seq1 = pF1KB5880.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB5880/gi568815581f_44961330.tfa (gi568815581f:44961330_45204998), 243669 bp

>pF1KB5880 1488
>gi568815581f:44961330_45204998 (Chr17)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-240  (120315-120423)   100% ->
241-385  (125179-125323)   100% ->
386-504  (132356-132474)   100% ->
505-596  (134865-134956)   100% ->
597-713  (135799-135915)   100% ->
714-884  (137053-137223)   100% ->
885-993  (138076-138184)   99% ->
994-1164  (141622-141792)   100% ->
1165-1332  (142380-142547)   100% ->
1333-1470  (143530-143667)   99% ->
1471-1488  (144290-144307)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGAGAGTGAGACAGCAGTGAAGCCGCCGGCACCTCCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGAGAGTGAGACAGCAGTGAAGCCGCCGGCACCTCCGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGATGATGGAAGGGAACGGGAACGGCCATGAGCACTGCAGCGATTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGATGATGGAAGGGAACGGGAACGGCCATGAGCACTGCAGCGATTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAATGAGGAGGACAACAGCTACAACCGGGG         TGGTTTGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 AGAATGAGGAGGACAACAGCTACAACCGGGGGTA...CAGTGGTTTGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGCCAATGACACTGGAGCCAAAAAGAAGAAAAAGAAACAAAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120325 CCAGCCAATGACACTGGAGCCAAAAAGAAGAAAAAGAAACAAAAAAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAGAAAAAGGCAGTGAGACAGATTCAGCCCAGGATCAGCCTGTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120375 GAAAGAAAAAGGCAGTGAGACAGATTCAGCCCAGGATCAGCCTGTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         ATGAACTCTTTGCCAGCAGAGAGGATCCAGGAAATACAGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120425 TA...CAGATGAACTCTTTGCCAGCAGAGAGGATCCAGGAAATACAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCATTGAGCTGTTCTCAGTGGGTCAGGGACCTGCCAAAACCATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125221 GCCATTGAGCTGTTCTCAGTGGGTCAGGGACCTGCCAAAACCATGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTAGCAAGCGAAGCTACCAGTTCTGGGATACGCAGCCCGTCCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125271 GGCTAGCAAGCGAAGCTACCAGTTCTGGGATACGCAGCCCGTCCCCAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGG         GCGAAGTGGTGAACACCCATGGCCCCGTGGAGCCTGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125321 TGGGTA...CAGGCGAAGTGGTGAACACCCATGGCCCCGTGGAGCCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGACAATATCCGCCAGGAGCCCTACACCCTGCCCCAGGGCTTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132394 AAGGACAATATCCGCCAGGAGCCCTACACCCTGCCCCAGGGCTTCACCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATGCTTTGGACCTGGGCGATCGTGGTGTG         CTAAAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 132444 GGATGCTTTGGACCTGGGCGATCGTGGTGTGGTG...CAGCTAAAAGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTACACCCTCCTGAATGAGAACTATGTGGAAGATGATGACAACATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134875 TGTACACCCTCCTGAATGAGAACTATGTGGAAGATGATGACAACATGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGATTTGATTATTCCCCGGAGTTTCTTTTGTG         GGCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 134925 CGATTTGATTATTCCCCGGAGTTTCTTTTGTGGTA...CAGGGCTCTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCACCCGGCTGGCTCCCCCAGTGGCACTGTGGGGTTCGAGTGGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135808 GCCACCCGGCTGGCTCCCCCAGTGGCACTGTGGGGTTCGAGTGGTCTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTCGGAAATTGGTTGGGTTCATTAGCGCCATCCCAGCAAACATCCATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135858 GTCGGAAATTGGTTGGGTTCATTAGCGCCATCCCAGCAAACATCCATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGACAC         AGAGAAGAAGATGGTAGAGATCAACTTCCTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 135908 TATGACACGTA...TAGAGAGAAGAAGATGGTAGAGATCAACTTCCTGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTCCACAAGAAGCTGCGTTCCAAGAGGGTTGCTCCAGTTCTGATCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137086 TGTCCACAAGAAGCTGCGTTCCAAGAGGGTTGCTCCAGTTCTGATCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATCACCAGGCGGGTTCACCTGGAGGGCATCTTCCAAGCAGTTTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137136 AGATCACCAGGCGGGTTCACCTGGAGGGCATCTTCCAAGCAGTTTACACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCGGGGTGGTACTACCAAAGCCCGTTGGCACCTGCAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 137186 GCCGGGGTGGTACTACCAAAGCCCGTTGGCACCTGCAGGTA...CAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTGGCATCGGTCCCTAAACCCACGGAAGTTGATTGAAGTGAAGTTCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 138079 TTGGCATCGGTCCCTAAACCCACGGAAGCTGATTGAAGTGAAGTTCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCTGAGCAGAAATATGACCATGCAGCGCACCATGAAGCTCTACCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138129 ACCTGAGCAGAAATATGACCATGCAGCGCACCATGAAGCTCTACCGACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCAGAG         ACTCCCAAGACAGCTGGGCTGCGACCAATGGAAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138179 CCAGAGGCC...CAGACTCCCAAGACAGCTGGGCTGCGACCAATGGAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAAGGACATTCCAGTAGTGCACCAGCTCCTCACCAGGTACTTGAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141657 AAAGGACATTCCAGTAGTGCACCAGCTCCTCACCAGGTACTTGAAGCAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTCACCTTACGCCCGTCATGAGCCAGGAGGAGGTGGAGCACTGGTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141707 TTCACCTTACGCCCGTCATGAGCCAGGAGGAGGTGGAGCACTGGTTCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCCCAGGAGAATATCATCGACACTTTCGTGGTGGAG         AACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 141757 CCCCAGGAGAATATCATCGACACTTTCGTGGTGGAGGTG...CAGAACGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AAACGGAGAGGTGACAGATTTCCTGAGCTTTTATACGCTGCCCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142385 AAACGGAGAGGTGACAGATTTCCTGAGCTTTTATACGCTGCCCTCCACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCATGAACCATCCAACCCACAAGAGTCTCAAAGCTGCTTATTCTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142435 TCATGAACCATCCAACCCACAAGAGTCTCAAAGCTGCTTATTCTTTCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AACGTTCACACCCAGACCCCTCTTCTAGACCTCATGAGCGACGCCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142485 AACGTTCACACCCAGACCCCTCTTCTAGACCTCATGAGCGACGCCCTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTCGCCAAAATG         AAAGGGTTTGATGTGTTCAATGCACTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 142535 CCTCGCCAAAATGGTG...CAGAAAGGGTTTGATGTGTTCAATGCACTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATCTCATGGAGAACAAAACCTTCCTGGAGAAGCTCAAGTTTGGCATAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143558 ATCTCATGGAGAACAAAACCTTCCTGGAGAAGCTCAAGTTTGGCATAGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GATGGCAACCTGCAGTATTACCTTTACAATTGGAAATGCCCCAGCATGGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143608 GACGGCAACCTGCAGTATTACCTTTACAATTGGAAATGCCCCAGCATGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1461 GGCAGAGAAG         GTTGGACTGGTGCTACAA
        ||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 143658 GGCAGAGAAGGTA...TAGGTTGGACTGGTGCTACAA