seq1 = pF1KB5876.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KB5876/gi568815585r_44841209.tfa (gi568815585r:44841209_45089436), 248228 bp

>pF1KB5876 1485
>gi568815585r:44841209_45089436 (Chr13)

(complement)

1-412  (100001-100412)   99% ->
413-495  (107283-107365)   100% ->
496-594  (108617-108715)   100% ->
595-657  (109485-109547)   100% ->
658-734  (110171-110247)   100% ->
735-827  (123501-123593)   100% ->
828-1021  (129863-130056)   100% ->
1022-1138  (139599-139715)   100% ->
1139-1371  (145763-145995)   100% ->
1372-1485  (148115-148228)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGCCGACTAGTGATTTCGAGACTCCTATCGGGTGGCATGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGCCGACTAGTGATTTCGAGACTCCTATCGGGTGGCATGCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCCGAGCTGACTCCCACGTTAGGGCCCCTGAGCGACACTGCCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCCGAGCTGACTCCCACGTTAGGGCCCCTGAGCGACACTGCCCCGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGACAGGTGGATGTTCTGGGCAATGCTGCCGCCACCGCCACCACCACTT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGACAGCTGGATGTTCTGGGCAATGCTGCCGCCACCGCCACCACCACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGTCCTCGCTTCCCGCAGCCGGGTCAAAGCCTTCCTCTGAGTCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGTCCTCGCTTCCCGCAGCCGGGTCAAAGCCTTCCTCTGAGTCGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCATGGAGGCCCAGTCTCTCCCCGGGGCTCCGCCCCCCTTCGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCATGGAGGCCCAGTCTCTCCCCGGGGCTCCGCCCCCCTTCGACGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATTCTTCCCGGGGCGCAACCCCCCTTCGACGCCCAGTCTCCCCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATTCTTCCCGGGGCGCAACCCCCCTTCGACGCCCAGTCTCCCCTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTCAGCCTCAACCCAGCGGCCAGCCTTGGAATTTCCATGCTTCCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTCAGCCTCAACCCAGCGGCCAGCCTTGGAATTTCCATGCTTCCACATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTGGTATTGGAGACAGTCTTCTGATAGGTTTCCTCGGCATCAGAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTGGTATTGGAGACAGTCTTCTGATAGGTTTCCTCGGCATCAGAAGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAACCCTGCAG         TTAAAAATTCTTATTATCCACGAAAGTAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAACCCTGCAGGTA...TAGTTAAAAATTCTTATTATCCACGAAAGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGCAAAATTCACAGACTTCAGCTTACCTCCCAGTAGAAAACAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107312 GATGCAAAATTCACAGACTTCAGCTTACCTCCCAGTAGAAAACAGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAAG         AAAAGAAAGGAACCAGTTTTTCACTTTTTTTGTGATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107362 AAAGGTA...CAGAAAAGAAAGGAACCAGTTTTTCACTTTTTTTGTGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTGTGATCGTGGTTTTAAAAATCAAGAAAAGTATGACAAACACATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108654 CCTGTGATCGTGGTTTTAAAAATCAAGAAAAGTATGACAAACACATGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAACATACAAAA         TGCCCTGAATTAGATTGCTCTTTTACTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 108704 GAACATACAAAAGTA...TAGTGCCCTGAATTAGATTGCTCTTTTACTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACACGAGAAGATTGTCCAGTTCCATTGGAGAAAT         ATGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109514 ACACGAGAAGATTGTCCAGTTCCATTGGAGAAATGTA...TAGATGCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTCCTGGCATGAAGAAGATCAAGTTAGACACTCCAGAGGAAATTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110178 CTCCTGGCATGAAGAAGATCAAGTTAGACACTCCAGAGGAAATTGCACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGAGGGAAGAAAGAAGGAA         AAACTATCCAACTCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110228 TGGAGGGAAGAAAGAAGGAAGTG...TAGAAACTATCCAACTCTGGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATTGAAAGGAAGAAGAAGTTAAAACTTGAAAAGGAGAAGAGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123522 TATTGAAAGGAAGAAGAAGTTAAAACTTGAAAAGGAGAAGAGAGGAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TATTGACAACAACACAATATGG         CAAGATGAAGGGGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123572 TATTGACAACAACACAATATGGGTA...CAGCAAGATGAAGGGGATGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGACATTCACAAATGGCAAAGATCAGAAGTCCTGGCAAGAATCACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129882 AGACATTCACAAATGGCAAAGATCAGAAGTCCTGGCAAGAATCACAAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAAAACGACAATTCTAGACAGAGAGCAGTCACTGGATCAGGCAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129932 GAAAAACGACAATTCTAGACAGAGAGCAGTCACTGGATCAGGCAGTCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGTGTGATTTGAAGCTAGAAGGTCCACCGGAGGCAAATGCAGATCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129982 TGTGTGATTTGAAGCTAGAAGGTCCACCGGAGGCAAATGCAGATCCTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGTGTTTTGATAAACAGTGATTCTG         AGTCTGATAAGGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130032 GGTGTTTTGATAAACAGTGATTCTGGTA...CAGAGTCTGATAAGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAACCACAACATTCTGTGATACCCAAGGAAGTGACACCAGCCCTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139615 GAAACCACAACATTCTGTGATACCCAAGGAAGTGACACCAGCCCTATGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACTAATGAGTAGCTATGGCAGTCTTTCAGGGTCAGAGAGTGAGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139665 CACTAATGAGTAGCTATGGCAGTCTTTCAGGGTCAGAGAGTGAGCCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         AAACTCCCATCAAGACTGAAGCAGACGTTTTGGCAGAAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139715 GGTA...TAGAAACTCCCATCAAGACTGAAGCAGACGTTTTGGCAGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAGGTTCTTGATAGCAGTGCTCCTAAGAGTCCAAGTCAAGATGTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145803 CCAGGTTCTTGATAGCAGTGCTCCTAAGAGTCCAAGTCAAGATGTTAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAACTGTTAGAAATTTTTCAGAAGCCAAGAGTGAGAACCGAAAGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145853 CAACTGTTAGAAATTTTTCAGAAGCCAAGAGTGAGAACCGAAAGAAAAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTTGAAAAAACAAACCCTAAGAGGAAAAAAGATTATCACAACTATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145903 TTTGAAAAAACAAACCCTAAGAGGAAAAAAGATTATCACAACTATCAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GTTATTCGAACCAAGAACACACCATCCATATCTCTTGGAAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 145953 GTTATTCGAACCAAGAACACACCATCCATATCTCTTGGAAATGGTA...T

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372   CTTCTAGCTCCGGACATTCGACATGAAAGAAATGTGATTTTGCAGTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148113 AGCTTCTAGCTCCGGACATTCGACATGAAAGAAATGTGATTTTGCAGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTTCGGTACATCATCAAAAAAGACTTTTTTGGACTGGATACTAATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148163 GTTCGGTACATCATCAAAAAAGACTTTTTTGGACTGGATACTAATTCTGC

   1550     .    :    .
   1470 GAAAAGTAAAGATGTA
        ||||||||||||||||
 148213 GAAAAGTAAAGATGTA