seq1 = pF1KB5905.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KB5905/gi568815594f_95004425.tfa (gi568815594f:95004425_95254670), 250246 bp

>pF1KB5905 1506
>gi568815594f:95004425_95254670 (Chr4)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-246  (110296-110398)   100% ->
247-349  (111261-111363)   100% ->
350-446  (119386-119482)   100% ->
447-585  (120559-120697)   100% ->
586-778  (125438-125630)   100% ->
779-1076  (126791-127088)   100% ->
1077-1252  (144324-144499)   100% ->
1253-1383  (148219-148349)   100% ->
1384-1506  (150124-150246)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTTGCGAAGTGCAGGAAAATTAAATGTGGGCACCAAGAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTTGCGAAGTGCAGGAAAATTAAATGTGGGCACCAAGAAAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTGAGAGTACAGCCCCCACCCCCCGTCCAAAGGTCTTGCGTTGTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTGAGAGTACAGCCCCCACCCCCCGTCCAAAGGTCTTGCGTTGTAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACCACCATTGTCCAGAAGACTCAGTCAACAATATTTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 GCCACCACCATTGTCCAGAAGACTCAGTCAACAATATTTGCAGGTT...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   CACAGACGGATATTGTTTCACGATGATAGAAGAGGATGACTCTGGGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110294 AGCACAGACGGATATTGTTTCACGATGATAGAAGAGGATGACTCTGGGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTGTGGTCACTTCTGGTTGCCTAGGACTAGAAGGCTCAGATTTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110344 GCCTGTGGTCACTTCTGGTTGCCTAGGACTAGAAGGCTCAGATTTTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCGG         GACACTCCCATTCCTCATCAAAGAAGATCAATTGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110394 GTCGGGTA...TAGGACACTCCCATTCCTCATCAAAGAAGATCAATTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCTGCACAGAAAGGAACGAATGTAATAAAGACCTACACCCTACACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111297 TGCTGCACAGAAAGGAACGAATGTAATAAAGACCTACACCCTACACTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCATTGAAAAACAGAG         ATTTTGTTGATGGACCTATACACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111347 TCCATTGAAAAACAGAGGTA...CAGATTTTGTTGATGGACCTATACACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGGGCTTTACTTATATCTGTGACTGTCTGTAGTTTGCTCTTGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119410 ACAGGGCTTTACTTATATCTGTGACTGTCTGTAGTTTGCTCTTGGTCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCATATTATTTTGTTACTTCCG         GTATAAAAGACAAGAAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119460 ATCATATTATTTTGTTACTTCCGGTA...TAGGTATAAAAGACAAGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGACCTCGATACAGCATTGGGTTAGAACAGGATGAAACTTACATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120577 CAGACCTCGATACAGCATTGGGTTAGAACAGGATGAAACTTACATTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGGAGAATCCCTGAGAGACTTAATTGAGCAGTCTCAGAGCTCAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120627 CTGGAGAATCCCTGAGAGACTTAATTGAGCAGTCTCAGAGCTCAGGAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGATCAGGCCTCCCTCTGCTG         GTCCAAAGGACTATAGCTAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 120677 GGATCAGGCCTCCCTCTGCTGGTA...CAGGTCCAAAGGACTATAGCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGATTCAGATGGTGAAACAGATTGGAAAAGGTCGCTATGGGGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125458 GCAGATTCAGATGGTGAAACAGATTGGAAAAGGTCGCTATGGGGAAGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGATGGGAAAGTGGCGTGGCGAAAAGGTAGCTGTGAAAGTGTTCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125508 GGATGGGAAAGTGGCGTGGCGAAAAGGTAGCTGTGAAAGTGTTCTTCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACAGAGGAAGCCAGCTGGTTCAGAGAGACAGAAATATATCAGACAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125558 ACAGAGGAAGCCAGCTGGTTCAGAGAGACAGAAATATATCAGACAGTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATGAGGCATGAAAACATTTTGG         GTTTCATTGCTGCAGATA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125608 GATGAGGCATGAAAACATTTTGGGTG...TAGGTTTCATTGCTGCAGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAAAGGGACAGGGTCCTGGACCCAGTTGTACCTAATCACAGACTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126809 TCAAAGGGACAGGGTCCTGGACCCAGTTGTACCTAATCACAGACTATCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAAATGGTTCCCTTTATGATTATCTGAAGTCCACCACCCTAGACGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126859 GAAAATGGTTCCCTTTATGATTATCTGAAGTCCACCACCCTAGACGCTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCAATGCTGAAGTTAGCCTACTCTTCTGTCAGTGGCTTATGTCATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126909 ATCAATGCTGAAGTTAGCCTACTCTTCTGTCAGTGGCTTATGTCATTTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACACAGAAATCTTTAGTACTCAAGGCAAACCAGCAATTGCCCATCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126959 ACACAGAAATCTTTAGTACTCAAGGCAAACCAGCAATTGCCCATCGAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGAAAAGTAAAAACATTCTGGTGAAGAAAAATGGAACTTGCTGTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127009 CTGAAAAGTAAAAACATTCTGGTGAAGAAAAATGGAACTTGCTGTATTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGACCTGGGCCTGGCTGTTAAATTTATTAG         TGATACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 127059 TGACCTGGGCCTGGCTGTTAAATTTATTAGGTT...TAGTGATACAAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGTTGACATACCACCTAACACTCGAGTTGGCACCAAACGCTATATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144335 AAGTTGACATACCACCTAACACTCGAGTTGGCACCAAACGCTATATGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCAGAAGTGTTGGACGAGAGCTTGAACAGAAATCACTTCCAGTCTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144385 CCAGAAGTGTTGGACGAGAGCTTGAACAGAAATCACTTCCAGTCTTACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CATGGCTGACATGTATAGTTTTGGCCTCATCCTTTGGGAGGTTGCTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144435 CATGGCTGACATGTATAGTTTTGGCCTCATCCTTTGGGAGGTTGCTAGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GATGTGTATCAGGAG         GTATAGTGGAAGAATACCAGCTTCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 144485 GATGTGTATCAGGAGGTA...TAGGTATAGTGGAAGAATACCAGCTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TATCATGACCTAGTGCCCAGTGACCCCTCTTATGAGGACATGAGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148245 TATCATGACCTAGTGCCCAGTGACCCCTCTTATGAGGACATGAGGGAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGTGTGCATCAAGAAGTTACGCCCCTCATTCCCAAACCGGTGGAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148295 TGTGTGCATCAAGAAGTTACGCCCCTCATTCCCAAACCGGTGGAGCAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATGAG         TGTCTAAGGCAGATGGGAAAACTCATGACAGAATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148345 ATGAGGTA...CAGTGTCTAAGGCAGATGGGAAAACTCATGACAGAATGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGGGCTCACAATCCTGCATCAAGGCTGACAGCCCTGCGGGTTAAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150160 TGGGCTCACAATCCTGCATCAAGGCTGACAGCCCTGCGGGTTAAGAAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1470 ACTTGCCAAAATGTCAGAGTCCCAGGACATTAAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150210 ACTTGCCAAAATGTCAGAGTCCCAGGACATTAAACTC