seq1 = pF1KB5865.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB5865/gi568815593r_138847120.tfa (gi568815593r:138847120_139227843), 380724 bp

>pF1KB5865 1383
>gi568815593r:138847120_139227843 (Chr5)

(complement)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-244  (106671-106809)   100% ->
245-353  (176798-176906)   100% ->
354-453  (185125-185224)   100% ->
454-645  (200852-201043)   100% ->
646-767  (206552-206673)   100% ->
768-864  (275960-276056)   100% ->
865-1029  (276509-276673)   100% ->
1030-1383  (280371-280724)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCCAGAGCCTGCCTTCATCTAGGATGGCTCCTCTGGGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCCCAGAGCCTGCCTTCATCTAGGATGGCTCCTCTGGGCATGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTGGGCTGCTGATGGCCGCCTGCTTCACCTTCTGCCTCAGTCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTGGGCTGCTGATGGCCGCCTGCTTCACCTTCTGCCTCAGTCATCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTG         AAGGAGTTTGCCCTGACCAACCCAGAGAAGAGCAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGGTA...CAGAAGGAGTTTGCCCTGACCAACCCAGAGAAGAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAAAGAAACAGAGAGAAAAGAAACCAAAGCCGAGGAGGAGCTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106707 ACCAAAGAAACAGAGAGAAAAGAAACCAAAGCCGAGGAGGAGCTGGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAAGTCCTGGAGGTGTTCCACCCGACGCATGAGTGGCAGGCCCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106757 CGAAGTCCTGGAGGTGTTCCACCCGACGCATGAGTGGCAGGCCCTTCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAG         GGCAGGCTGTCCCTGCAGGATCCCACGTACGGCTGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106807 CAGGTA...TAGGGCAGGCTGTCCCTGCAGGATCCCACGTACGGCTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCAGACTGGGGAAAGAGAGGCAAAACTCCAATATGAGGACAAGTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176836 CTTCAGACTGGGGAAAGAGAGGCAAAACTCCAATATGAGGACAAGTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAATAATTTGAAAGGCAAAAG         GCTGGATATCAACACCAACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 176886 AAATAATTTGAAAGGCAAAAGGTA...CAGGCTGGATATCAACACCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTACACATCTCAGGATCTCAAGAGTGCACTGGCAAAATTCAAGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185145 CCTACACATCTCAGGATCTCAAGAGTGCACTGGCAAAATTCAAGGAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAGAGATGGAGAGTTCAAAGGAAGACAAG         GCAAGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 185195 GCAGAGATGGAGAGTTCAAAGGAAGACAAGGTG...TAGGCAAGGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAGGTAAAGCGGCTCTTCCGCCCCATTGAGGAACTGAAGAAAGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200863 TGAGGTAAAGCGGCTCTTCCGCCCCATTGAGGAACTGAAGAAAGACTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAGCTGAATGTTGTCATTGAGACTGACATGCAGATCATGGTACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200913 ATGAGCTGAATGTTGTCATTGAGACTGACATGCAGATCATGGTACGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCAACAAGTTCAATAGTTCCAGCTCCAGTTTGGAAGAGAAGATTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200963 ATCAACAAGTTCAATAGTTCCAGCTCCAGTTTGGAAGAGAAGATTGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTCTTTGATCTTGAATATTATGTCCATCAG         ATGGACAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 201013 GCTCTTTGATCTTGAATATTATGTCCATCAGGTA...CAGATGGACAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CGCAGGACCTGCTTTCCTTTGGTGGTCTTCAAGTGGTGATCAATGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206562 CGCAGGACCTGCTTTCCTTTGGTGGTCTTCAAGTGGTGATCAATGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACAGCACAGAGCCCCTCGTGAAGGAGTATGCTGCGTTTGTGCTGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206612 AACAGCACAGAGCCCCTCGTGAAGGAGTATGCTGCGTTTGTGCTGGGCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCCTTTTCCAG         CAACCCCAAGGTCCAGGTGGAGGCCATCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 206662 TGCCTTTTCCAGGTG...CAGCAACCCCAAGGTCCAGGTGGAGGCCATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGGGGGAGCCCTGCAGAAGCTGCTGGTCATCCTGGCCACGGAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275989 AAGGGGGAGCCCTGCAGAAGCTGCTGGTCATCCTGGCCACGGAGCAGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCACTGCAAAGAAGAAG         GTCCTGTTTGCACTGTGCTCCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 276039 CTCACTGCAAAGAAGAAGGTG...CAGGTCCTGTTTGCACTGTGCTCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCTGCGCCACTTCCCCTATGCCCAGCGGCAGTTCCTGAAGCTCGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276532 GCTGCGCCACTTCCCCTATGCCCAGCGGCAGTTCCTGAAGCTCGGGGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCAGGTCCTGAGGACCCTGGTGCAGGAGAAGGGCACGGAGGTGCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276582 TGCAGGTCCTGAGGACCCTGGTGCAGGAGAAGGGCACGGAGGTGCTCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCGCGTGGTCACACTGCTCTACGACCTGGTCACGGAGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 276632 GTGCGCGTGGTCACACTGCTCTACGACCTGGTCACGGAGAAGGTG...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1030  ATGTTCGCCGAGGAGGAGGCTGAGCTGACCCAGGAGATGTCCCCAGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280370 GATGTTCGCCGAGGAGGAGGCTGAGCTGACCCAGGAGATGTCCCCAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCTGCAGCAGTATCGCCAGGTACACCTCCTGCCAGGCCTGTGGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280420 AGCTGCAGCAGTATCGCCAGGTACACCTCCTGCCAGGCCTGTGGGAACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGCTGGTGCGAGATCACGGCCCACCTCCTGGCGCTGCCCGAGCATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280470 GGCTGGTGCGAGATCACGGCCCACCTCCTGGCGCTGCCCGAGCATGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGTGAGAAGGTGCTGCAGACACTGGGCGTCCTCCTGACCACCTGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280520 CCGTGAGAAGGTGCTGCAGACACTGGGCGTCCTCCTGACCACCTGCCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACCGCTACCGTCAGGACCCCCAGCTCGGCAGGACACTGGCCAGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280570 ACCGCTACCGTCAGGACCCCCAGCTCGGCAGGACACTGGCCAGCCTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGAGTACCAGGTGCTGGCCAGCCTGGAGCTGCAGGATGGTGAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280620 GCTGAGTACCAGGTGCTGGCCAGCCTGGAGCTGCAGGATGGTGAGGACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGGCTACTTCCAGGAGCTGCTGGGCTCTGTCAACAGCTTGCTGAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280670 GGGCTACTTCCAGGAGCTGCTGGGCTCTGTCAACAGCTTGCTGAAGGAGC

   1450     .
   1379 TGAGA
        |||||
 280720 TGAGA