seq1 = pF1KB5875.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB5875/gi568815592f_20302233.tfa (gi568815592f:20302233_20590427), 288195 bp

>pF1KB5875 1395
>gi568815592f:20302233_20590427 (Chr6)

1-393  (100001-100393)   100% ->
394-505  (177614-177725)   100% ->
506-725  (178974-179193)   100% ->
726-889  (180530-180693)   97% ->
890-999  (184462-184571)   100% ->
1000-1135  (185881-186016)   100% ->
1136-1395  (187936-188195)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAAGGGAATCCAGCCCGCTCTGGAGCAGTACCTGGTGACCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAAGGGAATCCAGCCCGCTCTGGAGCAGTACCTGGTGACCGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGGGGAGGGGGCGGCTGTCGTCGCCGCCGCCGCTGCAGCCTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTGGGGAGGGGGCGGCTGTCGTCGCCGCCGCCGCTGCAGCCTCCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAAAGGGCACTGCTAGCCAGCCCCGGCTTCGCCGCCGCCGCCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAAAGGGCACTGCTAGCCAGCCCCGGCTTCGCCGCCGCCGCCGCCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGCCGCCCCGGGCGCGTACATCCAGATCCTCACCACGAACACTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGCCGCCCCGGGCGCGTACATCCAGATCCTCACCACGAACACTTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCTCCTGTTCCTCCTCCCTCCAAAGCGGCGCCGTAGCCGCCGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCTCCTGTTCCTCCTCCCTCCAAAGCGGCGCCGTAGCCGCCGGCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTCCCCAGTGCCCCCGGCGCGGAGCAGACCGCCGGCAGCCTCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTCCCCAGTGCCCCCGGCGCGGAGCAGACCGCCGGCAGCCTCCTCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCACGCCGCACGGACCCTCCAGCAGAGCCGGGCTGCTGCAGCAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCACGCCGCACGGACCCTCCAGCAGAGCCGGGCTGCTGCAGCAGCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCGCTGGGACGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCCCTCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 AGCGCTGGGACGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCCCTCCGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   GCAAAGCGAAGGCTGGAGCTAGGAGAAAGCGGTCATCAGTACCTCTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177612 AGGCAAAGCGAAGGCTGGAGCTAGGAGAAAGCGGTCATCAGTACCTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGGTTTAAAAACCCCCAAGGGCAAAGGAAGAGCTGCACTACGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177662 GATGGTTTAAAAACCCCCAAGGGCAAAGGAAGAGCTGCACTACGAAGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGATAGTCCAAAAA         CTCCAAAATCTCCCTCAGAAAAAACGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 177712 AGATAGTCCAAAAAGTA...AAGCTCCAAAATCTCCCTCAGAAAAAACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGTATGATACGTCTCTTGGTCTGCTCACCAAGAAGTTCATTCAGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179001 GGTATGATACGTCTCTTGGTCTGCTCACCAAGAAGTTCATTCAGCTCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCCAGTCACCCGATGGGGTATTGGATTTGAACAAGGCAGCAGAAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179051 AGCCAGTCACCCGATGGGGTATTGGATTTGAACAAGGCAGCAGAAGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAAAGTGCAAAAGAGAAGGATTTATGATATCACCAACGTTCTGGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179101 AAAAGTGCAAAAGAGAAGGATTTATGATATCACCAACGTTCTGGAAGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCACCTCATTAAGAAGAAGTCTAAAAACAACGTCCAATGGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 179151 TCCACCTCATTAAGAAGAAGTCTAAAAACAACGTCCAATGGATGTG...T

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726   GGGCTGCAGTCTGTCTGAGGATGGGGGCATGCTGGCCCAGTGTCAAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180528 AGGGGCTGCAGTCTGTCTGAGGATGGGGGCATGCTGGCCCAGTGTCAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTGTCAAAAGAAGTGACCGAGCTCAGTCAGGAAGAGAAGAAATTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180578 CCTGTCAAAAGAAGTGACCGAGCTCAGTCAGGAAGAGAAGAAATTAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AACTGATCCAAAGCTGCACCCTGGACCTCAAACTGTTAACCGAGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180628 AACTGATCCAAAGCTGCACCCTGGACCTCAAACTGTTAACCGAGGATTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGAATCAAAGGT TAG         CTTATGTTACATATCAAGATATTC
        ||||||||||| |-| ->>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 180678 GAGAATCAAAGATATC CTT...TAGCTTATGTTACATATCAAGATATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 GAAAAATTAGTGGCCTTAAAGACCAAACTGTTATAGTTGTGAAAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184486 GAAAAATTAGTGGCCTTAAAGACCAAACTGTTATAGTTGTGAAAGCCCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964 CCAGAAACAAGACTTGAAGTGCCTGACTCAATAGAG         AGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 184536 CCAGAAACAAGACTTGAAGTGCCTGACTCAATAGAGGTA...TAGAGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 ACAAATACATTTGGCAAGTACCCAAGGGCCCATTGAGGTTTACTTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185886 ACAAATACATTTGGCAAGTACCCAAGGGCCCATTGAGGTTTACTTATGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055 CAGAAGAGACTGAAACACACAGTCCAATGAAAACAAACAACCAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185936 CAGAAGAGACTGAAACACACAGTCCAATGAAAACAAACAACCAAGACCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105 AATGGGAATATCCCTAAACCCGCTTCCAAAG         ACTTGGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 185986 AATGGGAATATCCCTAAACCCGCTTCCAAAGGTA...CAGACTTGGCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1146 AACCAACTCAGGACATAGCGATTGCTCAGTTTCTATGGGAAACCTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187946 AACCAACTCAGGACATAGCGATTGCTCAGTTTCTATGGGAAACCTTTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1196 CTCTGGCCTCCCCAGCCAACCTCTTACAGCAGACTGAGGACCAAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187996 CTCTGGCCTCCCCAGCCAACCTCTTACAGCAGACTGAGGACCAAATTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1246 TCCAACCTAGAAGGACCGTTTGTGAACTTACTGCCTCCCCTGCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188046 TCCAACCTAGAAGGACCGTTTGTGAACTTACTGCCTCCCCTGCTGCAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1296 GGACTATCTCCTGAGCCTCGGGGAGGAGGAAGGCATCAGCGATCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188096 GGACTATCTCCTGAGCCTCGGGGAGGAGGAAGGCATCAGCGATCTCTTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1346 ATGCTTACGATTTGGAAAAGCTCCCACTGGTGGAAGACTTCATGTGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188146 ATGCTTACGATTTGGAAAAGCTCCCACTGGTGGAAGACTTCATGTGTAGT