seq1 = pF1KB5866.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KB5866/gi568815594f_154463019.tfa (gi568815594f:154463019_154670647), 207629 bp

>pF1KB5866 1473
>gi568815594f:154463019_154670647 (Chr4)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-306  (102790-102981)   100% ->
307-490  (103471-103654)   100% ->
491-718  (104575-104802)   100% ->
719-832  (105363-105476)   100% ->
833-958  (106164-106289)   100% ->
959-1244  (106496-106781)   100% ->
1245-1473  (107401-107629)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAGGATGGTTTCTTGGAGCTTCCACAAACTTAAAACCATGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAAGGATGGTTTCTTGGAGCTTCCACAAACTTAAAACCATGAAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTATTATTGCTACTATTGTGTGTTTTTCTAGTTAAGTCCCAAGGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTATTATTGCTACTATTGTGTGTTTTTCTAGTTAAGTCCCAAGGTGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGACAATGAGGAG         GGTTTCTTCAGTGCCCGTGGTCATCGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGACAATGAGGAGGTG...TAGGGTTTCTTCAGTGCCCGTGGTCATCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCTTGACAAGAAGAGAGAAGAGGCTCCCAGCCTGAGGCCTGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102817 CCCCTTGACAAGAAGAGAGAAGAGGCTCCCAGCCTGAGGCCTGCCCCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCATCAGTGGAGGTGGCTATCGGGCTCGTCCAGCCAAAGCAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 GCCCATCAGTGGAGGTGGCTATCGGGCTCGTCCAGCCAAAGCAGCTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCAAAAGAAAGTAGAAAGAAAAGCCCCTGATGCTGGAGGCTGTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102917 CTCAAAAGAAAGTAGAAAGAAAAGCCCCTGATGCTGGAGGCTGTCTTCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGACCCAGACCTG         GGGGTGTTGTGTCCTACAGGATGTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102967 GCTGACCCAGACCTGGTG...TAGGGGGTGTTGTGTCCTACAGGATGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTGCAAGAGGCTTTGCTACAACAGGAAAGGCCAATCAGAAATAGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103497 GTTGCAAGAGGCTTTGCTACAACAGGAAAGGCCAATCAGAAATAGTGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAGTTAAATAACAATGTGGAAGCTGTTTCCCAGACCTCCTCTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103547 ATGAGTTAAATAACAATGTGGAAGCTGTTTCCCAGACCTCCTCTTCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTCAGTACATGTATTTGCTGAAAGACCTGTGGCAAAAGAGGCAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103597 TTTCAGTACATGTATTTGCTGAAAGACCTGTGGCAAAAGAGGCAGAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGTAAAAG         ATAATGAAAATGTAGTCAATGAGTACTCCTCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103647 AGTAAAAGGTA...CAGATAATGAAAATGTAGTCAATGAGTACTCCTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACTGGAAAAGCACCAATTATATATAGATGAGACTGTGAATAGCAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104608 AACTGGAAAAGCACCAATTATATATAGATGAGACTGTGAATAGCAATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAACTAACCTTCGTGTGCTTCGTTCAATCCTGGAAAACCTGAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104658 CCAACTAACCTTCGTGTGCTTCGTTCAATCCTGGAAAACCTGAGAAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AATACAAAAGTTAGAATCTGATGTCTCAGCTCAAATGGAATATTGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104708 AATACAAAAGTTAGAATCTGATGTCTCAGCTCAAATGGAATATTGTCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCCATGCACTGTCAGTTGCAATATTCCTGTGGTGTCTGGCAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104758 CCCCATGCACTGTCAGTTGCAATATTCCTGTGGTGTCTGGCAAAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719     AATGTGAGGAAATTATCAGGAAAGGAGGTGAAACATCTGAAATGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104808 .CAGAATGTGAGGAAATTATCAGGAAAGGAGGTGAAACATCTGAAATGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCTCATTCAACCTGACAGTTCTGTCAAACCGTATAGAGTATACTGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105409 TCTCATTCAACCTGACAGTTCTGTCAAACCGTATAGAGTATACTGTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAATACAGAAAATGGAG         GATGGACAGTGATTCAGAACCGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105459 TGAATACAGAAAATGGAGGTA...AAGGATGGACAGTGATTCAGAACCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAAGACGGTAGTGTTGACTTTGGCAGGAAATGGGATCCATATAAACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106187 CAAGACGGTAGTGTTGACTTTGGCAGGAAATGGGATCCATATAAACAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATTTGGAAATGTTGCAACCAACACAGATGGGAAGAATTACTGTGGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106237 ATTTGGAAATGTTGCAACCAACACAGATGGGAAGAATTACTGTGGCCTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAG         GTGAATATTGGCTTGGAAATGATAAAATTAGCCAGCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106287 CAGGTA...TAGGTGAATATTGGCTTGGAAATGATAAAATTAGCCAGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACCAGGATGGGACCCACAGAACTTTTGATAGAAATGGAGGACTGGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106534 ACCAGGATGGGACCCACAGAACTTTTGATAGAAATGGAGGACTGGAAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGACAAAGTAAAGGCTCACTATGGAGGATTCACTGTACAGAATGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106584 AGACAAAGTAAAGGCTCACTATGGAGGATTCACTGTACAGAATGAAGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAAATACCAGATCTCAGTGAACAAATACAGAGGAACAGCCGGTAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106634 ACAAATACCAGATCTCAGTGAACAAATACAGAGGAACAGCCGGTAATGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTCATGGATGGAGCATCTCAGCTGATGGGAGAAAACAGGACCATGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106684 CTCATGGATGGAGCATCTCAGCTGATGGGAGAAAACAGGACCATGACCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCACAACGGCATGTTCTTCAGCACGTATGACAGAGACAATGACGGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106734 TCACAACGGCATGTTCTTCAGCACGTATGACAGAGACAATGACGGCTGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245        GTTAACATCAGATCCCAGAAAACAGTGTTCTAAAGAAGACGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106784 A...CAGGTTAACATCAGATCCCAGAAAACAGTGTTCTAAAGAAGACGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGTGGATGGTGGTATAATAGATGTCATGCAGCCAATCCAAACGGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107444 GGTGGATGGTGGTATAATAGATGTCATGCAGCCAATCCAAACGGCAGATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTACTGGGGTGGACAGTACACCTGGGACATGGCAAAGCATGGCACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107494 CTACTGGGGTGGACAGTACACCTGGGACATGGCAAAGCATGGCACAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGGTGTAGTATGGATGAATTGGAAGGGGTCATGGTACTCAATGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107544 ATGGTGTAGTATGGATGAATTGGAAGGGGTCATGGTACTCAATGAGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1438 ATGAGTATGAAGATCAGGCCCTTCTTCCCACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107594 ATGAGTATGAAGATCAGGCCCTTCTTCCCACAGCAA