seq1 = pF1KB5894.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KB5894/gi568815595r_170897906.tfa (gi568815595r:170897906_171118625), 220720 bp

>pF1KB5894 1572
>gi568815595r:170897906_171118625 (Chr3)

(complement)

14-108  (100001-100095)   100% ->
109-371  (103895-104157)   100% ->
372-496  (108544-108668)   100% ->
497-612  (111363-111478)   100% ->
613-775  (112521-112683)   100% ->
776-963  (113154-113341)   100% ->
964-1068  (115946-116050)   100% ->
1069-1170  (119460-119561)   100% ->
1171-1374  (120230-120433)   100% ->
1375-1572  (120523-120720)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGGTCACTGGGACCCTGGTTTTCACTGTCATCACTGCTGTGCTGGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGTCACTGGGACCCTGGTTTTCACTGTCATCACTGCTGTGCTGGGTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 TTCCAGTTTGGATATGACATTGGTGTGATCAATGCACCTCAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TTCCAGTTTGGATATGACATTGGTGTGATCAATGCACCTCAACAGGCA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109     GTAATAATATCTCACTATAGACATGTTTTGGGTGTTCCACTGGATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .TAGGTAATAATATCTCACTATAGACATGTTTTGGGTGTTCCACTGGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 ACCGAAAAGCTATCAACAACTATGTTATCAACAGTACAGATGAACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103941 ACCGAAAAGCTATCAACAACTATGTTATCAACAGTACAGATGAACTGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 ACAATCTCATACTCAATGAACCCAAAACCAACCCCTTGGGCTGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103991 ACAATCTCATACTCAATGAACCCAAAACCAACCCCTTGGGCTGAGGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 GACTGTGGCAGCTGCTCAACTAATCACCATGCTCTGGTCCCTGTCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104041 GACTGTGGCAGCTGCTCAACTAATCACCATGCTCTGGTCCCTGTCTGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 CCAGCTTTGCAGTTGGTGGAATGACTGCATCATTCTTTGGTGGGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104091 CCAGCTTTGCAGTTGGTGGAATGACTGCATCATTCTTTGGTGGGTGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    355 GGGGACACACTTGGAAG         AATCAAAGCCATGTTAGTAGCAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104141 GGGGACACACTTGGAAGGTA...CAGAATCAAAGCCATGTTAGTAGCAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 CATTCTGTCATTAGTTGGAGCTCTCTTGATGGGGTTTTCAAAATTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108568 CATTCTGTCATTAGTTGGAGCTCTCTTGATGGGGTTTTCAAAATTGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 CATCTCATATACTTATAATTGCTGGAAGAAGCATATCAGGACTATATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108618 CATCTCATATACTTATAATTGCTGGAAGAAGCATATCAGGACTATATTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 G         GGCTAATTTCAGGCCTGGTTCCTATGTATATCGGTGAAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108668 GGTA...CAGGGCTAATTTCAGGCCTGGTTCCTATGTATATCGGTGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 TGCTCCAACCGCTCTCAGGGGAGCACTTGGCACTTTTCATCAGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111403 TGCTCCAACCGCTCTCAGGGGAGCACTTGGCACTTTTCATCAGCTGGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 TCGTCACGGGCATTCTTATTAGTCAG         ATTATTGGTCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111453 TCGTCACGGGCATTCTTATTAGTCAGGTA...CAGATTATTGGTCTTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628 TTTATCTTGGGCAATTATGATCTGTGGCACATCCTGCTTGGCCTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112536 TTTATCTTGGGCAATTATGATCTGTGGCACATCCTGCTTGGCCTGTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 TGTGCGAGCCATCCTTCAGTCTCTGCTACTCTTTTTCTGTCCAGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112586 TGTGCGAGCCATCCTTCAGTCTCTGCTACTCTTTTTCTGTCCAGAAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 