seq1 = pF1KB5858.tfa, 1470 bp
seq2 = pF1KB5858/gi568815596f_87967865.tfa (gi568815596f:87967865_88210509), 242645 bp

>pF1KB5858 1470
>gi568815596f:87967865_88210509 (Chr2)

1-137  (100001-100137)   100% ->
138-314  (116452-116628)   100% ->
315-528  (119998-120211)   99% ->
529-659  (123148-123278)   100% ->
660-698  (125653-125691)   100% ->
699-888  (128731-128920)   98% ->
889-981  (135194-135286)   100% ->
982-1145  (138461-138624)   100% ->
1146-1314  (140507-140675)   100% ->
1315-1470  (142490-142645)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAATAGGGAGAATGGAGAACGTGGAGGTCTTCACCGCTGAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAATAGGGAGAATGGAGAACGTGGAGGTCTTCACCGCTGAGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAAGGGGTCTGAAGGCCACCAAGGAGTTCTGGGCTGCAGATATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAAGGGGTCTGAAGGCCACCAAGGAGTTCTGGGCTGCAGATATCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCTGAGCGGGCTTATTCCGCAGTGGTTTTTGACAG         CCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 TTGCTGAGCGGGCTTATTCCGCAGTGGTTTTTGACAGGTA...CAGCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTAATTTTGTGTGCCACACCTGCTTCAAGAGGCAGGAGAAGCTCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116456 GTTAATTTTGTGTGCCACACCTGCTTCAAGAGGCAGGAGAAGCTCCATCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTGGGCAGTGCAAGTTTGCCCATTACTGCGACCGCACCTGCCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116506 CTGTGGGCAGTGCAAGTTTGCCCATTACTGCGACCGCACCTGCCAGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGCTTGGCTGAACCACAAGAATGAATGTTCGGCCATCAAGAGATATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116556 ATGCTTGGCTGAACCACAAGAATGAATGTTCGGCCATCAAGAGATATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGTGCCCAATGAGAACATCAG         GCTGGCGGCGCGCATCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116606 AAGGTGCCCAATGAGAACATCAGGTG...CAGGCTGGCGGCGCGCATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGGAGGGTGGAGAGAGAAGGCACCGGGCTCACGGAGGGCTGCCTGGTGT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120016 GTGGCGGGTGGAGAGAGAAGGCACCGGGCTCACGGAGGGCTGCCTGGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGTGGACGACTTGCAGAACCACGTGGAGCACTTTGGGGAGGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120066 CCGTGGACGACTTGCAGAACCACGTGGAGCACTTTGGGGAGGAGGAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGACCTGCGGGTGGACGTGGACACATTCTTGCAGTACTGGCCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120116 AAGGACCTGCGGGTGGACGTGGACACATTCTTGCAGTACTGGCCGCCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGCCAGCAGTTCAGCATGCAGTACATCTCGCACATCTTCGGAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120166 GAGCCAGCAGTTCAGCATGCAGTACATCTCGCACATCTTCGGAGTGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529      ATTAACTGCAACGGTTTTACTCTCAGTGATCAGAGAGGCCTGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120216 ..TAGATTAACTGCAACGGTTTTACTCTCAGTGATCAGAGAGGCCTGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCGTGGGCGTAGGCATCTTCCCCAACCTGGGCCTGGTGAACCATGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123193 GCCGTGGGCGTAGGCATCTTCCCCAACCTGGGCCTGGTGAACCATGACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTGGCCCAACTGTACTGTCATATTTAACAATGGCAA         TCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123243 TTGGCCCAACTGTACTGTCATATTTAACAATGGCAAGTG...CAGTCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGCAGTGAAATCCATGTTTCATACCCAGATGAG         AATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| 
 125658 AGGCAGTGAAATCCATGTTTCATACCCAGATGAGGTG...CAGAATTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCGGGCCCTAGGCAAGATCTCAGAAGGAGAGGAGCTGACTGTGTCCTA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128738 CTCCGGGCCCTAGGCAAGATCTCAGAAGGAGAGGAGCTGACTGTGTCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATCGACTTCCTCAACGTTAGTGAAGAACGCAAGAGGCAGCTGAAGAAGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128788 TATTGACTTCCTCAACGTTAGTGAAGAACGCAAGAGGCAGCTGAAGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGTACTACTTTGACTGCACATGTGAACACTGCCAGAAAAAACTGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128838 AGTACTACTTTGACTGCACATGTGAACACTGCCAGAAAAAACTGAAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACCTCTTCCTGGGGGTGAAAGACAACCCCAAG         CCCTCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128888 GACCTCTTCCTGGGGGTGAAAGACAACCCCAAGGTA...CAGCCCTCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGAAGTGGTGAAGGAGATGATACAATTCTCCAAGGATACATTGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135202 GGAAGTGGTGAAGGAGATGATACAATTCTCCAAGGATACATTGGAAAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAGACAAGGCTCGTTCCGAGGGTTTGTATCATGAG         GTTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135252 TAGACAAGGCTCGTTCCGAGGGTTTGTATCATGAGGTA...TAGGTTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAATTATGCCGGGAGTGCCTGGAGAAGCAGGAGCCAGTGTTTGCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138467 AAATTATGCCGGGAGTGCCTGGAGAAGCAGGAGCCAGTGTTTGCTGACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACATCTACATGCTGCGGATGCTGAGCATTGTTTCGGAGGTCCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138517 CAACATCTACATGCTGCGGATGCTGAGCATTGTTTCGGAGGTCCTTTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCTCCAGGCCTTTGAGGAGGCCTCGTTCTATGCCAGGAGGATGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138567 ACCTCCAGGCCTTTGAGGAGGCCTCGTTCTATGCCAGGAGGATGGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCTATAT         GAAGCTCTACCACCCCAACAATGCCCAACTGGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 138617 GGCTATATGTA...CAGGAAGCTCTACCACCCCAACAATGCCCAACTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGGCCGTGATGCGGGCAGGGCTGACCAACTGGCATGCTGGTAACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140540 CATGGCCGTGATGCGGGCAGGGCTGACCAACTGGCATGCTGGTAACATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGTGGGGCACGGGATGATCTGCAAAGCCTATGCCATTCTCCTGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140590 AGGTGGGGCACGGGATGATCTGCAAAGCCTATGCCATTCTCCTGGTGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACGGACCCTCCCACCCCATCACTAAGGACTTAGAG         GCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 140640 CACGGACCCTCCCACCCCATCACTAAGGACTTAGAGGCA...CAGGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCGGGTGCAGACGGAGATGGAGCTACGCATGTTCCGCCAGAACGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142495 GCGGGTGCAGACGGAGATGGAGCTACGCATGTTCCGCCAGAACGAATTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGTACTACAAGATGCGCGAGGCTGCCCTGAACAACCAGCCCATGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142545 TGTACTACAAGATGCGCGAGGCTGCCCTGAACAACCAGCCCATGCAGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGGCCGAGCCCAGCAATGAGCCATCCCCAGCTCTGTTCCACAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142595 ATGGCCGAGCCCAGCAATGAGCCATCCCCAGCTCTGTTCCACAAGAAGCA

   1550 
   1470 A
        |
 142645 A