seq1 = pF1KB5909.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB5909/gi568815587r_60791169.tfa (gi568815587r:60791169_61003861), 212693 bp

>pF1KB5909 1512
>gi568815587r:60791169_61003861 (Chr11)

(complement)

1-19  (97480-97498)   100% ->
20-169  (100001-100150)   100% ->
170-246  (100327-100403)   100% ->
247-388  (100981-101122)   100% ->
389-462  (101206-101279)   100% ->
463-525  (101397-101459)   100% ->
526-567  (102322-102363)   100% ->
568-642  (102493-102567)   100% ->
643-718  (102933-103008)   100% ->
719-828  (103171-103280)   100% ->
829-984  (104558-104713)   100% ->
985-1054  (104931-105000)   98% ->
1055-1140  (105236-105321)   100% ->
1141-1311  (105591-105761)   100% ->
1312-1417  (105911-106016)   100% ->
1418-1512  (112599-112693)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTAATCTGCTCCA         TCTCTAACGAAGTGCCGGAGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  97480 ATGTCCCTAATCTGCTCCAGTG...CAGTCTCTAACGAAGTGCCGGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCATGTGTATCCCCTGTCTCTAATCATGTTTATGAGCGGCGGCTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 CCCATGTGTATCCCCTGTCTCTAATCATGTTTATGAGCGGCGGCTCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGTACATTGCGGAGAATGGTACCGACCCCATCAACAACCAGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 AGAAGTACATTGCGGAGAATGGTACCGACCCCATCAACAACCAGCCTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCGAGGAGCAGCTCATCGACATCAAAG         TTGCTCACCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100123 TCCGAGGAGCAGCTCATCGACATCAAAGGTG...CAGTTGCTCACCCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCGGCCCAAGCCTCCCTCAGCCACCAGCATCCCGGCCATTCTGAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100340 CCGGCCCAAGCCTCCCTCAGCCACCAGCATCCCGGCCATTCTGAAAGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGGATGAGTGG         GATGCAGTCATGCTGCACAGCTTCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100390 TGCAGGATGAGTGGGTG...CAGGATGCAGTCATGCTGCACAGCTTCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCGCCAGCAGCTGCAGACAACCCGCCAAGAGCTGTCACACGCTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101008 CTGCGCCAGCAGCTGCAGACAACCCGCCAAGAGCTGTCACACGCTCTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGCACGATGCCGCCTGCCGTGTCATTGCCCGTCTCACCAAGGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101058 CCAGCACGATGCCGCCTGCCGTGTCATTGCCCGTCTCACCAAGGAAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCTGCCCGAGAAG         CTCTGGCTACCCTGAAACCACAGGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101108 CTGCTGCCCGAGAAGGTG...CAGCTCTGGCTACCCTGAAACCACAGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCCTCATTGTGCCCCAGGCTGTGCCAAGTTCCCAACCAAGTGTTGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101232 GGCCTCATTGTGCCCCAGGCTGTGCCAAGTTCCCAACCAAGTGTTGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GGTGCGGGTGAGCCAATGGATTTGGGTGAGCTGGTGGGAATGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 A...CAGGGTGCGGGTGAGCCAATGGATTTGGGTGAGCTGGTGGGAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCCAGAGATTATTCAGAAG         CTTCAAGACAAAGCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101440 CCCCAGAGATTATTCAGAAGGTA...CAGCTTCAAGACAAAGCCACTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTAACCACGGAGCGCAAGAAG         AGAGGGAAGACTGTGCCTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102343 CTAACCACGGAGCGCAAGAAGGTG...CAGAGAGGGAAGACTGTGCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGAGCTGGTGAAGCCAGAAGAGCTCAGCAAATACCGGCAGGTGGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 GGAGCTGGTGAAGCCAGAAGAGCTCAGCAAATACCGGCAGGTGGCATCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACGTG         GGGTTGCACAGTGCCAGCATTCCTGGGATCCTGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102563 