seq1 = pF1KB5888.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KB5888/gi568815585r_49601803.tfa (gi568815585r:49601803_49892506), 290704 bp

>pF1KB5888 1563
>gi568815585r:49601803_49892506 (Chr13)

(complement)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-114  (145514-145558)   100% ->
115-204  (159461-159550)   100% ->
205-234  (159731-159760)   100% ->
235-287  (159850-159902)   100% ->
288-383  (160041-160136)   100% ->
384-469  (167006-167091)   100% ->
470-556  (169944-170030)   100% ->
557-726  (170383-170552)   99% ->
727-771  (172688-172732)   100% ->
772-903  (181485-181616)   100% ->
904-1032  (182807-182935)   100% ->
1033-1137  (186135-186239)   100% ->
1138-1209  (186338-186409)   100% ->
1210-1372  (186724-186886)   100% ->
1373-1467  (190027-190121)   100% ->
1468-1563  (190609-190704)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGAACCCCAGCTTGGAGAACCACCGCATCAAGAGCTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGAACCCCAGCTTGGAGAACCACCGCATCAAGAGCTTCAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGGCCGCGATGTGGAA         ACAATGCGAAGACATAGAAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGGCCGCGATGTGGAAGTG...TAGACAATGCGAAGACATAGAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTGACAGTGGAACTGCGGAAG         AACAAAAGAGATGAACAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 145536 AAGTGACAGTGGAACTGCGGAAGGTA...CAGAACAAAAGAGATGAACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTATTGAAAAAGAGAAATGTTCCCCAAGAAGAAAGTCTAGAAGATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159479 TTATTGAAAAAGAGAAATGTTCCCCAAGAAGAAAGTCTAGAAGATTCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTGATGCTGATTTTAAAGCA         CAAAATGTAACCCTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 159529 TGTTGATGCTGATTTTAAAGCAGTA...AAGCAAAATGTAACCCTAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTATATTGCAG         AATGCCACAAGTGATAACCCAGTGGTCCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 159750 CTATATTGCAGGTA...CAGAATGCCACAAGTGATAACCCAGTGGTCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TTGAGTGCTGTCCAGGCAGCAAG         AAAACTGTTATCCAGTGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 159880 TTGAGTGCTGTCCAGGCAGCAAGGTA...TAGAAAACTGTTATCCAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CAGAAATCCACCGATTGATGACTTAATAAAATCTGGGATTTTACCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160059 CAGAAATCCACCGATTGATGACTTAATAAAATCTGGGATTTTACCAATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TAGTCAAATGTCTAGAAAGGGATGATAA         TCCTTCATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 160109 TAGTCAAATGTCTAGAAAGGGATGATAAGTA...CAGTCCTTCATTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 TTTGAAGCTGCTTGGGCATTAACTAACATAGCATCAGGAACTTCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167019 TTTGAAGCTGCTTGGGCATTAACTAACATAGCATCAGGAACTTCTGCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GACTCAAGCTGTTGTGCAGTCTA         ATGCAGTACCTCTTTTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 167069 GACTCAAGCTGTTGTGCAGTCTAGTA...CAGATGCAGTACCTCTTTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 TGAGACTTCTTCGTTCACCACATCAGAATGTTTGTGAACAAGCAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169962 TGAGACTTCTTCGTTCACCACATCAGAATGTTTGTGAACAAGCAGTATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GCTTTGGGAAACATTATAG         GTGATGGTCCTCAATGTAGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 170012 GCTTTGGGAAACATTATAGGTA...TAGGTGATGGTCCTCAATGTAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TTATGTCATATCACTGGGAGTTGTCAAACCTCTTCTGTCCTTCATCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170405 TTATGTCATATCACTGGGAGTTGTCAAACCTCTTCTGTCCTTCATCAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CCTCCATCCCCATCACCTTCCTTCGGAACGTCACATGGGTCATTGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170455 CCTCCATCCCCATCACCTTCCTTCGGAACGTCACATGGGTCATTGTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTCTGCAGGAATAAGGATCCCCCACCGCCTATGGAGACAGTTCAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||>>
