seq1 = pF1KB5835.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KB5835/gi568815596r_74458719.tfa (gi568815596r:74458719_74740275), 281557 bp

>pF1KB5835 1590
>gi568815596r:74458719_74740275 (Chr2)

(complement)

1-240  (100001-100240)   100% ->
241-426  (125127-125312)   100% ->
427-595  (133053-133221)   100% ->
596-769  (158429-158602)   100% ->
770-932  (163658-163820)   100% ->
933-1074  (164697-164838)   100% ->
1075-1283  (177853-178063)   98% ->
1284-1422  (179987-180125)   100% ->
1423-1590  (181392-181557)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCCTGGGCGAACTACTGGTAAAGGGCCCTCTACTCACACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCCTGGGCGAACTACTGGTAAAGGGCCCTCTACTCACACTCAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACCAGCAACCTCCACGGCTTCTCATTGTGCACATTGCTCTACCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACCAGCAACCTCCACGGCTTCTCATTGTGCACATTGCTCTACCGTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCTGACATCTGCACCAACCTCTGTGAGGCTCTGCAGAACTTCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCTGACATCTGCACCAACCTCTGTGAGGCTCTGCAGAACTTCTTCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAGCCTGCAGCTTGATGGGCCCCAGCCGCATGTCCCTGTTCAGTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAGCCTGCAGCTTGATGGGCCCCAGCCGCATGTCCCTGTTCAGTTTATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGGTACAAGATCAGCATGAGTGCATCCTCCCTTTTGTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100201 CATGGTACAAGATCAGCATGAGTGCATCCTCCCTTTTGTGGTA...CAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGTGAAAGGGAACTTTGCTAGGTTGCAGACCTGCATCTCAGAACTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125128 AAGTGAAAGGGAACTTTGCTAGGTTGCAGACCTGCATCTCAGAACTCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGTTACAGAGAGAAGGGTGTTTCAGATCACAAGGTGCTTCTCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125178 ATGTTACAGAGAGAAGGGTGTTTCAGATCACAAGGTGCTTCTCTGCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCAGTAGAGGATGGGCTCCAGCAATTCAAACAATACAGCAGACATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125228 GGCAGTAGAGGATGGGCTCCAGCAATTCAAACAATACAGCAGACATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCACAAGGGCAGCTCTGACCTATACCTCCCTGGAG         ATTACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125278 CCACAAGGGCAGCTCTGACCTATACCTCCCTGGAGGTA...CAGATTACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTCTGACTTCTCAGCCTGGAAAAGAGGTGGTCAAACAGTTGGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133059 ATTCTGACTTCTCAGCCTGGAAAAGAGGTGGTCAAACAGTTGGAGGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTGAAAGATACAGACCTAGCCAGAGTCAGGAGGTTTCAGGTCGTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133109 GTTGAAAGATACAGACCTAGCCAGAGTCAGGAGGTTTCAGGTCGTTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCACAAAGGGAATCCTAGAGCACGTGGACTCAGCGTCTCCTGTTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133159 TCACAAAGGGAATCCTAGAGCACGTGGACTCAGCGTCTCCTGTTGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACCAGCAATGATG         AGAGTTCTATTCTGGGAACTGACATTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 133209 ACCAGCAATGATGGTA...CAGAGAGTTCTATTCTGGGAACTGACATTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTTCAGACTATAGACAATGATATCGTCAGCATGGAGATTTTCTTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158457 CCTTCAGACTATAGACAATGATATCGTCAGCATGGAGATTTTCTTCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTGGCTACATAACAGTGGAACAGACCAAGAACAAATCCATCTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158507 CCTGGCTACATAACAGTGGAACAGACCAAGAACAAATCCATCTTCTTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTTCACAGTGTTTCAGCAACATTTCCAGACCCAGAGATAATCCAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 158557 