CCAGATACCTTTACATCAAGTTAGATGAGGAAGTCAAAGCAAAACAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112636 CCAGATACCTTTACATCAAGTTAGATGAGGAAGTCAAAGCAAAACAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776        GCTTGAAAAGACTCAGAGGATATGATGATGTCACCAAAGATAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112686 A...CAGGCTTGAAAAGACTCAGAGGATATGATGATGTCACCAAAGATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819 TAATGAAATGAGAAAAGAAAGAGAAGAAGCATCGAGTGAGCAGAAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113197 TAATGAAATGAGAAAAGAAAGAGAAGAAGCATCGAGTGAGCAGAAAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 CTATAATTCAGCTCTTCACCAATTCCAGCTACCGACAGCCTATTCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113247 CTATAATTCAGCTCTTCACCAATTCCAGCTACCGACAGCCTATTCTAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 GCACTGATGCTGCATGTGGCTCAGCAATTTTCCGGAATCAATGGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113297 GCACTGATGCTGCATGTGGCTCAGCAATTTTCCGGAATCAATGGCGTA..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964     ATTTTTTACTACTCAACCAGCATTTTTCAGACGGCTGGTATCAGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113347 .CAGATTTTTTACTACTCAACCAGCATTTTTCAGACGGCTGGTATCAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 AACCTGTTTATGCAACCATTGGAGTTGGCGCTGTAAACATGGTTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115992 AACCTGTTTATGCAACCATTGGAGTTGGCGCTGTAAACATGGTTTTCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 GCTGTCTCT         GTATTCCTTGTGGAGAAGGCAGGGCGACGTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116042 GCTGTCTCTGTA...TAGGTATTCCTTGTGGAGAAGGCAGGGCGACGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TCTCTTTCTAATTGGAATGAGTGGGATGTTTGTTTGTGCCATCTTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119492 TCTCTTTCTAATTGGAATGAGTGGGATGTTTGTTTGTGCCATCTTCATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CAGTGGGACTTGTGCTGCTG         AATAAGTTCTCTTGGATGAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119542 CAGTGGGACTTGTGCTGCTGGTA...CAGAATAAGTTCTCTTGGATGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TATGTGAGCATGATAGCCATCTTCCTCTTTGTCAGCTTCTTTGAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120251 TATGTGAGCATGATAGCCATCTTCCTCTTTGTCAGCTTCTTTGAAATTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCCAGGCCCGATCCCCTGGTTCATGGTGGCTGAGTTTTTCAGTCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120301 GCCAGGCCCGATCCCCTGGTTCATGGTGGCTGAGTTTTTCAGTCAAGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CACGTCCTGCTGCTTTAGCAATAGCTGCATTCAGCAATTGGACCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120351 CACGTCCTGCTGCTTTAGCAATAGCTGCATTCAGCAATTGGACCTGCAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTCATTGTAGCTCTGTGTTTCCAGTACATTGCG         GACTTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120401 TTCATTGTAGCTCTGTGTTTCCAGTACATTGCGGTA...CAGGACTTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGGACCTTATGTGTTTTTCCTCTTTGCTGGAGTGCTCCTGGCCTTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120531 TGGACCTTATGTGTTTTTCCTCTTTGCTGGAGTGCTCCTGGCCTTTACCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TGTTCACATTTTTTAAAGTTCCAGAAACCAAAGGAAAGTCTTTTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120581 TGTTCACATTTTTTAAAGTTCCAGAAACCAAAGGAAAGTCTTTTGAGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 ATTGCTGCAGAATTCCAAAAGAAGAGTGGCTCAGCCCACAGGCCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120631 ATTGCTGCAGAATTCCAAAAGAAGAGTGGCTCAGCCCACAGGCCAAAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TGCTGTAGAAATGAAATTCCTAGGAGCTACAGAGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120681 TGCTGTAGAAATGAAATTCCTAGGAGCTACAGAGACTGTG