seq1 = pF1KB5901.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KB5901/gi568815594f_26220757.tfa (gi568815594f:26220757_26531004), 310248 bp

>pF1KB5901 1500
>gi568815594f:26220757_26531004 (Chr4)

1-60  (100001-100060)   100% ==
96-194  (185416-185514)   100% ->
195-360  (194719-194884)   100% ->
361-535  (199795-199969)   100% ->
536-673  (203586-203723)   100% ->
674-786  (203875-203987)   100% ->
787-927  (207964-208104)   100% ->
928-1083  (209142-209297)   100% ->
1084-1187  (209663-209766)   100% ->
1188-1500  (209936-210248)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCACACGGAGGGCTCGCCCGCGGAGGAGCCGCCTGCGCATGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCACACGGAGGGCTCGCCCGCGGAGGAGCCGCCTGCGCATGCTCC

     50     .    :
     51 ATCGCCTGGG
        ||||||||||
 100051 ATCGCCTGGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96 TAGGGAAGCTATGCGAAATTATTTAAAAGAGCGAGGGGATCAAACAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185416 TAGGGAAGCTATGCGAAATTATTTAAAAGAGCGAGGGGATCAAACAGTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146 TTATTCTTCATGCAAAAGTTGCACAGAAGTCATATGGAAATGAAAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 185466 TTATTCTTCATGCAAAAGTTGCACAGAAGTCATATGGAAATGAAAAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195         GTTTTTTTGCCCACCTCCTTGTGTATATCTTATGGGCAGTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185516 TA...CAGGTTTTTTTGCCCACCTCCTTGTGTATATCTTATGGGCAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237 ATGGAAGAAAAAAAAAGAACAAATGGAACGCGATGGTTGTTCTGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194761 ATGGAAGAAAAAAAAAGAACAAATGGAACGCGATGGTTGTTCTGAACAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287 AGTCTCAACCGTGTGCATTTATTGGGATAGGAAATAGTGACCAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194811 AGTCTCAACCGTGTGCATTTATTGGGATAGGAAATAGTGACCAAGAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 CAGCAGCTAAACTTGGAAGGAAAG         AACTATTGCACAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 194861 CAGCAGCTAAACTTGGAAGGAAAGGTA...CAGAACTATTGCACAGCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378 AACATTGTATATATCTGACTCAGACAAGCGAAAGCACTTCATGTTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199812 AACATTGTATATATCTGACTCAGACAAGCGAAAGCACTTCATGTTGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428 TAAAGATGTTCTATGGCAACAGTGATGACATTGGTGTGTTCCTCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199862 TAAAGATGTTCTATGGCAACAGTGATGACATTGGTGTGTTCCTCAGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 CGGATAAAAGTCATCTCCAAACCTTCCAAAAAGAAGCAGTCATTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199912 CGGATAAAAGTCATCTCCAAACCTTCCAAAAAGAAGCAGTCATTGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 TGCTGACT         TATGCATTGCCTCAGGAACAAAGGTGGCTCTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 199962 TGCTGACTGTA...CAGTATGCATTGCCTCAGGAACAAAGGTGGCTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569 TTAATCGACTACGATCCCAGACAGTTAGTACCAGATACTTGCATGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203619 TTAATCGACTACGATCCCAGACAGTTAGTACCAGATACTTGCATGTAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619 GGAGGTAATTTTCATGCCAGTTCACAGCAGTGGGGAGCCTTTTTTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203669 GGAGGTAATTTTCATGCCAGTTCACAGCAGTGGGGAGCCTTTTTTATTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    669 TCTCT         TGGATGATGATGAATCAGAAGGAGAAGAATTCACAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203719 TCTCTGTG...CAGTGGATGATGATGAATCAGAAGGAGAAGAATTCACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710 TCCGAGATGGCTACATCCATTATGGACAAACAGTCAAACTTGTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203911 TCCGAGATGGCTACATCCATTATGGACAAACAGTCAAACTTGTGTGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760 GTTACTGGCATGGCACTCCCAAGATTG         ATAATTAGGAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 203961 GTTACTGGCATGGCACTCCCAAGATTGGTA...TAGATAATTAGGAAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGATAAGCAGACCGCATTATTGGATGCAGATGATCCTGTGTCACAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207978 TGATAAGCAGACCGCATTATTGGATGCAGATGATCCTGTGTCACAACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATAAATGTGCATTTTACCTTAAGGATACAGAAAGAATGTATTTGTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208028 ATAAATGTGCATTTTACCTTAAGGATACAGAAAGAATGTATTTGTGCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTCAAGAAAGAATAATTCAATTTCAG         GCCACTCCATGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 208078 TCTCAAGAAAGAATAATTCAATTTCAGGTA...TAGGCCACTCCATGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AAAAGAACCAAATAAAGAGATGATAAATGATGGCGCTTCCTGGACAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209156 AAAAGAACCAAATAAAGAGATGATAAATGATGGCGCTTCCTGGACAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTAGCACAGATAAGGCAGAGTATACATTTTATGAGGGAATGGGCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209206 TTAGCACAGATAAGGCAGAGTATACATTTTATGAGGGAATGGGCCCTGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTTGCCCCAGTCACTCCTGTGCCTGTGGTAGAGAGCCTTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 209256 CTTGCCCCAGTCACTCCTGTGCCTGTGGTAGAGAGCCTTCAGGTG...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084  TTGAATGGCGGTGGGGACGTAGCAATGCTTGAACTTACAGGACAGAATT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209662 GTTGAATGGCGGTGGGGACGTAGCAATGCTTGAACTTACAGGACAGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCACTCCAAATTTACGAGTGTGGTTTGGGGATGTAGAAGCTGAAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209712 TCACTCCAAATTTACGAGTGTGGTTTGGGGATGTAGAAGCTGAAACTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TACAG         GTGTGGAGAGAGTATGCTCTGTGTCGTCCCAGACAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209762 TACAGGTA...CAGGTGTGGAGAGAGTATGCTCTGTGTCGTCCCAGACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TTCTGCATTCCGAGAAGGTTGGAGATGGGTCCGGCAACCAGTCCAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209972 TTCTGCATTCCGAGAAGGTTGGAGATGGGTCCGGCAACCAGTCCAGGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAGTAACTTTGGTCCGAAATGATGGAATCATTTATTCCACCAGCCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210022 CAGTAACTTTGGTCCGAAATGATGGAATCATTTATTCCACCAGCCTTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TTTACCTACACACCAGAACCAGGGCCGCGGCCACATTGCAGTGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210072 TTTACCTACACACCAGAACCAGGGCCGCGGCCACATTGCAGTGCAGCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGCAATCCTTCGAGCCAATTCAAGCCAGGTGCCCCCTAACGAATCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210122 AGCAATCCTTCGAGCCAATTCAAGCCAGGTGCCCCCTAACGAATCAAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CAAACAGCGAGGGAAGTTACACAAACGCCAGCACAAATTCAACCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210172 CAAACAGCGAGGGAAGTTACACAAACGCCAGCACAAATTCAACCAGTGTC

   1450     .    :    .    :    .
   1474 ACATCATCTACAGCCACAGTGGTATCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 210222 ACATCATCTACAGCCACAGTGGTATCC