seq1 = pF1KB5904.tfa, 1575 bp
seq2 = pF1KB5904/gi568815595f_186566032.tfa (gi568815595f:186566032_186777880), 211849 bp

>pF1KB5904 1575
>gi568815595f:186566032_186777880 (Chr3)

1-183  (100001-100183)   100% ->
184-300  (102904-103020)   100% ->
301-391  (103907-103997)   100% ->
392-558  (105592-105758)   100% ->
559-639  (106756-106836)   98% ->
640-741  (109058-109159)   100% ->
742-1575  (111016-111849)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGCACTCATTGCAGCACTGCTTTTGATCACATTGCAGTATTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGCACTCATTGCAGCACTGCTTTTGATCACATTGCAGTATTCGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCGTGAGTCCCACTGACTGCAGTGCTGTTGAGCCGGAGGCTGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCGTGAGTCCCACTGACTGCAGTGCTGTTGAGCCGGAGGCTGAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTAGACCTGATCAATAAAAGGCGACGGGATGGCTACCTTTTCCAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTAGACCTGATCAATAAAAGGCGACGGGATGGCTACCTTTTCCAATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCGGATTGCTGATGCCCACTTGGACAGAGTG         GAAAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100151 CTGCGGATTGCTGATGCCCACTTGGACAGAGTGGTG...CAGGAAAATAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACTGTATATTACTTAGTCTTAGATGTGCAAGAATCGGACTGTTCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102912 AACTGTATATTACTTAGTCTTAGATGTGCAAGAATCGGACTGTTCGGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TATCCAGGAAATACTGGAATGACTGTGAGCCACCTGATTCCAGACGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102962 TATCCAGGAAATACTGGAATGACTGTGAGCCACCTGATTCCAGACGTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGAAATA         GTGATCGGACAATGTAAGGTAATAGCTACAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103012 TCTGAAATAGTA...CAGGTGATCGGACAATGTAAGGTAATAGCTACAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACATTCCCATGAATCTCAGGACCTCAGAGTGATTGACTTTAACTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103939 ACATTCCCATGAATCTCAGGACCTCAGAGTGATTGACTTTAACTGCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAGTTCTG         TCTCTTCAGCACTGGCCAATACCAAAGATAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103989 CAAGTTCTGGTA...CAGTCTCTTCAGCACTGGCCAATACCAAAGATAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCGGTCCTCATAGATTTCTTTGAGGATACTGAGCGCTACAGAAAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105624 CCGGTCCTCATAGATTTCTTTGAGGATACTGAGCGCTACAGAAAACAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACAAAGCCCTTGAGAAGTACAAAGAGGAGAATGATGACTTTGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105674 CAACAAAGCCCTTGAGAAGTACAAAGAGGAGAATGATGACTTTGCCTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAGAGTGGACCGAATCGAGAGAGTTGCAAGAGTG         AGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105724 TCAGAGTGGACCGAATCGAGAGAGTTGCAAGAGTGGTG...TAGAGAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGAAGGAACTGGTTACTTCGTGGACTTCTCTGTGCGGAACTGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 106762 GGGGAAGGAACTGGTTACTTCGTGGACTTCTCTGTGCGGAACTGCCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACACCATTTCCCCAGACACCCCAAT         GTCTTTGGATTCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106812 ACACCATTTCCCCAGACACCCCAATGTG...TAGGTCTTTGGATTCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGCAGATTTGTTCTATGATGTAGAAGCCTTGGACTTGGAAAGCCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109074 GAGCAGATTTGTTCTATGATGTAGAAGCCTTGGACTTGGAAAGCCCGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACCTTGTCATAAACTGTGAAGTCTTCGACCCTCAG         GAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109124 AACCTTGTCATAAACTGTGAAGTCTTCGACCCTCAGGTG...CAGGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAGAACATCAATGGTGTACCGCCTCATTTGGGACATCCCTTCCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111021 TGAGAACATCAATGGTGTACCGCCTCATTTGGGACATCCCTTCCACTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGGGCATGAGCGTTCTTCTACCACCAAGCCTCCATTCAAGCCCCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111071 GTGGGCATGAGCGTTCTTCTACCACCAAGCCTCCATTCAAGCCCCATGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTAGAGATCATCATCATCCCCACAAGCCACACGAACATGGACCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111121 TCTAGAGATCATCATCATCCCCACAAGCCACACGAACATGGACCCCCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCTCCAGATGAAAGAGATCACTCACATGGACCCCCACTTCCACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111171 TCCTCCAGATGAAAGAGATCACTCACATGGACCCCCACTTCCACAAGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCCTCCACTATTGCCCATGTCCTGCTCAAGTTGTCAACATGCCACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111221 CTCCTCCACTATTGCCCATGTCCTGCTCAAGTTGTCAACATGCCACTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGCACAAATGGGGCCCAAAGACGTTCTCATAATAATAATTCCAGTGACCT
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 111271 GGCACAAATGGGGCCCAAAGACATTCTCATAATAATAATTCCAGTGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCATCCCCATAAGCATCATTCCCATGAACAGCATCCCCACGGACACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111321 CCATCCCCATAAGCATCATTCCCATGAACAGCATCCCCACGGACACCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCCATGCACACCATCCTCATGAACATGATACCCATAGACAGCATCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111371 CCCATGCACACCATCCTCATGAACATGATACCCATAGACAGCATCCCCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGACACCACCCCCATGGACACCATCCTCATGGACACCACCCCCATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111421 GGACACCACCCCCATGGACACCATCCTCATGGACACCACCCCCATGGACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCATCCCCATGGACACCATCCCCACTGCCATGATTTCCAAGACTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111471 CCATCCCCATGGACACCATCCCCACTGCCATGATTTCCAAGACTATGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTTGTGACCCACCACCCCATAACCAAGGTCACTGTTGCCATGGCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111521 CTTGTGACCCACCACCCCATAACCAAGGTCACTGTTGCCATGGCCACGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCACCACCTGGGCACTTAAGAAGGCGAGGCCCAGGTAAAGGACCCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111571 CCACCACCTGGGCACTTAAGAAGGCGAGGCCCAGGTAAAGGACCCCGTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTTCCATTGCAGACAAATTGGATCTGTGTACCGACTCCCTCCTCTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111621 CTTCCATTGCAGACAAATTGGATCTGTGTACCGACTCCCTCCTCTAAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AAGGTGAGGTGCTGCCACTTCCTGAGGCCAATTTTCCCAGCTTCCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111671 AAGGTGAGGTGCTGCCACTTCCTGAGGCCAATTTTCCCAGCTTCCCATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CCGCACCACAAACATCCTCTAAAGCCAGACATTCAGCCCTTTCCTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 111721 CCGCACCACAAACATCCTCTAAAGCCAGACAATCAGCCCTTTCCTCAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGTCTCTGAATCATGTCCAGGGAAGTTCAAGAGTGGGTTTCCACAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111771 AGTCTCTGAATCATGTCCAGGGAAGTTCAAGAGTGGGTTTCCACAAGTTT

   1600     .    :    .    :    .
   1547 CCATGTTTTTTACACATACATTTCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 111821 CCATGTTTTTTACACATACATTTCCAAAA