seq1 = pF1KB5892.tfa, 1572 bp
seq2 = pF1KB5892/gi568815592f_53695257.tfa (gi568815592f:53695257_54022790), 327534 bp

>pF1KB5892 1572
>gi568815592f:53695257_54022790 (Chr6)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-277  (146854-146971)   100% ->
278-356  (183737-183815)   100% ->
357-446  (187631-187720)   100% ->
447-503  (201242-201298)   100% ->
504-567  (201573-201636)   100% ->
568-642  (202029-202103)   98% ->
643-787  (204491-204635)   100% ->
788-906  (207373-207491)   100% ->
907-990  (209123-209206)   100% ->
991-1106  (218598-218713)   100% ->
1107-1279  (224242-224414)   100% ->
1280-1416  (225369-225505)   100% ->
1417-1572  (227379-227534)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCACTGCATCCCCCTGTGGCGGTGCAACCGTCATGTGGAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCACTGCATCCCCCTGTGGCGGTGCAACCGTCATGTGGAGAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACAAGCGCCACTGCTCGCTGGTCTACGTCCCCGAGGAGATCTACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACAAGCGCCACTGCTCGCTGGTCTACGTCCCCGAGGAGATCTACCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCCCGGAGCCTGGAGGAGCTGCTGCTGGACGCCAACCAGCTCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCCCGGAGCCTGGAGGAGCTGCTGCTGGACGCCAACCAGCTCCGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCCGAG         CAATTTTTCCAGCTAGTCAAATTACGAAAGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCCCGAGGTA...CAGCAATTTTTCCAGCTAGTCAAATTACGAAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGACTTAGTGATAATGAAATTCAGCGGCTCCCTCCAGAAATAGCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146886 TGGACTTAGTGATAATGAAATTCAGCGGCTCCCTCCAGAAATAGCAAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATGCAGCTGGTGGAACTAGATGTGTCTCGAAATG         AGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 146936 TCATGCAGCTGGTGGAACTAGATGTGTCTCGAAATGGTA...CAGAGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGAAATTCCAGAAAGCATTTCATTCTGTAAAGCACTGCAGGTAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183742 CCTGAAATTCCAGAAAGCATTTCATTCTGTAAAGCACTGCAGGTAGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCAGCGGAAACCCACTGACTAG         GTTGCCAGAAAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 183792 CTTCAGCGGAAACCCACTGACTAGGTA...TAGGTTGCCAGAAAGCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAATTACAGAATTTAACATGTCTTTCTGTAAATGACATCTCACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187648 CTGAATTACAGAATTTAACATGTCTTTCTGTAAATGACATCTCACTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTCTACCTGAAAATATTGGCAA         TCTTTATAACCTGGCTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 187698 TCTCTACCTGAAAATATTGGCAAGTA...TAGTCTTTATAACCTGGCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACTGGAACTGAGAGAGAATCTTCTTACATATCTTCCTGA         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 201260 ACTGGAACTGAGAGAGAATCTTCTTACATATCTTCCTGAGTG...TAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCTTACCCAGCTGCGAAGACTAGAAGAACTTGATTTAGGAAACAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201575 CTCTTACCCAGCTGCGAAGACTAGAAGAACTTGATTTAGGAAACAATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATATATAATTTG         CCAGAATCAGTTGGAGCCCTCTTACATCT
        ||||||||||||>>>...>>>||||||||| |||||||||||||||||||
