seq1 = pF1KB5840.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KB5840/gi568815591r_140354520.tfa (gi568815591r:140354520_140579344), 224825 bp

>pF1KB5840 1446
>gi568815591r:140354520_140579344 (Chr7)

(complement)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-314  (107334-107462)   100% ->
315-544  (119409-119638)   100% ->
545-771  (120112-120338)   99% ->
772-986  (122479-122693)   100% ->
987-1097  (123445-123555)   100% ->
1098-1236  (124112-124250)   100% ->
1237-1446  (124616-124825)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGCTGCAACTCCCGGAACAACAGCCACAACATCAGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGGCTGCAACTCCCGGAACAACAGCCACAACATCAGGAGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGCAGCGGCGACGGCGGCAGCAGCCTCCCCCACCCCGATCCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGGCAGCGGCGACGGCGGCAGCAGCCTCCCCCACCCCGATCCCCACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGCCCCGTCCCTGGGGGCGGGCGGAGGGGGCGGCGGCAGCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCGCCCCGTCCCTGGGGGCGGGCGGAGGGGGCGGCGGCAGCGACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGGCGGCGGCTGGACTAAACAGGTCACCTGCAG         GTATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 AGCGGCGGCGGCTGGACTAAACAGGTCACCTGCAGGTA...CAGGTATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGCATGGGGTTTGTAAGGAAGGAGACAACTGTCGCTACTCGCATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107340 TATGCATGGGGTTTGTAAGGAAGGAGACAACTGTCGCTACTCGCATGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCTGACAGTCCGTATAGTGTAGTGTGCAAGTATTTTCAGCGAGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107390 TCTCTGACAGTCCGTATAGTGTAGTGTGCAAGTATTTTCAGCGAGGGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTATTTATGGAGACCGCTGCAG         ATATGAACATAGCAAACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107440 TGTATTTATGGAGACCGCTGCAGGTA...TAGATATGAACATAGCAAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGAAACAGGAAGAAGCAACTGCTACAGAGCTAACTACAAAGTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119427 ATTGAAACAGGAAGAAGCAACTGCTACAGAGCTAACTACAAAGTCATCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCTGCTTCCTCAAGTCTCTCATCGATAGTTGGACCACTTGTTGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119477 TTGCTGCTTCCTCAAGTCTCTCATCGATAGTTGGACCACTTGTTGAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATACAGGCGAAGCTGAGTCAAGAAATTCAAACTTTGCAACTGTAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119527 AATACAGGCGAAGCTGAGTCAAGAAATTCAAACTTTGCAACTGTAGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGGTTCAGAGGACTGGGTGAATGCTATTGAGTTTGTTCCTGGGCAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119577 AGGTTCAGAGGACTGGGTGAATGCTATTGAGTTTGTTCCTGGGCAACCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTGTGGCCGTA         CTGCGCCTTCCTGCACTGAAGCACCCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119627 ACTGTGGCCGTAGTA...CAGCTGCGCCTTCCTGCACTGAAGCACCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGGGCTCAGTGACCAAGGAAGAATCAGAGAAAGAGCAAACCGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120141 CAGGGCTCAGTGACCAAGGAAGAATCAGAGAAAGAGCAAACCGCCGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GACAAAGAAGCAGCTGTGCCCCTATGCTGCAGTGGGAGAGTGCCGATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120191 GACAAAGAAGCAGCTGTGCCCCTATGCTGCAGTGGGAGAGTGCCGATACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGAGAACTGTGTGTATCTCCACGGAGATTCTTGTGACATGTGTGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120241 GGGAGAACTGTGTGTATCTCCACGGAGATTCTTGTGACATGTGTGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGCTCCTGCATCCAATGGATGCTGCCCAGAGATCGCAGCATATCAAA  
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 120291 CAGGTCCTGCATCCAATGGATGCTGCCCAGAGATCGCAGCATATCAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772        TCGTGCATTGAGGCCCATGAGAAGGACATGGAGCTCTCATTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120341 A...TAGTCGTGCATTGAGGCCCATGAGAAGGACATGGAGCTCTCATTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCGTGCAGCGCAGCAAGGACATGGTGTGTGGGATCTGCATGGAGGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122522 CCGTGCAGCGCAGCAAGGACATGGTGTGTGGGATCTGCATGGAGGTGGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TATGAGAAAGCCAACCCCAGTGAGCGCCGCTTCGGGATCCTCTCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122572 TATGAGAAAGCCAACCCCAGTGAGCGCCGCTTCGGGATCCTCTCCAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAACCACACCTACTGTCTCAAGTGCATTCGCAAGTGGAGGAGTGCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122622 CAACCACACCTACTGTCTCAAGTGCATTCGCAAGTGGAGGAGTGCTAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AATTTGAGAGCAAGATCATAAA         GTCCTGCCCAGAATGCCGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122672 AATTTGAGAGCAAGATCATAAAGTG...CAGGTCCTGCCCAGAATGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATCACATCTAACTTTGTCATTCCAAGTGAGTACTGGGTGGAGGAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123464 ATCACATCTAACTTTGTCATTCCAAGTGAGTACTGGGTGGAGGAGAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAGAAGCAGAAACTCATTCTGAAATACAAGGAGGCAATGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 123514 AGAGAAGCAGAAACTCATTCTGAAATACAAGGAGGCAATGAGGTA...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1098  CAACAAGGCGTGCAGGTATTTTGATGAAGGACGTGGGAGCTGCCCATTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124111 GCAACAAGGCGTGCAGGTATTTTGATGAAGGACGTGGGAGCTGCCCATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGAGGGAACTGTTTTTACAAGCATGCGTACCCTGATGGCCGTAGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124161 GGAGGGAACTGTTTTTACAAGCATGCGTACCCTGATGGCCGTAGAGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCCACAGAGACAGAAAGTGGGAACATCAAGCAGATACCGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124211 GCCACAGAGACAGAAAGTGGGAACATCAAGCAGATACCGGGTA...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCCAACGAAGGAACCACTTCTGGGAACTCATTGAGGAAAGAGAGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124617 CCCAACGAAGGAACCACTTCTGGGAACTCATTGAGGAAAGAGAGAACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AACCCCTTTGACAACGATGAAGAAGAGGTTGTCACCTTTGAGCTGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124667 AACCCCTTTGACAACGATGAAGAAGAGGTTGTCACCTTTGAGCTGGGCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GATGTTGCTTATGCTTTTGGCTGCAGGTGGGGACGACGAACTAACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124717 GATGTTGCTTATGCTTTTGGCTGCAGGTGGGGACGACGAACTAACAGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTGAAGATGAGTGGGACTTGTTTCATGATGAGCTGGAAGATTTTTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124767 CTGAAGATGAGTGGGACTTGTTTCATGATGAGCTGGAAGATTTTTATGAC

   1500     .
   1438 TTGGATCTA
        |||||||||
 124817 TTGGATCTA