seq1 = pF1KB5871.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KB5871/gi568815585f_26154642.tfa (gi568815585f:26154642_26504078), 349437 bp

>pF1KB5871 1392
>gi568815585f:26154642_26504078 (Chr13)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-204  (182926-183001)   100% ->
205-315  (194431-194541)   100% ->
316-456  (199099-199239)   100% ->
457-514  (228173-228230)   100% ->
515-646  (230570-230701)   100% ->
647-790  (238726-238869)   100% ->
791-860  (241644-241713)   100% ->
861-933  (242512-242584)   100% ->
934-1031  (245812-245909)   100% ->
1032-1110  (246628-246706)   100% ->
1111-1269  (246825-246983)   100% ->
1270-1392  (249315-249437)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACCTGTTTGAATACGAGGGCTGCAAAGTTGGCCGAGGCACTTATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACCTGTTTGAATACGAGGGCTGCAAAGTTGGCCGAGGCACTTATGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGTCTACAAAGCCAAGAGGAAAGATGG         GAAGGATGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 ACGTCTACAAAGCCAAGAGGAAAGATGGGTG...CAGGAAGGATGATAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTATGCTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGGATCTCTATGTCGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182939 GACTATGCTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGGATCTCTATGTCGGCATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGAGAAATAGCA         TTACTTCGAGAGCTTAAGCATCCAAACG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 182989 TAGAGAAATAGCAGTA...CAGTTACTTCGAGAGCTTAAGCATCCAAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATTTCTCTTCAAAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATAGGAAGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194459 TCATTTCTCTTCAAAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATAGGAAGGTGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCTGTTTGACTATGCTGAACATGACCTCTGG         CATATAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 194509 CTTCTGTTTGACTATGCTGAACATGACCTCTGGGTA...CAGCATATAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGTTTCACAGAGCTTCTAAAGCAAACAAGAAGCCAGTTCAGTTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199107 CAAGTTTCACAGAGCTTCTAAAGCAAACAAGAAGCCAGTTCAGTTACCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGGAATGGTGAAGTCACTATTATATCAGATCCTAGATGGTATTCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199157 GGGGAATGGTGAAGTCACTATTATATCAGATCCTAGATGGTATTCACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCATGCTAACTGGGTGTTGCACAGAGATTTG         AAACCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 199207 CTGCATGCTAACTGGGTGTTGCACAGAGATTTGGTA...CAGAAACCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228181 TAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515          CTGACATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228231 GTA...CAGCTGACATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTTACATTCTGGTACCGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230611 CCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTTACATTCTGGTACCGAGCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAACTACTTCTTGGAGCAAGGCATTATACCAAAGCTATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 230661 TGAACTACTTCTTGGAGCAAGGCATTATACCAAAGCTATTGGTG...AAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATATTTGGGCTATAGGGTGTATATTTGCAGAACTACTAACGTCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238726 ATATTTGGGCTATAGGGTGTATATTTGCAGAACTACTAACGTCAGAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATATTTCACTGTCGACAAGAGGACATCAAAACTAGTAATCCTTATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238776 ATATTTCACTGTCGACAAGAGGACATCAAAACTAGTAATCCTTATCACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGACCAGCTGGACAGAATATTCAATGTAATGGGATTTCCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 238826 TGACCAGCTGGACAGAATATTCAATGTAATGGGATTTCCTGCAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791    ATAAAGATTGGGAAGATATAAAAAAGATGCCTGAACATTCAACATTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241641 CAGATAAAGATTGGGAAGATATAAAAAAGATGCCTGAACATTCAACATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGAAAGATTTCAGAAGAAATAC         GTATACCAACTGCAGCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 241691 ATGAAAGATTTCAGAAGAAATACGTA...CAGGTATACCAACTGCAGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TATCAAGTATATGGAAAAACATAAAGTTAAACCAGATAGTAAAGCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242530 TATCAAGTATATGGAAAAACATAAAGTTAAACCAGATAGTAAAGCATTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACTTG         CTTCAGAAGCTGCTTACCATGGACCCAATAAAGCGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242580 ACTTGGTA...CAGCTTCAGAAGCTGCTTACCATGGACCCAATAAAGCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATTACCTCAGAACAGGCTATGCAGGACCCCTATTTCTTAGAAGACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245848 ATTACCTCAGAACAGGCTATGCAGGACCCCTATTTCTTAGAAGACCCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCTACATCAGA         CGTTTTTGCCGGTTGTCAAATCCCTTACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 245898 TCCTACATCAGAGTA...CAGCGTTTTTGCCGGTTGTCAAATCCCTTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CAAAACGAGAATTTTTAACGGAAGAAGAACCTGATGACAAAGGAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246657 CAAAACGAGAATTTTTAACGGAAGAAGAACCTGATGACAAAGGAGACAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111          AAGAACCAGCAGCAGCAGCAGGGCAATAACCACACTAATGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246707 GTA...GAGAAGAACCAGCAGCAGCAGCAGGGCAATAACCACACTAATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 AACTGGCCACCCAGGGAATCAAGACAGCAGTCACACACAGGGACCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246866 AACTGGCCACCCAGGGAATCAAGACAGCAGTCACACACAGGGACCCCCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGAAGAAAGTGAGAGTTGTTCCTCCTACCACTACCTCAGGTGGACTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 246916 TGAAGAAAGTGAGAGTTGTTCCTCCTACCACTACCTCAGGTGGACTTATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATGACCTCAGACTATCAG         CGTTCCAATCCACATGCTGCCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 246966 ATGACCTCAGACTATCAGGTA...CAGCGTTCCAATCCACATGCTGCCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCCCAACCCTGGACCAAGCACATCACAGCCGCAGAGCAGCATGGGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249338 TCCCAACCCTGGACCAAGCACATCACAGCCGCAGAGCAGCATGGGATACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CAGCTACCTCCCAGCAGCCTCCACAGTACTCACATCAGACACATCGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249388 CAGCTACCTCCCAGCAGCCTCCACAGTACTCACATCAGACACATCGGTAC