 170505 CTCTGCAGGAATAAGGATCCCCCGCCGCCTATGGAGACAGTTCAGGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727        ATTTTGCCAGCTTTATGTGTCCTCATATACCATACAGATATAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170555 A...CAGATTTTGCCAGCTTTATGTGTCCTCATATACCATACAGATATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AC         ATTCTTGTAGACACTGTTTGGGCTCTGTCATACTTGACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172731 ACGTA...TAGATTCTTGTAGACACTGTTTGGGCTCTGTCATACTTGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GATGGAGGTAATGAACAGATACAGATGGTTATTGATTCAGGAGTTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181524 GATGGAGGTAATGAACAGATACAGATGGTTATTGATTCAGGAGTTGTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CTTTCTTGTGCCCCTTCTGAGCCATCAGGAAGTCAAAGTTCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 181574 CTTTCTTGTGCCCCTTCTGAGCCATCAGGAAGTCAAAGTTCAAGTA...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904   ACAGCAGCCCTCAGAGCAGTTGGCAACATAGTGACTGGCACCGACGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182805 AGACAGCAGCCCTCAGAGCAGTTGGCAACATAGTGACTGGCACCGACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CAGACCCAGGTTGTTCTCAATTGTGATGTCCTGTCACACTTCCCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182855 CAGACCCAGGTTGTTCTCAATTGTGATGTCCTGTCACACTTCCCAAATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTTATCACACCCAAAAGAGAAGATAAATAAG         GAAGCAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 182905 CTTATCACACCCAAAAGAGAAGATAAATAAGGTA...TAGGAAGCAGTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GGTTCCTTTCCAACATAACAGCAGGCAACCAGCAACAAGTTCAAGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186145 GGTTCCTTTCCAACATAACAGCAGGCAACCAGCAACAAGTTCAAGCTGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ATAGATGCTGGATTAATTCCTATGATAATTCATCAGCTTGCTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 186195 ATAGATGCTGGATTAATTCCTATGATAATTCATCAGCTTGCTAAGGTT..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138     GGGGACTTTGGAACACAAAAAGAAGCTGCTTGGGCAATCAGCAACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186245 .CAGGGGGACTTTGGAACACAAAAAGAAGCTGCTTGGGCAATCAGCAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TAACAATAAGTGGCAGAAAAGATCAG         GTTGAGTACCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 186384 TAACAATAAGTGGCAGAAAAGATCAGGTG...TAGGTTGAGTACCTTGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CAGCAGAATGTAATACCACCGTTCTGTAATTTACTGTCAGTGAAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186739 CAGCAGAATGTAATACCACCGTTCTGTAATTTACTGTCAGTGAAAGATTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TCAAGTGGTTCAGGTGGTTCTAGATGGTCTAAAAAACATTCTGATAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186789 TCAAGTGGTTCAGGTGGTTCTAGATGGTCTAAAAAACATTCTGATAATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CCGGTGATGAAGCAAGCACAATAGCTGAAATAATAGAGGAATGTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 186839 CCGGTGATGAAGCAAGCACAATAGCTGAAATAATAGAGGAATGTGGAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1373        GTTTGGAGAAAATTGAAGTTTTACAGCAACATGAAAATGAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186889 A...CAGGTTTGGAGAAAATTGAAGTTTTACAGCAACATGAAAATGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CATATATAAATTAGCATTTGAAATCATAGATCAGTATTTCTCTGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190070 CATATATAAATTAGCATTTGAAATCATAGATCAGTATTTCTCTGGTGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 AT         ATTGATGAAGATCCCTGCCTCATTCCTGAAGCAACACAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190120 ATGTA...CAGATTGATGAAGATCCCTGCCTCATTCCTGAAGCAACACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GGAGGTACCTACAATTTTGATCCAACAGCCAACCTTCAAACAAAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190648 GGAGGTACCTACAATTTTGATCCAACAGCCAACCTTCAAACAAAAGAATT

   1700     .
   1557 TAATTTT
        |||||||
 190698 TAATTTT