ACGTGGTG...AAGGGGTTGCACAGTGCCAGCATTCCTGGGATCCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTGGACCTCTGCCCGTCCGACACCAACAAGATCCTCACTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102969 CTGGACCTCTGCCCGTCCGACACCAACAAGATCCTCACTGGTG...CAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGGGGCGGATAAAAATGTCGTTGTGTTTGACAAAAGTTCTGAACAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 TGGGGCGGATAAAAATGTCGTTGTGTTTGACAAAAGTTCTGAACAAATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGGCTACCCTCAAAGGCCATACCAAGAAGGTCACCAGCGTGGTGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 TGGCTACCCTCAAAGGCCATACCAAGAAGGTCACCAGCGTGGTGTTTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CCTTCCCAG         GACCTGGTGTTTTCTGCTTCCCCCGATGCCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 CCTTCCCAGGTA...TAGGACCTGGTGTTTTCTGCTTCCCCCGATGCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TATCAGGATTTGGTCGGTCCCCAATGCCTCTTGTGTACAGGTGGTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104590 TATCAGGATTTGGTCGGTCCCCAATGCCTCTTGTGTACAGGTGGTTCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCCATGAGAGTGCTGTGACAGGCCTCAGCCTTCATGCCACTGGCGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104640 CCCATGAGAGTGCTGTGACAGGCCTCAGCCTTCATGCCACTGGCGACTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTCCTGAGCTCCTCCGATGATCAG         TACTGGGCTTTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104690 CTCCTGAGCTCCTCCGATGATCAGGTG...CAGTACTGGGCTTTCTCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CATCCAGACAGGGCGTGTGCTCACCAAGGTGACAGATGAGACCTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 104948 CATCCAGACAGGGCGTGTGCTCACCAAGGTGACAGATGAGACCTCCGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GCT         CTCTCACCTGTGCACAGTTCCACCCTGACGGACTCATC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104998 GCTGTA...CAGCTCTCACCTGTGCACAGTTCCACCCTGACGGACTCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TTTGGAACAGGAACCATGGACTCTCAGATCAAGATCTGGGACTTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105274 TTTGGAACAGGAACCATGGACTCTCAGATCAAGATCTGGGACTTGAAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141        GAACGTACTAATGTGGCCAACTTCCCTGGCCACTCGGGCCCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105324 A...TAGGAACGTACTAATGTGGCCAACTTCCCTGGCCACTCGGGCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TCACTAGCATCGCCTTCTCTGAGAATGGTTACTACCTGGCTACAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105634 TCACTAGCATCGCCTTCTCTGAGAATGGTTACTACCTGGCTACAGCGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GATGACTCCTCTGTCAAGCTCTGGGATCTGCGCAAGCTTAAGAACTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105684 GATGACTCCTCTGTCAAGCTCTGGGATCTGCGCAAGCTTAAGAACTTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GACTTTGCAGCTGGATAACAACTTTGAG         GTAAAGTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105734 GACTTTGCAGCTGGATAACAACTTTGAGGTG...CAGGTAAAGTCACTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TCTTTGACCAGAGTGGTACCTACCTGGCTCTTGGGGGCACGGATGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105924 TCTTTGACCAGAGTGGTACCTACCTGGCTCTTGGGGGCACGGATGTCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 ATCTACATCTGCAAACAATGGACGGAGATTCTTCACTTTACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105974 ATCTACATCTGCAAACAATGGACGGAGATTCTTCACTTTACAGGTA...C

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418   AGCATAGCGGCCTGACCACAGGGGTGGCCTTCGGGCATCACGCCAAGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112597 AGAGCATAGCGGCCTGACCACAGGGGTGGCCTTCGGGCATCACGCCAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1466 TCATCGCTTCAACAGGCATGGACAGAAGCCTCAAGTTCTACAGCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112647 TCATCGCTTCAACAGGCATGGACAGAAGCCTCAAGTTCTACAGCCTG