seq1 = pF1KB5906.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KB5906/gi568815582f_31082511.tfa (gi568815582f:31082511_31291435), 208925 bp

>pF1KB5906 1578
>gi568815582f:31082511_31291435 (Chr16)

13-38  (99887-99912)   100% ->
39-190  (100003-100154)   99% ->
191-335  (101348-101492)   100% ->
336-523  (101699-101886)   100% ->
524-764  (102429-102669)   100% ->
765-799  (104292-104326)   100% ->
800-832  (105815-105847)   100% ->
833-936  (106613-106716)   100% ->
937-1066  (107155-107284)   100% ->
1067-1168  (107530-107631)   100% ->
1169-1292  (107765-107888)   100% ->
1293-1393  (108232-108332)   100% ->
1394-1541  (108453-108600)   100% ->
1542-1578  (108889-108925)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 GATTATACCCAACAAGCAACCCAAAG         CTATGGGGCCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  99887 GATTATACCCAACAAGCAACCCAAAGGTG...TAGCTATGGGGCCTACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     54 CACCCAGCCCGGGCAGGGCTATTCCCAGCAGAGCAGTCAGCCCTACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CACCCAGCCCGGGCAGGGCTATTCCCAGCAGAGCAGTCAGCCCTACGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    104 AGCAGAGTTACAGTGGTTATAGCCAGTCCACGGACACTTCAGGATATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100068 AGCAGAGTTACAGTGGTTATAGCCAGTCCACGGACACTTCAGGCTATGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 CAGAGCAGCTATTCTTCTTATGGCCAGAGCCAGAACA         CAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100118 CAGAGCAGCTATTCTTCTTATGGCCAGAGCCAGAACAGTG...TAGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 CTATGGAACTCAGTCAACTCCCCAGGGATATGGCTCGACTGGCGGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101352 CTATGGAACTCAGTCAACTCCCCAGGGATATGGCTCGACTGGCGGCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 GCAGTAGCCAGAGCTCCCAATCGTCTTACGGGCAGCAGTCCTCCTACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101402 GCAGTAGCCAGAGCTCCCAATCGTCTTACGGGCAGCAGTCCTCCTACCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 GGCTATGGCCAGCAGCCAGCTCCCAGCAGCACCTCGGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101452 GGCTATGGCCAGCAGCCAGCTCCCAGCAGCACCTCGGGAAGGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 TTACGGTAGCAGTTCTCAGAGCAGCAGCTATGGGCAGCCCCAGAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 TTACGGTAGCAGTTCTCAGAGCAGCAGCTATGGGCAGCCCCAGAGTGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 GCTACAGCCAGCAGCCTAGCTATGGTGGACAGCAGCAAAGCTATGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101749 GCTACAGCCAGCAGCCTAGCTATGGTGGACAGCAGCAAAGCTATGGACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 CAGCAAAGCTATAATCCCCCTCAGGGCTATGGACAGCAGAACCAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101799 CAGCAAAGCTATAATCCCCCTCAGGGCTATGGACAGCAGAACCAGTACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 CAGCAGCAGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101849 CAGCAGCAGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTG...CAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 ACTATGGCCAAGATCAATCCTCCATGAGTAGTGGTGGTGGCAGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102432 ACTATGGCCAAGATCAATCCTCCATGAGTAGTGGTGGTGGCAGTGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 GGTTATGGCAATCAAGACCAGAGTGGTGGAGGTGGCAGCGGTGGCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102482 GGTTATGGCAATCAAGACCAGAGTGGTGGAGGTGGCAGCGGTGGCTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    627 ACAGCAGGACCGTGGAGGCCGCGGCAGGGGTGGCAGTGGTGGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102532 ACAGCAGGACCGTGGAGGCCGCGGCAGGGGTGGCAGTGGTGGCGGCGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677 GCGGCGGCGGTGGTGGTTACAACCGCAGCAGTGGTGGCTATGAACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102582 GCGGCGGCGGTGGTGGTTACAACCGCAGCAGTGGTGGCTATGAACCCAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 GGTCGTGGAGGTGGCCGTGGAGGCAGAGGTGGCATGGG         CGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102632 GGTCGTGGAGGTGGCCGTGGAGGCAGAGGTGGCATGGGGTA...CAGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    768 AAGTGACCGTGGTGGCTTCAATAAATTTGGTG         GCCCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104295 AAGTGACCGTGGTGGCTTCAATAAATTTGGTGGTA...AAGGCCCTCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    809 ACCAAGGATCACGTCATGACTCCG         AACAGGATAATTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105824 ACCAAGGATCACGTCATGACTCCGGTG...CAGAACAGGATAATTCAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 AACAACACCATCTTTGTGCAAGGCCTGGGTGAGAATGTTACAATTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106630 AACAACACCATCTTTGTGCAAGGCCTGGGTGAGAATGTTACAATTGAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TGTGGCTGATTACTTCAAGCAGATTGGTATTATTAAG         ACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106680 TGTGGCTGATTACTTCAAGCAGATTGGTATTATTAAGGTA...CAGACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 ACAAGAAAACGGGACAGCCCATGATTAATTTGTACACAGACAGGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107159 ACAAGAAAACGGGACAGCCCATGATTAATTTGTACACAGACAGGGAAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 GGCAAGCTGAAGGGAGAGGCAACGGTCTCTTTTGATGACCCACCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107209 GGCAAGCTGAAGGGAGAGGCAACGGTCTCTTTTGATGACCCACCTTCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 TAAAGCAGCTATTGACTGGTTTGATG         GTAAAGAATTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107259 TAAAGCAGCTATTGACTGGTTTGATGGTA...TAGGTAAAGAATTCTCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082 GAAATCCTATCAAGGTCTCATTTGCTACTCGCCGGGCAGACTTTAATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107545 GAAATCCTATCAAGGTCTCATTTGCTACTCGCCGGGCAGACTTTAATCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1132 GGTGGTGGCAATGGTCGTGGAGGCCGAGGGCGAGGAG         GACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107595 GGTGGTGGCAATGGTCGTGGAGGCCGAGGGCGAGGAGGTG...TAGGACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1173 CATGGGCCGTGGAGGCTATGGAGGTGGTGGCAGTGGTGGTGGTGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107769 CATGGGCCGTGGAGGCTATGGAGGTGGTGGCAGTGGTGGTGGTGGCCGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1223 GAGGATTTCCCAGTGGAGGTGGTGGCGGTGGAGGACAGCAGCGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107819 GAGGATTTCCCAGTGGAGGTGGTGGCGGTGGAGGACAGCAGCGAGCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1273 GACTGGAAGTGTCCTAATCC         CACCTGTGAGAATATGAACTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107869 GACTGGAAGTGTCCTAATCCGTG...TAGCACCTGTGAGAATATGAACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314 CTCTTGGAGGAATGAATGCAACCAGTGTAAGGCCCCTAAACCAGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108253 CTCTTGGAGGAATGAATGCAACCAGTGTAAGGCCCCTAAACCAGATGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1364 CAGGAGGGGGACCAGGTGGCTCTCACATGG         GGGGTAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108303 CAGGAGGGGGACCAGGTGGCTCTCACATGGGTA...TAGGGGGTAACTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1405 GGGGATGATCGTCGTGGTGGCAGAGGAGGCTATGATCGAGGCGGCTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108464 GGGGATGATCGTCGTGGTGGCAGAGGAGGCTATGATCGAGGCGGCTACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1455 GGGCCGCGGCGGGGACCGTGGAGGCTTCCGAGGGGGCCGGGGTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108514 GGGCCGCGGCGGGGACCGTGGAGGCTTCCGAGGGGGCCGGGGTGGTGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1505 ACAGAGGTGGCTTTGGCCCTGGCAAGATGGATTCCAG         GGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108564 ACAGAGGTGGCTTTGGCCCTGGCAAGATGGATTCCAGGTA...CAGGGGT

   1650     .    :    .    :    .    :
   1546 GAGCACAGACAGGATCGCAGGGAGAGGCCGTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 108893 GAGCACAGACAGGATCGCAGGGAGAGGCCGTAT