seq1 = pF1KB5913.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB5913/gi568815586f_57130802.tfa (gi568815586f:57130802_57334358), 203557 bp

>pF1KB5913 1512
>gi568815586f:57130802_57334358 (Chr12)

1-33  (98978-99010)   100% ->
34-231  (100002-100199)   100% ->
232-311  (100680-100759)   100% ->
312-512  (100912-101112)   100% ->
513-594  (101410-101491)   100% ->
595-717  (101652-101774)   100% ->
718-857  (101903-102042)   100% ->
858-1023  (102379-102544)   100% ->
1024-1123  (102762-102861)   100% ->
1124-1279  (102948-103103)   100% ->
1280-1387  (103202-103309)   100% ->
1388-1512  (103433-103557)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTACTTCTCTTTGTTTTGGGCGGCTCGG         CCTCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  98978 ATGCTGTACTTCTCTTTGTTTTGGGCGGCTCGGGTA...CAGCCTCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGATGTGGGCAGCTGGTCAGGATGGCCATTCGGGCTCAGCACAGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GAGATGTGGGCAGCTGGTCAGGATGGCCATTCGGGCTCAGCACAGCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCCCAGACTCAGACTGGGGAAGCAAACAGGGGCTGGACAGGCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 CAGCCCAGACTCAGACTGGGGAAGCAAACAGGGGCTGGACAGGCCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCTGTCGGACAGTGATCCTGAGATGTGGGAGTTGCTGCAGAGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 AGCCTGTCGGACAGTGATCCTGAGATGTGGGAGTTGCTGCAGAGGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACAGGCAGTGTCGTGGCCTGGAGCTCATTGCCTCAGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100160 GGACAGGCAGTGTCGTGGCCTGGAGCTCATTGCCTCAGAGGTG...CAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTCTGCAGCCGAGCTGCGCTGGAGGCCCTGGGGTCCTGTCTGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100681 ACTTCTGCAGCCGAGCTGCGCTGGAGGCCCTGGGGTCCTGTCTGAACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTACTCGGAGGGTTATCCTGGCAAGAG         ATACTATGGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100731 AAGTACTCGGAGGGTTATCCTGGCAAGAGGTG...CAGATACTATGGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCAGAGGTGGTGGATGAAATTGAGCTGCTGTGCCAGCGCCGGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 AGCAGAGGTGGTGGATGAAATTGAGCTGCTGTGCCAGCGCCGGGCCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGCCTTTGACCTGGATCCTGCACAGTGGGGAGTCAATGTCCAGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100974 AAGCCTTTGACCTGGATCCTGCACAGTGGGGAGTCAATGTCCAGCCCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCGGGTCCCCAGCCAACCTGGCCGTCTACACAGCCCTTCTGCAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 TCCGGGTCCCCAGCCAACCTGGCCGTCTACACAGCCCTTCTGCAACCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGACCGGATCATGGGGCTGGACCTGCCCGATGGGGGCCA         TC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101074 CGACCGGATCATGGGGCTGGACCTGCCCGATGGGGGCCAGTG...CAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCACCCACGGCTACATGTCTGACGTCAAGCGGATATCAGCCACGTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 TCACCCACGGCTACATGTCTGACGTCAAGCGGATATCAGCCACGTCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTTCGAGTCTATGCCCTATAAGCTCAAC         CCCAAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101462 TTCTTCGAGTCTATGCCCTATAAGCTCAACGTG...CAGCCCAAAACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCATTGACTACAACCAGCTGGCACTGACTGCTCGACTTTTCCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101663 CCTCATTGACTACAACCAGCTGGCACTGACTGCTCGACTTTTCCGGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCTCATCATAGCTGGCACCAGCGCCTATGCTCGCCTCATTGACTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101713 GGCTCATCATAGCTGGCACCAGCGCCTATGCTCGCCTCATTGACTACGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCATGAGAGAG         GTGTGTGATGAAGTCAAAGCACACCTGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101763 CGCATGAGAGAGGTT...CAGGTGTGTGATGAAGTCAAAGCACACCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCAGACATGGCCCACATCAGTGGCCTGGTGGCTGCCAAGGTGATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 GGCAGACATGGCCCACATCAGTGGCCTGGTGGCTGCCAAGGTGATTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGCCTTTCAAGCACGCGGACATCGTCACCACCACTACTCACAAGACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101982 CGCCTTTCAAGCACGCGGACATCGTCACCACCACTACTCACAAGACTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGAGGGGCCAG         GTCAGGGCTCATCTTCTACCGGAAAGGGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102032 CGAGGGGCCAGGTC...CAGGTCAGGGCTCATCTTCTACCGGAAAGGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAGGCTGTGGACCCCAAGACTGGCCGGGAGATCCCTTACACATTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102409 GAAGGCTGTGGACCCCAAGACTGGCCGGGAGATCCCTTACACATTTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCGAATCAACTTTGCCGTGTTCCCATCCCTGCAGGGGGGCCCCCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102459 ACCGAATCAACTTTGCCGTGTTCCCATCCCTGCAGGGGGGCCCCCACAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CATGCCATTGCTGCAGTAGCTGTGGCCCTAAAGCAG         GCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102509 CATGCCATTGCTGCAGTAGCTGTGGCCCTAAAGCAGGTT...CAGGCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CACCCCCATGTTCCGGGAGTACTCCCTGCAGGTTCTGAAGAATGCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102767 CACCCCCATGTTCCGGGAGTACTCCCTGCAGGTTCTGAAGAATGCTCGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCATGGCAGATGCCCTGCTAGAGCGAGGCTACTCACTGGTATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102817 CCATGGCAGATGCCCTGCTAGAGCGAGGCTACTCACTGGTATCAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124     GTGGTACTGACAACCACCTGGTGCTGGTGGACCTGCGGCCCAAGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 .TAGGTGGTACTGACAACCACCTGGTGCTGGTGGACCTGCGGCCCAAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCTGGATGGAGCTCGGGCTGAGCGGGTGCTAGAGCTTGTATCCATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 CCTGGATGGAGCTCGGGCTGAGCGGGTGCTAGAGCTTGTATCCATCACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCAACAAGAACACCTGTCCTGGAGACCGAAGTGCCATCACACCGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103044 CCAACAAGAACACCTGTCCTGGAGACCGAAGTGCCATCACACCGGGCGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGCGGCTTG         GGGCCCCAGCCTTAACTTCTCGACAGTTCCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103094 CTGCGGCTTGGTG...CAGGGGCCCCAGCCTTAACTTCTCGACAGTTCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGAGGATGACTTCCGGAGAGTTGTGGACTTTATAGATGAAGGGGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103233 TGAGGATGACTTCCGGAGAGTTGTGGACTTTATAGATGAAGGGGTCAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTGGCTTAGAGGTGAAGAGCAAGACTG         CCAAGCTCCAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103283 TTGGCTTAGAGGTGAAGAGCAAGACTGGTG...TAGCCAAGCTCCAGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCAAATCCTTCCTGCTTAAGGACTCAGAAACAAGTCAGCGTCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103447 TTCAAATCCTTCCTGCTTAAGGACTCAGAAACAAGTCAGCGTCTGGCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCTCAGGCAACGGGTGGAGCAGTTTGCCAGGGCCTTCCCCATGCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103497 CCTCAGGCAACGGGTGGAGCAGTTTGCCAGGGCCTTCCCCATGCCTGGTT

   1600     .    :
   1502 TTGATGAGCAT
        |||||||||||
 103547 TTGATGAGCAT