seq1 = pF1KB5860.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KB5860/gi568815597f_204425519.tfa (gi568815597f:204425519_204649679), 224161 bp

>pF1KB5860 1470
>gi568815597f:204425519_204649679 (Chr1)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-153  (100842-100916)   100% ->
154-287  (105166-105299)   100% ->
288-343  (106673-106728)   100% ->
344-411  (111912-111979)   100% ->
412-511  (112691-112790)   100% ->
512-672  (117266-117426)   100% ->
673-822  (119017-119166)   100% ->
823-903  (121279-121359)   100% ->
904-1470  (123595-124161)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATCATTTTCCACCTCTGCTCAGTGTTCAACATCTGACAGTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACATCATTTTCCACCTCTGCTCAGTGTTCAACATCTGACAGTGCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGATCTCTCCTGGACAAATCAATCAG         GTACGACCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CAGGATCTCTCCTGGACAAATCAATCAGGTA...CAGGTACGACCAAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCGCTTTTGAAGATTTTGCATGCAGCAGGTGCGCAAGGTGAAATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100855 TGCCGCTTTTGAAGATTTTGCATGCAGCAGGTGCGCAAGGTGAAATGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGTTAAAGAG         GTCATGCACTATTTAGGTCAGTACATAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100905 ACTGTTAAAGAGGTA...CAGGTCATGCACTATTTAGGTCAGTACATAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGAAGCAACTTTATGATCAGCAGGAGCAGCATATGGTATATTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105195 GGTGAAGCAACTTTATGATCAGCAGGAGCAGCATATGGTATATTGTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGATCTTTTGGGAGAACTACTGGGACGTCAGAGCTTCTCCGTGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105245 GAGATCTTTTGGGAGAACTACTGGGACGTCAGAGCTTCTCCGTGAAAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAAG         CCCTCTCTATGATATGCTAAGAAAGAATCTTGTCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105295 CCAAGGTA...CAGCCCTCTCTATGATATGCTAAGAAAGAATCTTGTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTAGCCACTGCTACTACAG         ATGCTGCTCAGACTCTCGCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106709 TTTAGCCACTGCTACTACAGGTA...CAGATGCTGCTCAGACTCTCGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCGCACAGGATCACAGTATGGATATTCCAAGTCAAGACCAACTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111933 TCGCACAGGATCACAGTATGGATATTCCAAGTCAAGACCAACTGAAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412       CAAAGTGCAGAGGAAAGTTCCACTTCCAGAAAAAGAACTACAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111983 ...CAGCAAAGTGCAGAGGAAAGTTCCACTTCCAGAAAAAGAACTACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGACGATATCCCCACACTGCCTACCTCAGAGCATAAATGCATACATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112735 AGACGATATCCCCACACTGCCTACCTCAGAGCATAAATGCATACATTCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGAAG         ATGAAGACTTAATTGAAAATTTAGCCCAAGATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112785 GAGAAGGTA...TAGATGAAGACTTAATTGAAAATTTAGCCCAAGATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACATCTAGGCTGGACCTTGGATTTGAGGAGTGGGATGTAGCTGGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117301 ACATCTAGGCTGGACCTTGGATTTGAGGAGTGGGATGTAGCTGGCCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTGGTGGTTTTTAGGAAACTTGAGAAGCAACTATACACCTAGAAGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117351 TTGGTGGTTTTTAGGAAACTTGAGAAGCAACTATACACCTAGAAGTAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCTCAACTGATTTACAGACAAATCAG         GATGTGGGTACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117401 GCTCAACTGATTTACAGACAAATCAGGTA...TAGGATGTGGGTACTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATTGTTTCAGATACTACAGATGACTTGTGGTTTTTGAATGAGTCAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119032 ATTGTTTCAGATACTACAGATGACTTGTGGTTTTTGAATGAGTCAGTATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGCAGTTAGGTGTTGGAATAAAAGTTGAAGCTGCTGATACTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119082 AGAGCAGTTAGGTGTTGGAATAAAAGTTGAAGCTGCTGATACTGAACAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAGTGAAGAAGTAGGGAAAGTAAGTGACAAAAAG         GTGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119132 CAAGTGAAGAAGTAGGGAAAGTAAGTGACAAAAAGGTA...CAGGTGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAAGTGGGAAAAAATGATGACCTGGAGGACTCTAAGTCCTTAAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121285 GAAGTGGGAAAAAATGATGACCTGGAGGACTCTAAGTCCTTAAGTGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TACCGATGTAGAGGTTACCTCTGAG         GATGAGTGGCAGTGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121335 TACCGATGTAGAGGTTACCTCTGAGGTA...TAGGATGAGTGGCAGTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTGAATGCAAGAAATTTAACTCTCCAAGCAAGAGGTACTGTTTTCGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123611 CTGAATGCAAGAAATTTAACTCTCCAAGCAAGAGGTACTGTTTTCGTTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGGCCTTGAGGAAGGATTGGTATTCAGATTGTTCAAAGTTAACCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123661 TGGGCCTTGAGGAAGGATTGGTATTCAGATTGTTCAAAGTTAACCCATTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCTCTCCACGTCTGATATCACTGCCATACCTGAAAAGGAAAATGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123711 TCTCTCCACGTCTGATATCACTGCCATACCTGAAAAGGAAAATGAAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGATGTCCCTGATTGTCGAAGAACCATTTCGGCTCCTGTCGTTAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123761 ATGATGTCCCTGATTGTCGAAGAACCATTTCGGCTCCTGTCGTTAGACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAGATGCGTATATAAAGAAAGAAAACTCCAAACTTTTTGATCCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123811 AAAGATGCGTATATAAAGAAAGAAAACTCCAAACTTTTTGATCCCTGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCAGTGGAATTCTTGGATTTGGCTCACAGTTCTGAAAGCCAAGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123861 CTCAGTGGAATTCTTGGATTTGGCTCACAGTTCTGAAAGCCAAGAGACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTCAAGCATGGGAGAACAGTTAGATAACCTTTCTGAACAGAGAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123911 TCTCAAGCATGGGAGAACAGTTAGATAACCTTTCTGAACAGAGAACAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACAGAAAACATGGAGGATTGCCAGAATCTCTTGAAGCCATGTAGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123961 ACAGAAAACATGGAGGATTGCCAGAATCTCTTGAAGCCATGTAGCTTATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAGAAAAGACCACGAGACGGGAACATTATTCATGGAAGGACGGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124011 TGAGAAAAGACCACGAGACGGGAACATTATTCATGGAAGGACGGGCCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGTCACTTGTTTTCACTGTGCCAGAAGACTAAAGAAGGCTGGGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124061 TTGTCACTTGTTTTCACTGTGCCAGAAGACTAAAGAAGGCTGGGGCTTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGCCCTATTTGCAAGAAAGAGATTCAGCTGGTTATTAAGGTTTTTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124111 TGCCCTATTTGCAAGAAAGAGATTCAGCTGGTTATTAAGGTTTTTATAGC

   1550 
   1470 A
        |
 124161 A