seq1 = pF1KB5886.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KB5886/gi568815587f_64825810.tfa (gi568815587f:64825810_65033841), 208032 bp

>pF1KB5886 1491
>gi568815587f:64825810_65033841 (Chr11)

1-199  (99926-100124)   100% ->
200-396  (100903-101099)   100% ->
397-498  (101993-102094)   100% ->
499-591  (102257-102349)   100% ->
592-722  (102486-102616)   100% ->
723-782  (104513-104572)   100% ->
783-891  (104672-104780)   100% ->
892-945  (105627-105680)   100% ->
946-996  (105750-105800)   100% ->
997-1116  (105940-106059)   100% ->
1117-1244  (106956-107083)   100% ->
1245-1346  (107336-107437)   100% ->
1347-1491  (107888-108032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACGAAGCTGCCCCCTGCAAGCACCCCCACTAGCCCCTCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99926 ATGGAGACGAAGCTGCCCCCTGCAAGCACCCCCACTAGCCCCTCCTCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCTGTCGCCTGTGCCCCCACCCGACAAGGTGGACGGCTTCTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99976 CGGGCTGTCGCCTGTGCCCCCACCCGACAAGGTGGACGGCTTCTCCCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTCCCTCCGCAGAGCCCGGCCCCGCCGCTCCCACAGCTCCTCTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 GTTCCCTCCGCAGAGCCCGGCCCCGCCGCTCCCACAGCTCCTCTCAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTATCAGAGCAACCAGCAAGAGCTCACACCGCTGCCCCTGCTCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100076 CGCTATCAGAGCAACCAGCAAGAGCTCACACCGCTGCCCCTGCTCAAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200         ATGTGCCGGCTTCCGAGCTGCACGAGCTGCTGAGCCGGAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100126 TG...CAGATGTGCCGGCTTCCGAGCTGCACGAGCTGCTGAGCCGGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCCCAGTGTGGGGTGATGTTTGACTTCTTGGACTGTGTGGCCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100945 TGGCCCAGTGTGGGGTGATGTTTGACTTCTTGGACTGTGTGGCCGACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGGGAAGGAGGTGAAGCGGGCAGCCCTCAACGAGCTGGTGGAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100995 AAGGGGAAGGAGGTGAAGCGGGCAGCCCTCAACGAGCTGGTGGAGTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGGAGCACCCGGGGTGTCCTCATCGAGCCCGTCTACCCAGACATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101045 GGGGAGCACCCGGGGTGTCCTCATCGAGCCCGTCTACCCAGACATCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCATG         ATCTCAGTGAATATCTTCCGGACTCTGCCGCCCAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101095 GCATGGTG...CAGATCTCAGTGAATATCTTCCGGACTCTGCCGCCCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAACCCTGAATTTGACCCTGAAGAGGATGAGCCCAATCTTGAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 GAGAACCCTGAATTTGACCCTGAAGAGGATGAGCCCAATCTTGAGCCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTGGCCACACCTGCAG         CTGGTATATGAGTTTTTCCTGCGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102079 GTGGCCACACCTGCAGGTC...CAGCTGGTATATGAGTTTTTCCTGCGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTGGAGAGCCCAGACTTCCAGCCCTCCGTGGCCAAGAGATATGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102282 TCTTGGAGAGCCCAGACTTCCAGCCCTCCGTGGCCAAGAGATATGTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAAAAGTTTGTCCTGATG         CTCCTGGAGCTATTTGATAGTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102332 CAAAAGTTTGTCCTGATGGTG...CAGCTCCTGGAGCTATTTGATAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGATCCCCGGGAGCGTGAGTACCTCAAGACCATCCTGCACCGGGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102509 GGATCCCCGGGAGCGTGAGTACCTCAAGACCATCCTGCACCGGGTCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAAGTTCCTGGGTCTCCGGGCCTACATCCGCAAACAGTGCAACCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 GCAAGTTCCTGGGTCTCCGGGCCTACATCCGCAAACAGTGCAACCACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCCTCCG         GTTCATCTATGAATTCGAGCACTTCAATGGTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 TTCCTCCGGTG...CAGGTTCATCTATGAATTCGAGCACTTCAATGGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCTGAGCTGCTGGAGATCCTAGGAAG         CATCATCAATGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104546 GGCTGAGCTGCTGGAGATCCTAGGAAGGTG...CAGCATCATCAATGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGCGCTGCCCCTGAAGACGGAGCACAAGCAGTTCCTGGTTCGCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104686 TTGCGCTGCCCCTGAAGACGGAGCACAAGCAGTTCCTGGTTCGCGTCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATCCCCCTGCACTCTGTCAAGTCGCTGTCTGTCTTCCATGCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104736 ATCCCCCTGCACTCTGTCAAGTCGCTGTCTGTCTTCCATGCCCAGGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892     CTGGCATACTGTGTGGTGCAGTTCCTGGAGAAGGATGCCACTCTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104786 .CAGCTGGCATACTGTGTGGTGCAGTTCCTGGAGAAGGATGCCACTCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGAGCAC         GTGATCCGGGGGCTGCTCAAATACTGGCCAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105673 CAGAGCACGTG...CAGGTGATCCGGGGGCTGCTCAAATACTGGCCAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCTGCACCCAGAAGGAG         GTGATGTTTCTGGGGGAGATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105783 ACCTGCACCCAGAAGGAGGTA...CAGGTGATGTTTCTGGGGGAGATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAGATTCTTGATGTCATCGAGCCCTCCCAGTTTGTGAAGATCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105963 AGAGATTCTTGATGTCATCGAGCCCTCCCAGTTTGTGAAGATCCAGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCCTTTTTAAGCAGGTGGCTCGCTGTGTTTCCAGCCCCCATTTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106013 CCCTTTTTAAGCAGGTGGCTCGCTGTGTTTCCAGCCCCCATTTCCAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117       GTTGCAGAGCGGGCTCTGTATTTCTGGAACAATGAGTATATCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106063 ...CAGGTTGCAGAGCGGGCTCTGTATTTCTGGAACAATGAGTATATCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAGCCTCATTGAGGACAACTGCCACACTGTGCTGCCTGCTGTGTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107000 AAGCCTCATTGAGGACAACTGCCACACTGTGCTGCCTGCTGTGTTTGGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCCTCTACCAAGTCTCCAAGGAGCACTGGAACCA         AACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107050 CCCTCTACCAAGTCTCCAAGGAGCACTGGAACCAGTG...AAGAACCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTATCACTGATCTACAATGTGCTCAAGACCTTCATGGAGATGAATGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107343 GTATCACTGATCTACAATGTGCTCAAGACCTTCATGGAGATGAATGGGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCTGTTTGATGAGCTCACAGCCTCCTACAAGCTGGAAAAGCAGCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107393 GCTGTTTGATGAGCTCACAGCCTCCTACAAGCTGGAAAAGCAGCAGTG..

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347     GGAGCAGCAGAAGGCCCAGGAGCGTCAGGAGTTATGGCAAGGTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107443 .CAGGGAGCAGCAGAAGGCCCAGGAGCGTCAGGAGTTATGGCAAGGTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGAGCTGCGGCTACGCCGGCTACAGGGGACCCAGGGGGCCAAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107934 GAGGAGCTGCGGCTACGCCGGCTACAGGGGACCCAGGGGGCCAAGGAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1443 CCCCCTCCAGCGGCTTACACCCCAGGTGGCCGCCAGTGGGGGTCAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107984 CCCCCTCCAGCGGCTTACACCCCAGGTGGCCGCCAGTGGGGGTCAGAGC