TCTTCACAGTGTTTCAGCAACATTTCCAGACCCAGAGATAATCCAAGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770      TGTGTCTGAAATGTGATCTCCAAGAGCGACTGCTCTGCCCATCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158607 ..TAGTGTGTCTGAAATGTGATCTCCAAGAGCGACTGCTCTGCCCATCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TACTCGCTGGCACAGCTGACGGCTCCTTGAGAATGGATGACCCTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163703 TACTCGCTGGCACAGCTGACGGCTCCTTGAGAATGGATGACCCTAAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACTTCATCACACTCTACCAGATGGCTTCCCAGTCATCGGCCTCTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163753 GACTTCATCACACTCTACCAGATGGCTTCCCAGTCATCGGCCTCTCATTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGCTCCAAGTGATCAA         GGCTTTAAAATCTAGCGGGCTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 163803 CAAGCTCCAAGTGATCAAGTA...TAGGGCTTTAAAATCTAGCGGGCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCGAGTCATTGACATATGGACTCCCGTTCATCCTCAGACCTACAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164720 GCGAGTCATTGACATATGGACTCCCGTTCATCCTCAGACCTACAAGCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGGCAGCTGGACTGGGATGAGCTGGAGACAAATCAGCAACATTTCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164770 TGGCAGCTGGACTGGGATGAGCTGGAGACAAATCAGCAACATTTCCATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTTGTGTCACAGCCTGCTG         AAAAGGGAATGGCTGCTGTTAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 164820 TTTGTGTCACAGCCTGCTGGTG...CAGAAAAGGGAATGGCTGCTGTTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CCAAGGGGGAACCACCGGGCCCAGGACACAGCCAGAGAATTCCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177875 CCAAGGGGGAACCACCGGGCCCAGGACACAGCCAGAGAATTCCTGCCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCTTCTATGTGATCATGCCGTCACACTCCCTCACACTGCTGGTAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177925 ACCTTCTATGTGATCATGCCGTCACACTCCCTCACACTGCTGGTAAAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGTGGCCACGCGGGAACTGATGCTGCCCAGCACCTTCCCCCTGCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177975 GGTGGCCACGCGGGAACTGATGCTGCCCAGCACCTTCCCCCTGCTACCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGGACCCACATGATGATAGCCTTAAGAATGTGGAG  AG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||--| >>>...>>>||
 178025 AGGACCCACATGATGATAGCCTTAAGAATGTGGAGGCAAGTG...GAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286 TGCTGGACAGCCTGGAGCTGGAGCCCACCTACAACCCCTTGCATGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179989 TGCTGGACAGCCTGGAGCTGGAGCCCACCTACAACCCCTTGCATGTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1336 AGCCACCTGTACTCACACCTGAGCAGCATCTATGCCAAGCCTCAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180039 AGCCACCTGTACTCACACCTGAGCAGCATCTATGCCAAGCCTCAGGGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386 GCTCCACCCACACTGGGAGAGCCGAGCTCCGAGAAAG         CATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|-||
 180089 GCTCCACCCACACTGGGAGAGCCGAGCTCCGAGAAAGGTA...GCTC TC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1427 CCTGCAAGACTGGGCAGTTGCAGACCAACCGAGCTCGAGCTACTGTGGCC
          ||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181395 TTTGCA GACTGGGCAGTTGCAGACCAACCGAGCTCGAGCTACTGTGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1477 CCCCTGCCTATGACTCCTGTCCCAGGCAGAGCCTCCAAGATGCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181444 CCCCTGCCTATGACTCCTGTCCCAGGCAGAGCCTCCAAGATGCCAGCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1527 CAGCAAATCTTCCTCAGATGCCTTCTTCCTGCCTTCAGAGTGGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181494 CAGCAAATCTTCCTCAGATGCCTTCTTCCTGCCTTCAGAGTGGGAGAAGG

   1650     .    :
   1577 ATCCCTCAAGGCCC
        ||||||||||||||
 181544 ATCCCTCAAGGCCC