seq1 = pF1KB5849.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KB5849/gi568815579f_35652173.tfa (gi568815579f:35652173_35854471), 202299 bp

>pF1KB5849 738
>gi568815579f:35652173_35854471 (Chr19)

1-34  (96553-96586)   100% ->
35-110  (100004-100079)   100% ->
111-161  (100262-100312)   100% ->
162-191  (100632-100661)   100% ->
192-277  (100742-100827)   100% ->
278-444  (100915-101081)   100% ->
445-585  (101845-101985)   100% ->
586-659  (102074-102147)   100% ->
660-738  (102221-102299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCTGTGAAGGTGAAAGTGGAGAAATCAG         AGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  96553 ATGTTCCCTGTGAAGGTGAAAGTGGAGAAATCAGGTG...CAGAGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATGGCCAAAGCCCGGAACCAACTGGATGCTGTCTTGCAGTGTCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GATGGCCAAAGCCCGGAACCAACTGGATGCTGTCTTGCAGTGTCTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGAGTCACATGGACAG         GGAGCGTCTGGATGAGGAAGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100061 AGAAGAGTCACATGGACAGGTA...TAGGGAGCGTCTGGATGAGGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGGAAAACACCCTCAGACACCCACAATAA         GGACTGCTCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100284 GGGAAAACACCCTCAGACACCCACAATAAGTG...CAGGGACTGCTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CGCAGCCACTGGCAAAAG         GCCATCTGCCCGCTTCCCCCACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100644 CGCAGCCACTGGCAAAAGGTA...CAGGCCATCTGCCCGCTTCCCCCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AGCGGAGGAAGAAGAGGAGGGAGATGGATGATGGGCTGGCTGAGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 AGCGGAGGAAGAAGAGGAGGGAGATGGATGATGGGCTGGCTGAGGGAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CCGCAGCGATCCA         ACACATATGTGATCAAGCTGTTCGACCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100815 CCGCAGCGATCCAGTG...CAGACACATATGTGATCAAGCTGTTCGACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 GAGCGTGGACTTGGCCCAGTTCAGCGAGAACACGCCACTGTACCCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 GAGCGTGGACTTGGCCCAGTTCAGCGAGAACACGCCACTGTACCCAATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GCCGCGCCTGGATGCGCAACAGCCCCTCTGTGCGCGAGCGTGAATGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 GCCGCGCCTGGATGCGCAACAGCCCCTCTGTGCGCGAGCGTGAATGCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCCAGCTCACCCCTGCCCCCGCTGCCTGAGGATGAGGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101043 CCCAGCTCACCCCTGCCCCCGCTGCCTGAGGATGAGGAGGTG...CAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CTCAGAGGTAACCAACAGCAAGAGTCGTGATGTGTACAAGCTGCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101847 CTCAGAGGTAACCAACAGCAAGAGTCGTGATGTGTACAAGCTGCCGCCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCACACCCCCGGGGCCACCCGGAGATGCCTGCAGATCCCGCATCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 CCACACCCCCGGGGCCACCCGGAGATGCCTGCAGATCCCGCATCCCATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCACTGCAGCCTGAGATGCAGGGCACCCCTGACGATGAG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101947 CCACTGCAGCCTGAGATGCAGGGCACCCCTGACGATGAGGTG...CAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTCTGAGCCCGAGCCCTCACCCTCCACACTCATCTATCGCAACATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102076 CTCTGAGCCCGAGCCCTCACCCTCCACACTCATCTATCGCAACATGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCTGGAAACGCATCCGCCAGAG         GTGGAAGGAGGCCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102126 GCTGGAAACGCATCCGCCAGAGGTG...CAGGTGGAAGGAGGCCTCTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CGGAACCAGCTTCGTTACTCAGAAAGCATGAAGATCCTACGAGAGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102240 CGGAACCAGCTTCGTTACTCAGAAAGCATGAAGATCCTACGAGAGATGTA

    800     .    :
    729 CGAACGACAG
        ||||||||||
 102290 CGAACGACAG