCT

   1650 
   1588 CAG
        |||
 149844 CAG