seq1 = pF1KB5836.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KB5836/gi568815597f_100033169.tfa (gi568815597f:100033169_100248817), 215649 bp

>pF1KB5836 1443
>gi568815597f:100033169_100248817 (Chr1)

1-147  (100001-100147)   98% ->
148-194  (103714-103760)   100% ->
195-261  (103851-103917)   100% ->
262-324  (106481-106543)   100% ->
325-394  (107014-107083)   100% ->
395-501  (107240-107346)   100% ->
502-669  (107684-107851)   100% ->
670-742  (109969-110041)   100% ->
743-817  (110901-110975)   100% ->
818-1250  (114726-115158)   100% ->
1251-1443  (115457-115649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCTCCGCGACGTCGCCGCACGCGCCTGGTTTTCCAGCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACCTCCGCGACGTCGCCGCACGCGCCTGGTTTTCCAGCTGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGATGCGGTTACTATGTGGAAAAGAAGAAACGGTTCTGCAGGATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGATGCGGTTACTATGTGGAAAAGAAGAAACGGTTCTGCAGGATGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCGCAGGGAAAAGATTTTGTGGTGAACACGCTGGAGCCATGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||>>>
 100101 TGGCCGCAGGGAAAAGATTTTGTGGTGAACACGCTGGAGCCGCGGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GAAGAAGATGCTCGGAAAAGAATCCTGTGTCCTTTAGATCCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...TAGGAAGAAGATGCTCGGAAAAGAATCCTGTGTCCTTTAGATCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACA         CACAGTATATGAAGATCAACTAGCAAAGCATTTGAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103758 ACAGTA...TAGCACAGTATATGAAGATCAACTAGCAAAGCATTTGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATGTAACTCAAGAGAGAAACCAAAACCT         GATTTCTATATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103889 AATGTAACTCAAGAGAGAAACCAAAACCTGTA...AAGGATTTCTATATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAAGATATTAATGCAGGCTTAAGAGATGAAACAGAAATACCTGAACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106493 CAAGATATTAATGCAGGCTTAAGAGATGAAACAGAAATACCTGAACAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 A         GTTCCAATTTCTTCTCTATCTGAAGAGCAGTTGGAAAAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106543 AGTA...TAGGTTCCAATTTCTTCTCTATCTGAAGAGCAGTTGGAAAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAATTAAGAAATTGAGAAAAGCAAGTGAAG         GCTTGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107054 TAATTAAGAAATTGAGAAAAGCAAGTGAAGGTA...CAGGCTTGAATTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ACACTTAAAGATCATATTATGTCCCATCCAGCATTACACGATGCACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107251 ACACTTAAAGATCATATTATGTCCCATCCAGCATTACACGATGCACTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGACCCTAAAAATGGCGATTCTGCAACCAAGCACCTGAAACAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107301 TGACCCTAAAAATGGCGATTCTGCAACCAAGCACCTGAAACAGCAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      GCTTCTATTTTAGGTAACATTGAAAATTTAAAGTTACTTGGTCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107351 ..CAGGCTTCTATTTTAGGTAACATTGAAAATTTAAAGTTACTTGGTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGAAGATGCTTTGTTGAGTTTGGAGCGGGAAAGGGAAAATTATCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107729 AGAAGATGCTTTGTTGAGTTTGGAGCGGGAAAGGGAAAATTATCTCATTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTTGATATTGCCTTAAAAGATGCTGAAAAAGTTCACTTCATCCTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107779 GGTTGATATTGCCTTAAAAGATGCTGAAAAAGTTCACTTCATCCTAGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAAAGGTGACCACAAGATTCAAG         GTGGATGGAAAACACAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107829 AAAAGGTGACCACAAGATTCAAGGTA...CAGGTGGATGGAAAACACAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGAAAAATTCAGTGTTTGAAAGACTTCAAATTGATATTCAACACTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109987 AAGAAAAATTCAGTGTTTGAAAGACTTCAAATTGATATTCAACACTTGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTGA         ACAAGATTCCTGTGCTAAGAGAAGAAAAACTACCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110037 TTTGAGTA...CAGACAAGATTCCTGTGCTAAGAGAAGAAAAACTACCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGGTAGGAATTGGAAAGCATCTGTGTGGTATGGCAACAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110937 TGGTAGGAATTGGAAAGCATCTGTGTGGTATGGCAACAGGTA...CAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CTTGCATTACGATGTTTGGTTGAAACCTATGCTGCCAGTTTTGAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114728 CTTGCATTACGATGTTTGGTTGAAACCTATGCTGCCAGTTTTGAGGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAATGAAGAACCTTTAGCCAAACGCATAAAGAATGATAAAACAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114778 GAATGAAGAACCTTTAGCCAAACGCATAAAGAATGATAAAACAGAAAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAATTTACACTTTGGCCAAGGAAGGAAATGAAAAAAATGTCCCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114828 AAATTTACACTTTGGCCAAGGAAGGAAATGAAAAAAATGTCCCAGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGAACCCTGTGGCTGGCATTGTTATTGCACTCTGTTGTCACCACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114878 TGGAACCCTGTGGCTGGCATTGTTATTGCACTCTGTTGTCACCACAGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGATTGGAGACATTATGTGGGCAAAGAATATTTCAGGGCTCTAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114928 TGATTGGAGACATTATGTGGGCAAAGAATATTTCAGGGCTCTAGGCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GAGCAGTGGAATTCCATTATTTCCAGCGAATGAGTAGTTGGGCAACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114978 GAGCAGTGGAATTCCATTATTTCCAGCGAATGAGTAGTTGGGCAACTTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGGATGCGGAAAACATCTTTGGAAACCTCAAATAGTACCACAAAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115028 GGGATGCGGAAAACATCTTTGGAAACCTCAAATAGTACCACAAAGAGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGATAATCAGAATGATGATAGTGAAGAGCATGATGATGGAGGATACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115078 AGATAATCAGAATGATGATAGTGAAGAGCATGATGATGGAGGATACAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCACAGATGATGGCGCTGATTGTTTGCCTGG         GCTTCTTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115128 TCACAGATGATGGCGCTGATTGTTTGCCTGGGTA...TAGGCTTCTTAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTTGAAGAAAAGAAGAAAATAGGGCATCTTTGTAAATTGCTGATTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115467 GTTGAAGAAAAGAAGAAAATAGGGCATCTTTGTAAATTGCTGATTGACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGGTCGAATCCAGTATTTGCAGCAGAAGGGATTCAGTCCTGCTTTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115517 AGGTCGAATCCAGTATTTGCAGCAGAAGGGATTCAGTCCTGCTTTGCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTATACAGACCCTCTGGTGTCTTTGGAAAATGTTTTGTTAACTGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115567 ACTATACAGACCCTCTGGTGTCTTTGGAAAATGTTTTGTTAACTGCTTTA

   1500     .    :    .    :    .    :
   1411 CCAAATCATTCTTCATCACCAGAAACAACTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 115617 CCAAATCATTCTTCATCACCAGAAACAACTGCT