seq1 = pF1KB5882.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB5882/gi568815583f_66603259.tfa (gi568815583f:66603259_66881532), 278274 bp

>pF1KB5882 1488
>gi568815583f:66603259_66881532 (Chr15)

1-817  (100001-100817)   100% ->
818-874  (108410-108466)   100% ->
875-952  (113163-113240)   100% ->
953-1488  (177739-178274)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCAGGTCCAAACGCTCGGGGCTGGTGCGGCGACTTTGGCGAAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCAGGTCCAAACGCTCGGGGCTGGTGCGGCGACTTTGGCGAAGTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGTCCCCGACCGGGAGGAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGGTCCCCGACCGGGAGGAAGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAGGATGGGAGCTTGGGCAGCCGAGCTGAGCCGGCCCCGCGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAGGATGGGAGCTTGGGCAGCCGAGCTGAGCCGGCCCCGCGGGCAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGCGGAGGCTGCGGCCGCTCCGAAGTCCGCCCGGTAGCCCCGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGGCGGAGGCTGCGGCCGCTCCGAAGTCCGCCCGGTAGCCCCGCGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCCGGGACGCAGTGGGACAGCGAGGCGCCCAGGGCGCGGGGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCCGGGACGCAGTGGGACAGCGAGGCGCCCAGGGCGCGGGGAGGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCGCGCAGGGGGCCCCCCGAGGCCCATGTCGGAGCCAGGGGCCGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCGCGCAGGGGGCCCCCCGAGGCCCATGTCGGAGCCAGGGGCCGGCGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGAGCTCCCTGCTGGACGTGGCGGAGCCGGGAGGCCCGGGCTGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGAGCTCCCTGCTGGACGTGGCGGAGCCGGGAGGCCCGGGCTGGCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGAGAGTGACTGCGAGACGGTGACCTGCTGTCTCTTTTCGGAGCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGAGAGTGACTGCGAGACGGTGACCTGCTGTCTCTTTTCGGAGCGGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGCCGGCGCGCCCCGGGACGCCAGCGACCCCCTGGCCGGGGCGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGCCGGCGCGCCCCGGGACGCCAGCGACCCCCTGGCCGGGGCGGCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCCGGCGGGCGGCGGGCGGAGTCGCGAAGCGCGCTCGCGGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGCCGGCGGGCGGCGGGCGGAGTCGCGAAGCGCGCTCGCGGCTGCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGGAGCAGGAACTCAAAACCGTCACGTACTCGCTGCTGAAGCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGGAGCAGGAACTCAAAACCGTCACGTACTCGCTGCTGAAGCGGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGAGCGCTCGCTGGACACGCTGCTGGAGGCGGTGGAGTCCCGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGAGCGCTCGCTGGACACGCTGCTGGAGGCGGTGGAGTCCCGCGGCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGCCGGGCGGCTGCGTGCTGGTGCCGCGCGCCGACCTCCGCCTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGCCGGGCGGCTGCGTGCTGGTGCCGCGCGCCGACCTCCGCCTGGGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAGCCCGCGCCGCCGCAGCTGCTGCTCGGCCGCCTCTTTCGCTGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAGCCCGCGCCGCCGCAGCTGCTGCTCGGCCGCCTCTTTCGCTGGCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCTGCAGCACGCCGTGGAGCTGAAGCCCCTGTGCGGCTGCCACAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCTGCAGCACGCCGTGGAGCTGAAGCCCCTGTGCGGCTGCCACAGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCGCCGCCGCCGACGGCCCTACCGTGTGCTGCAACCCCTACCACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCGCCGCCGCCGACGGCCCTACCGTGTGCTGCAACCCCTACCACTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCGGCTCTGCGGGCCCG         AATCTCCGCCACCTCCCTACTCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100801 CCGGCTCTGCGGGCCCGGTG...CAGAATCTCCGCCACCTCCCTACTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGCTGTCTCCTCGCGACGAGTACAAGCCACTGG         ATCTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108434 GGCTGTCTCCTCGCGACGAGTACAAGCCACTGGGTA...CAGATCTGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GATTCCACATTGTCTTACACTGAAACGGAGGCTACCAACTCCCTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113171 GATTCCACATTGTCTTACACTGAAACGGAGGCTACCAACTCCCTCATCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCTCCGGGTGAATTCTCAG         ACGCCAGCATGTCTCCGGACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113221 TGCTCCGGGTGAATTCTCAGGTC...CAGACGCCAGCATGTCTCCGGACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCACCAAGCCGAGCCACTGGTGCAGCGTGGCGTACTGGGAGCACCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177760 CCACCAAGCCGAGCCACTGGTGCAGCGTGGCGTACTGGGAGCACCGGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCGTGGGCCGCCTCTATGCGGTGTACGACCAGGCCGTCAGCATCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177810 CGCGTGGGCCGCCTCTATGCGGTGTACGACCAGGCCGTCAGCATCTTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CGACCTACCTCAGGGCAGCGGCTTCTGCCTGGGCCAGCTCAACCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177860 CGACCTACCTCAGGGCAGCGGCTTCTGCCTGGGCCAGCTCAACCTGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGCGCAGCGAGTCGGTGCGGCGAACGCGCAGCAAGATCGGCTTCGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177910 AGCGCAGCGAGTCGGTGCGGCGAACGCGCAGCAAGATCGGCTTCGGCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTGCTCAGCAAGGAGCCCGACGGCGTGTGGGCCTACAACCGCGGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177960 CTGCTCAGCAAGGAGCCCGACGGCGTGTGGGCCTACAACCGCGGCGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCCCATCTTCGTCAACTCCCCGACGCTGGACGCGCCCGGCGGCCGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178010 CCCCATCTTCGTCAACTCCCCGACGCTGGACGCGCCCGGCGGCCGCGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TGGTCGTGCGCAAGGTGCCCCCCGGCTACTCCATCAAGGTGTTCGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178060 TGGTCGTGCGCAAGGTGCCCCCCGGCTACTCCATCAAGGTGTTCGACTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAGCGCTCGGGCCTGCAGCACGCGCCCGAGCCCGACGCCGCCGACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178110 GAGCGCTCGGGCCTGCAGCACGCGCCCGAGCCCGACGCCGCCGACGGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTACGACCCCAACAGCGTCCGCATCAGCTTCGCCAAGGGCTGGGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178160 CTACGACCCCAACAGCGTCCGCATCAGCTTCGCCAAGGGCTGGGGGCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GCTACTCCCGGCAGTTCATCACCTCCTGCCCCTGCTGGCTGGAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178210 GCTACTCCCGGCAGTTCATCACCTCCTGCCCCTGCTGGCTGGAGATCCTC

   1500     .    :    .
   1474 CTCAACAACCCCAGA
        |||||||||||||||
 178260 CTCAACAACCCCAGA