seq1 = pF1KB5834.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KB5834/gi568815596f_74454755.tfa (gi568815596f:74454755_74657111), 202357 bp

>pF1KB5834 1443
>gi568815596f:74454755_74657111 (Chr2)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-360  (100400-100699)   100% ->
361-454  (100821-100914)   100% ->
455-639  (101140-101324)   100% ->
640-1443  (101554-102357)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGAGCAGTGATGGAAGGGCCGCTTTTTTTGCAGAGTCAGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGGAGCAGTGATGGAAGGGCCGCTTTTTTTGCAGAGTCAGCGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGACCAAG         AGGTGGAGGAAGACCTGGGCCGTGCTCTACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGACCAAGGTA...TAGAGGTGGAGGAAGACCTGGGCCGTGCTCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCCAGTCCCCACGGCGTAGCGCGGCTCGAGTTCTTTGACCATAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100431 CGGCCAGTCCCCACGGCGTAGCGCGGCTCGAGTTCTTTGACCATAAGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGAGCTCTGGGGGTGGCCGAGGGAGCTCGCGCCGCCTGGACTGCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100481 TCGAGCTCTGGGGGTGGCCGAGGGAGCTCGCGCCGCCTGGACTGCAAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATCCGTCTGGCTGAGTGTGTGAGTGTGGCCCCCGTCACCGTGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100531 GATCCGTCTGGCTGAGTGTGTGAGTGTGGCCCCCGTCACCGTGGAGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCCTGAGCCCGGCGCCACTGCCTTCCGCCTGGACACTGCTCAGCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100581 CCCCTGAGCCCGGCGCCACTGCCTTCCGCCTGGACACTGCTCAGCGCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACCTGCTGGCGGCCGACGCGCCGTCCAGTGCAGCCTGGGTGCAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100631 CACCTGCTGGCGGCCGACGCGCCGTCCAGTGCAGCCTGGGTGCAGACGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTGCCGAAACGCCTTTCCG         AAAGGCAGCTGGACTCTGGCGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100681 GTGCCGAAACGCCTTTCCGGTG...CAGAAAGGCAGCTGGACTCTGGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTACCGATAACCCACCTAAGCTTTCTGCCCTGGAGATGCTGGAGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 CTACCGATAACCCACCTAAGCTTTCTGCCCTGGAGATGCTGGAGAACTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGTACAGCCCTACCTGGGAAG         GATCCCAATTCTGGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100893 TTGTACAGCCCTACCTGGGAAGGTA...CAGGATCCCAATTCTGGGTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGCAGAGGACTGAGGCCGCCGAGCGCTGTGGCCTGCATGGCTCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 GGTGCAGAGGACTGAGGCCGCCGAGCGCTGTGGCCTGCATGGCTCCTACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCTGAGGGTGGAGGCTGAAAGGCTGACTCTCCTGACCGTGGGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 TGCTGAGGGTGGAGGCTGAAAGGCTGACTCTCCTGACCGTGGGGGCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTCAGATACTGGAGCCACTCCTGTCCTGGCCCTACACTCTGTTGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 AGTCAGATACTGGAGCCACTCCTGTCCTGGCCCTACACTCTGTTGCGTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTATGGCCGGGACAAG         GTCATGTTCTCTTTCGAGGCCGGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101309 CTATGGCCGGGACAAGGTG...TAGGTCATGTTCTCTTTCGAGGCCGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCGCTGCCCCTCAGGCCCTGGAACCTTCACCTTCCAGACGGCACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 GCCGCTGCCCCTCAGGCCCTGGAACCTTCACCTTCCAGACGGCACAGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AATGACATCTTCCAGGCAGTTGAGACTGCCATCCACCGGCAGAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101629 AATGACATCTTCCAGGCAGTTGAGACTGCCATCCACCGGCAGAAGGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGAAAGGCCGGACAGGGGCACGATGTTCTCAGAGCTGACTCCCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101679 GGGAAAGGCCGGACAGGGGCACGATGTTCTCAGAGCTGACTCCCATGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGGAGGTGGCAGAGGGGAAGTTGCCTTCCCCACCTGGCCCCCAAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101729 GGGAGGTGGCAGAGGGGAAGTTGCCTTCCCCACCTGGCCCCCAAGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCGACAGTCCCCCAGCCCTGTATGCTGAGCCCTTAGACTCCCTGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101779 CTCGACAGTCCCCCAGCCCTGTATGCTGAGCCCTTAGACTCCCTGCGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCTCCATGCCCTTCCCAGGACTCCCTATACTCAGACCCCTTGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101829 TGCTCCATGCCCTTCCCAGGACTCCCTATACTCAGACCCCTTGGACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CGTCTGCTCAGGCAGGAGAGGGAGTACAACGGAAGAAACCTCTCTATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101879 CGTCTGCTCAGGCAGGAGAGGGAGTACAACGGAAGAAACCTCTCTATTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GACTTGTATGAGCATGCGCAGCAGCAGTTGCTGAAGGCCAAGCTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101929 GACTTGTATGAGCATGCGCAGCAGCAGTTGCTGAAGGCCAAGCTGACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCCCAAAGAGGATCCCATCTATGATGAACCTGAGGGCCTGGCCCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101979 CCCCAAAGAGGATCCCATCTATGATGAACCTGAGGGCCTGGCCCCAGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTCCCCAGGGCCTTTATGATCTGCCTCGGGAGCCCAAGGATGCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 CTCCCCAGGGCCTTTATGATCTGCCTCGGGAGCCCAAGGATGCATGGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TGCCAAGCTCGGGTGAAGGAGGAGGGCTATGAGCTCCCCTACAACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102079 TGCCAAGCTCGGGTGAAGGAGGAGGGCTATGAGCTCCCCTACAACCCTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CACTGATGACTACGCTGTGCCACCCCCTCGGAGCACAAAGCCCCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 CACTGATGACTACGCTGTGCCACCCCCTCGGAGCACAAAGCCCCTCCTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CTCCCAAGCCCCAGGGCCCAGCCTTCCCTGAACCTGGTACTGCAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 CTCCCAAGCCCCAGGGCCCAGCCTTCCCTGAACCTGGTACTGCAACTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AGTGGCATCAAAAGCCACAACTCAGCCCTGTACAGCCAGGTCCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102229 AGTGGCATCAAAAGCCACAACTCAGCCCTGTACAGCCAGGTCCAGAAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGGGGCCTCAGGGAGCTGGGACTGTGGGCTCTCTAGAGTAGGGACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102279 CGGGGCCTCAGGGAGCTGGGACTGTGGGCTCTCTAGAGTAGGGACTGACA

   1450     .    :    .    :    .
   1415 AGACTGGGGTCAAGTCAGAGGGCTCTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102329 AGACTGGGGTCAAGTCAGAGGGCTCTACC