seq1 = pF1KB5842.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KB5842/gi568815587r_118654715.tfa (gi568815587r:118654715_118886251), 231537 bp

>pF1KB5842 1449
>gi568815587r:118654715_118886251 (Chr11)

(complement)

1-200  (100001-100200)   100% ->
201-264  (105068-105131)   100% ->
265-369  (106516-106620)   100% ->
370-499  (117900-118029)   100% ->
500-646  (120897-121043)   100% ->
647-741  (122946-123040)   100% ->
742-864  (126208-126330)   100% ->
865-993  (127350-127478)   100% ->
994-1110  (128965-129081)   100% ->
1111-1174  (129929-129992)   100% ->
1175-1276  (130749-130850)   100% ->
1277-1449  (131365-131537)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCACGGCCAGAACAGAGAACCCTGTTATAATGGGTCTGTCCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCACGGCCAGAACAGAGAACCCTGTTATAATGGGTCTGTCCAGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATGGTCAGCTGAGAGGCCCTGTGAAACCCACTGGTGGCCCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATGGTCAGCTGAGAGGCCCTGTGAAACCCACTGGTGGCCCTGGAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGCACACAGACACAGCAACAGATGAACCAGCTGAAAAACACCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGCACACAGACACAGCAACAGATGAACCAGCTGAAAAACACCAACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAATAATGGCACTCAGCAGCAAGCACAGAGTATGACCACCACTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAATAATGGCACTCAGCAGCAAGCACAGAGTATGACCACCACTATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201          ACCTGGTGATGACTGGAAAAAGACTTTAAAACTCCCTCCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTA...TAGACCTGGTGATGACTGGAAAAAGACTTTAAAACTCCCTCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGATCTAAGAATCAAAACTTCG         GATGTGACCTCCACAAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105109 AGGATCTAAGAATCAAAACTTCGGTA...TAGGATGTGACCTCCACAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAAATGAGTTTGAAGATTACTGTTTGAAACGGGAGTTACTGATGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106534 GGAAATGAGTTTGAAGATTACTGTTTGAAACGGGAGTTACTGATGGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTTGAAATGGGCTGGGAAAAGCCATCTCCTATTCAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106584 TTTTGAAATGGGCTGGGAAAAGCCATCTCCTATTCAGGTA...TAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCATTCCCATTGCTTTATCTGGTAGGGATATCTTAGCTAGAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117904 AGAGCATTCCCATTGCTTTATCTGGTAGGGATATCTTAGCTAGAGCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGGAACAGGCAAGAGCGGTGCCTACCTCATTCCCTTACTTGAACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117954 AATGGAACAGGCAAGAGCGGTGCCTACCTCATTCCCTTACTTGAACGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGACCTGAAGAAGGACAATATACAAG         CAATGGTGATTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118004 AGACCTGAAGAAGGACAATATACAAGGTT...CAGCAATGGTGATTGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCACTAGAGAACTTGCTCTACAGGTCAGTCAAATTTGCATCCAGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120912 CCACTAGAGAACTTGCTCTACAGGTCAGTCAAATTTGCATCCAGGTCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAACACATGGGAGGGGCCAAAGTGATGGCAACCACAGGAGGAACCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120962 AAACACATGGGAGGGGCCAAAGTGATGGCAACCACAGGAGGAACCAATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACGAGATGACATAATGAGGCTTGATGATACAG         TGCACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121012 ACGAGATGACATAATGAGGCTTGATGATACAGGTA...TAGTGCACGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGATTGCTACCCCTGGGAGAATCCTGGATCTTATTAAGAAAGGAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122955 TGATTGCTACCCCTGGGAGAATCCTGGATCTTATTAAGAAAGGAGTAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGGTTGATCATGTCCAGATGATAGTATTGGATGAG         GCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123005 AAGGTTGATCATGTCCAGATGATAGTATTGGATGAGGTA...CAGGCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAGTTGCTGTCACAGGATTTTGTGCAGATAATGGAGGATATTATTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126213 TAAGTTGCTGTCACAGGATTTTGTGCAGATAATGGAGGATATTATTCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGCTACCTAAAAACAGGCAGATTTTACTATATTCCGCTACTTTCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126263 CGCTACCTAAAAACAGGCAGATTTTACTATATTCCGCTACTTTCCCTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGTGTACAGAAGTTCATG         AATTCCCATTTGCAGAAACCCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 126313 AGTGTACAGAAGTTCATGGTG...CAGAATTCCCATTTGCAGAAACCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAGATTAACCTGATGGAGGAACTAACTCTGAAGGGAGTAACCCAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127373 TGAGATTAACCTGATGGAGGAACTAACTCTGAAGGGAGTAACCCAGTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGCATATGTAACTGAGCGCCAAAAAGTACACTGCCTCAACACACTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127423 ACGCATATGTAACTGAGCGCCAAAAAGTACACTGCCTCAACACACTTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCCAGG         CTTCAGATAAACCAGTCGATCATTTTCTGTAACTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127473 TCCAGGGTA...CAGCTTCAGATAAACCAGTCGATCATTTTCTGTAACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCTCAGCGAGTTGAATTGCTAGCCAAGAAGATTTCTCAACTGGGTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129000 CTCTCAGCGAGTTGAATTGCTAGCCAAGAAGATTTCTCAACTGGGTTATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTGCTTCTATATTCATGCTAAAATGAGGCAG         GAACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 129050 CTTGCTTCTATATTCATGCTAAAATGAGGCAGGTG...TAGGAACATCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AATCGTGTATTTCATGATTTCCGAAATGGCTTATGCCGCAATCTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129938 AATCGTGTATTTCATGATTTCCGAAATGGCTTATGCCGCAATCTTGTTTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CACTG         ATCTGTTTACCCGAGGTATTGATATACAAGCTGTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129988 CACTGGTA...AAGATCTGTTTACCCGAGGTATTGATATACAAGCTGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGTGGTAATAAACTTTGATTTCCCAAAGCTGGCAGAGACCTATCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130785 ATGTGGTAATAAACTTTGATTTCCCAAAGCTGGCAGAGACCTATCTCCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGTATTGGAAGATCAG         GTCGCTTTGGTCATCTTGGCTTAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130835 CGTATTGGAAGATCAGGTG...TAGGTCGCTTTGGTCATCTTGGCTTAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATCAACTTGATCACATATGATGATCGCTTCAACCTGAAAAGTATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131390 CATCAACTTGATCACATATGATGATCGCTTCAACCTGAAAAGTATTGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGCAGCTGGGAACAGAAATTAAACCTATTCCGAGCAACATTGATAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131440 AGCAGCTGGGAACAGAAATTAAACCTATTCCGAGCAACATTGATAAGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1402 CTGTATGTGGCAGAATACCACAGCGAGCCTGTAGAAGATGAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131490 CTGTATGTGGCAGAATACCACAGCGAGCCTGTAGAAGATGAGAAACCT