seq1 = pF1KB5846.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KB5846/gi568815592f_27985481.tfa (gi568815592f:27985481_28189467), 203987 bp

>pF1KB5846 1455
>gi568815592f:27985481_28189467 (Chr6)

1-411  (100001-100411)   99% ->
412-550  (100692-100830)   100% ->
551-1455  (103083-103987)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACAGAACCAAAGAAAGCTGCAGCCCAGAACTCTCCAGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACAGAACCAAAGAAAGCTGCAGCCCAGAACTCTCCAGAGGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGACTTCTGATAGTGAAGATAGGAGAGGAAGAATTTATCCATGGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGACTTCTGATAGTGAAGATAGAAGAGGAAGAATTTATCCATGGGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACTTGCTTACAGAGAAGTGAACTCCTTAAGCAGGAGCTCTGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACTTGCTTACAGAGAAGTGAACTCCTTAAGCAGGAGCTCTGCAGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTTTTAGGCAGTTCTGCTACCAGGATTCTCCTGGACCTCGCGAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTTTTAGGCAGTTCTGCTACCAGGATTCTCCTGGACCTCGCGAGGCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGCCGCCTCCGGGAGCTCTGCTGTCAGTGGCTGAAGCCAGAGATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGCCGCCTCCGGGAGCTCTGCTGTCAGTGGCTGAAGCCAGAGATCCATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAAGGAACAGATTCTGGAACTGCTGGTGCTAGAGCAGTTCCTGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAAGGAACAGATTCTGGAACTGCTGGTGCTAGAGCAGTTCCTGACCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCCAGGAGATTTGCAGGCCTGGGTACATGAACATTACCCAGAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCCAGGAGATTTGCAGGCCTGGGTACATGAACATTACCCAGAGAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGGAGGCAGTGACCATACTAGAAGATTTGGAGAGAGGCACTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGGAGGCAGTGACCATACTAGAAGATTTGGAGAGAGGCACTGATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGTACTCCAG         GTTCAAGCCCATGAACATGGACAAGAAATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGTACTCCAGGTG...CAGGTTCAAGCCCATGAACATGGACAAGAAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCAGAAAAAAGTGTCACCTCCTGGACCAGCACTTAATGTCAAGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100722 TTCCAGAAAAAAGTGTCACCTCCTGGACCAGCACTTAATGTCAAGTTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCAGTGGAGACCAAGGCCCATTTTGATTCATCAGAACCCCAGCTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100772 GCCAGTGGAGACCAAGGCCCATTTTGATTCATCAGAACCCCAGCTCCTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGACTGTG         ATAATGAGAGTGAAAACAGTAGATCCATGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100822 GGGACTGTGGTG...TAGATAATGAGAGTGAAAACAGTAGATCCATGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGCTGGAAATTTTTGAAAAAATTGAATCACAGAGAATTATATCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103115 AAGCTGGAAATTTTTGAAAAAATTGAATCACAGAGAATTATATCTGGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AATCTCAGGATACATATCAGAAGCATCTGGTGAGTCTCAAGACATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103165 AATCTCAGGATACATATCAGAAGCATCTGGTGAGTCTCAAGACATCTGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTCTGCAGGCAGGGTAAAGAGACAATGGGAAAAAGAATCAGGGGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103215 AGTCTGCAGGCAGGGTAAAGAGACAATGGGAAAAAGAATCAGGGGAGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGAGACTCTCGTCTGCCCAGGATGAAGGTTTTGGTAAAATCCTCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103265 CAGAGACTCTCGTCTGCCCAGGATGAAGGTTTTGGTAAAATCCTCACCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAAAAATACAGTCAGAGGTGAAATAATAAGCCACGATGGATGTGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 CAAAAATACAGTCAGAGGTGAAATAATAAGCCACGATGGATGTGAGAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GATTAAATCTGAACTCAAATGAATTCACACACCAGAAATCTTGTAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 GATTAAATCTGAACTCAAATGAATTCACACACCAGAAATCTTGTAAACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGTACCTGTGACCAGAGCTCCAAATGGAACTCAGATTTTATTAACCATCA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 103415 GGTACCTGTGACCAGAGCTTCAAATGGAACTCAGATTTTATTAACCATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AATAATTTATGCTGGAGAAAAAAATCACCAATATGGAAAATCTTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103465 AATAATTTATGCTGGAGAAAAAAATCACCAATATGGAAAATCTTTCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCCCAAAACTTGCTAAACATGCAGCAGTTTTCAGTGGAGATAAAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103515 GCCCAAAACTTGCTAAACATGCAGCAGTTTTCAGTGGAGATAAAACTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGTGTAATGAATGTGGGAAAGCTTTCAGGCACAGCTCAAAACTTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103565 CAGTGTAATGAATGTGGGAAAGCTTTCAGGCACAGCTCAAAACTTGCTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCATCAGAGAATCCAAACTGGAGAGAGATGCTATGAATGTAATGAATGTG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103615 GCATCAGAGAATCCACACTGGAGAGAGATGCTATGAATGTAATGAATGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GGAAAAGCTTTGCAGAGAGCTCAGATCTTACTAGACATCGGCGAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103665 GGAAAAGCTTTGCAGAGAGCTCAGATCTTACTAGACATCGGCGAATTCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACTGGGGAAAGACCCTTTGGTTGCAAAGAATGTGGGAGAGCATTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103715 ACTGGGGAAAGACCCTTTGGTTGCAAAGAATGTGGGAGAGCATTCAACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAACTCACATCTTATCAGGCATCAGAGAATTCACACCAGAGAGAAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103765 GAACTCACATCTTATCAGGCATCAGAGAATTCACACCAGAGAGAAACCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACGAGTGTAGTGAATGTGGGAAAACCTTCCGAGTGAGCTCACATCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103815 ACGAGTGTAGTGAATGTGGGAAAACCTTCCGAGTGAGCTCACATCTTATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CGACACTTTAGAATTCACACTGGAGAAAAACCCTATGAATGCAGTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103865 CGACACTTTAGAATTCACACTGGAGAAAAACCCTATGAATGCAGTGAGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGGAAGAGCCTTCAGTCAGAGCTCAAACCTTAGTCAACACCAGAGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103915 TGGAAGAGCCTTCAGTCAGAGCTCAAACCTTAGTCAACACCAGAGAATTC

   1450     .    :    .    :
   1433 ACATGAGGGAAAACCTATTAATG
        |||||||||||||||||||||||
 103965 ACATGAGGGAAAACCTATTAATG