seq1 = pF1KB5852.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KB5852/gi568815597r_240676166.tfa (gi568815597r:240676166_241455776), 779611 bp

>pF1KB5852 1407
>gi568815597r:240676166_241455776 (Chr1)

(complement)

77-177  (357013-357113)   100% ==
224-333  (519068-519177)   100% ->
334-385  (525009-525060)   100% ->
386-450  (585658-585722)   100% ->
451-527  (586925-587001)   100% ->
528-609  (587109-587190)   100% ->
610-684  (628605-628679)   100% ->
685-783  (639362-639460)   100% ->
784-845  (641000-641061)   100% ->
846-956  (642049-642159)   100% ->
957-1082  (643734-643859)   100% ->
1083-1269  (649451-649637)   100% ->
1270-1359  (652784-652873)   100% ->
1360-1407  (679564-679611)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     77 AGATGGAAGACGTCATAGCACGGATGCAAGATGAAAAAAATGGAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357013 AGATGGAAGACGTCATAGCACGGATGCAAGATGAAAAAAATGGAATTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127 ATTCGTACGGTCAAAAGCTTTCTTTCCAAGATACCTAGCGTCTTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357063 ATTCGTACGGTCAAAAGCTTTCTTTCCAAGATACCTAGCGTCTTCTCTGG

    100 
    177 T
        |
 357113 T

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGTGGAGGCGCTCCATTTGGGAACATTAATGGCTGCCCACGGCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519068 CAGTGGAGGCGCTCCATTTGGGAACATTAATGGCTGCCCACGGCTACTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTCCAATCTCAGATCATGTCCTCACACTCAAGGATGATGGCACCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 519118 TTTCCAATCTCAGATCATGTCCTCACACTCAAGGATGATGGCACCTTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGGTTTCAA         ACCCCCTATTTTTGGCCATCAAATTGTTGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 519168 CCGGTTTCAAGTA...CAGACCCCCTATTTTTGGCCATCAAATTGTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCCGGAAAACACAGATTATG         CCGTTTACCTCTGCAAGAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 525040 AGCCGGAAAACACAGATTATGGTC...CAGCCGTTTACCTCTGCAAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ACAATGCAAAACAAGGCACGACTGGAGCTCGCAGACTATGAGGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 585678 ACAATGCAAAACAAGGCACGACTGGAGCTCGCAGACTATGAGGCTGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451     GAGAGCCTGGCCAGGCTGCAGAGAGCATTTGCCCGGAAGTGGGAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 585728 .CAGGAGAGCCTGGCCAGGCTGCAGAGAGCATTTGCCCGGAAGTGGGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCATTTTCATGCAAGCAGAAGCACAAGCAAA         AGTGGACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 586971 TCATTTTCATGCAAGCAGAAGCACAAGCAAAGTG...CAGAGTGGACAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAGAGAGACAAGATTGAAAGGAAGATCCTTGACAGCCAAGAGAGAGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587119 AAGAGAGACAAGATTGAAAGGAAGATCCTTGACAGCCAAGAGAGAGCGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTGGGACGTGCACAGGCCCGTG         CCTGGATGTGTAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 587169 CTGGGACGTGCACAGGCCCGTGGTA...CAGCCTGGATGTGTAAATACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 CTGAAGTGGACATTAAGAAGTCATCCAGAATGAGAAACCCCCACAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 628624 CTGAAGTGGACATTAAGAAGTCATCCAGAATGAGAAACCCCCACAAAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGGAAG         TCTGTCTATGGTTTACAAAATGATATTAGAAGTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 628674 CGGAAGGTA...TAGTCTGTCTATGGTTTACAAAATGATATTAGAAGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 CAGTCCTACCCACACACCCACACCAGAAACTAAACCTCCAACAGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 639397 CAGTCCTACCCACACACCCACACCAGAAACTAAACCTCCAACAGAAGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGTTACAACAACAG         ATAAAATATTGGCAAATACAGTTAGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 639447 AGTTACAACAACAGGTG...CAGATAAAATATTGGCAAATACAGTTAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AGACATCGGTTAAAAATGTCAAAAGTCGCTGACAG         TCTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 641027 AGACATCGGTTAAAAATGTCAAAAGTCGCTGACAGGTG...TAGTCTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 AAGTTACACGGAACAGTATTTAGAATACGACCCGTTTCTTTTGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 642055 AAGTTACACGGAACAGTATTTAGAATACGACCCGTTTCTTTTGCCACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ACCCTTCTAACCCATGGCTGTCCGATGACACCACTTTCTGGGAACTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 642105 ACCCTTCTAACCCATGGCTGTCCGATGACACCACTTTCTGGGAACTTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GCAAG         CAAAGAACCGAGCCAGCAGAGGGTAAAACGATGGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 642155 GCAAGGTA...TAGCAAAGAACCGAGCCAGCAGAGGGTAAAACGATGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TTTTGGCATGGACGAGGCATTGAAAGACCCAGTTGGGAGAGAACAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643770 TTTTGGCATGGACGAGGCATTGAAAGACCCAGTTGGGAGAGAACAGTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TTAAATTTCTAGAGTCAGAATTCAGCTCGGAAAATTTAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 643820 TTAAATTTCTAGAGTCAGAATTCAGCTCGGAAAATTTAAGGTA...TAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 TTCTGGCTGGCAGTGGAGGACCTGAAAAAGAGGCCTATTAAAGAAGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 649452 TTCTGGCTGGCAGTGGAGGACCTGAAAAAGAGGCCTATTAAAGAAGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CTCAAGAGTTCAGGAAATATGGCAAGAGTTTCTGGCTCCCGGAGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 649502 CTCAAGAGTTCAGGAAATATGGCAAGAGTTTCTGGCTCCCGGAGCCCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GTGCTATTAACTTGGATTCCAAGAGTTATGACAAAACCACACAGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 649552 GTGCTATTAACTTGGATTCCAAGAGTTATGACAAAACCACACAGAACGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AAGGAACCTGGACGATACACATTTGAAGATGCTCAG         GAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 649602 AAGGAACCTGGACGATACACATTTGAAGATGCTCAGGTG...TAGGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CATTTACAAACTGATGAAAAGTGATTCATACCCACGTTTTATAAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 652789 CATTTACAAACTGATGAAAAGTGATTCATACCCACGTTTTATAAGATCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GTGCCTATCAGGAGCTTCTACAGGCAAAGAAAAAG         GGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 652839 GTGCCTATCAGGAGCTTCTACAGGCAAAGAAAAAGGTA...CAGGGGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TCTCTCACGTCCAAGAGGTTAACAAGCCTTGCTCAGTCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 679570 TCTCTCACGTCCAAGAGGTTAACAAGCCTTGCTCAGTCTTAC