 201625 ATATATAATTTGGTA...TAGCCAGAATCAATTGGAGCCCTCTTACATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAAAGATCTCTGGTTGGATGGAAATCAACTGTCAGAATTACCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 202058 AAAAGATCTCTGGTTGGATGGAAATCAACTGTCAGAATTACCTCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      GAAATAGGAAATCTGAAGAACCTGCTGTGTTTAGATGTCTCTGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202108 ..TAGGAAATAGGAAATCTGAAGAACCTGCTGTGTTTAGATGTCTCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AACAGGTTGGAAAGACTTCCTGAAGAAATCAGTGGCCTGACTTCATTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204536 AACAGGTTGGAAAGACTTCCTGAAGAAATCAGTGGCCTGACTTCATTAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGATTTAGTCATTTCCCAGAACTTATTAGAAACGATTCCGGATGGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204586 GGATTTAGTCATTTCCCAGAACTTATTAGAAACGATTCCGGATGGCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788          GAAAACTAAAGAAACTGTCAATCTTGAAGGTGGATCAGAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204636 GTA...CAGGAAAACTAAAGAAACTGTCAATCTTGAAGGTGGATCAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGACTCACACAGTTGCCTGAAGCAGTTGGGGAATGTGAAAGTCTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207414 AGACTCACACAGTTGCCTGAAGCAGTTGGGGAATGTGAAAGTCTCACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTTAGTTCTTACAGAAAATCAGCTCCTG         ACCCTGCCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 207464 GTTAGTTCTTACAGAAAATCAGCTCCTGGTA...CAGACCCTGCCTAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCATTGGAAAACTAAAGAAGTTGAGCAACTTGAATGCAGACAGAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209136 GCATTGGAAAACTAAAGAAGTTGAGCAACTTGAATGCAGACAGAAATAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTAGTGTCCTTACCAAAAGAG         ATCGGCGGGTGCTGCAGCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 209186 TTAGTGTCCTTACCAAAAGAGGTA...TAGATCGGCGGGTGCTGCAGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CACTGTGTTCTGTGTACGTGACAACAGACTAACTCGGATACCTGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218618 CACTGTGTTCTGTGTACGTGACAACAGACTAACTCGGATACCTGCAGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGTCACAGGCAACAGAACTTCATGTCCTGGATGTGGCAGGGAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 218668 TGTCACAGGCAACAGAACTTCATGTCCTGGATGTGGCAGGGAACAGGTA.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1107      GTTGCTGCATCTACCTTTATCCCTGACTGCCTTGAAGTTGAAGGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218718 ..CAGGTTGCTGCATCTACCTTTATCCCTGACTGCCTTGAAGTTGAAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCTGTGGCTATCTGACAACCAGTCCCAGCCCCTGCTTACATTCCAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224287 TCTGTGGCTATCTGACAACCAGTCCCAGCCCCTGCTTACATTCCAGACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ACACAGACTACACCACAGGAGAGAAGATTTTAACCTGTGTCTTACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224337 ACACAGACTACACCACAGGAGAGAAGATTTTAACCTGTGTCTTACTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGCTGCCTTCTGAACCTACTTGTCAAG         AGAATCTGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 224387 CAGCTGCCTTCTGAACCTACTTGTCAAGGTG...CAGAGAATCTGCCTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTGTGGTGCACTGGAGAACTTGGTAAATGATGTCTCTGATGAAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225382 CTGTGGTGCACTGGAGAACTTGGTAAATGATGTCTCTGATGAAGCCTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACGAGCGTGCTGTCAACAGAGTCAGTGCGATCCGATTTGTGGAGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225432 ACGAGCGTGCTGTCAACAGAGTCAGTGCGATCCGATTTGTGGAGGATGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAAGATGAAGAAGACAATGAGACG         AGAACACTTCTAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 225482 AAAGATGAAGAAGACAATGAGACGGTA...TAGAGAACACTTCTAAGGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGCCACTCCACACCCAGGGGAGTTAAAGCACATGAAAAAGACAGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227396 AGCCACTCCACACCCAGGGGAGTTAAAGCACATGAAAAAGACAGTGGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ATTTACGGAATGACATGAATGCTGCTAAAGGACTGGACTCAAACAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227446 ATTTACGGAATGACATGAATGCTGCTAAAGGACTGGACTCAAACAAAAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1534 GAGGTCAATCATGCCATTGACCGAGTGACCACTTCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227496 GAGGTCAATCATGCCATTGACCGAGTGACCACTTCTGTG