seq1 = pF1KB5828.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB5828/gi568815593f_3496210.tfa (gi568815593f:3496210_3701037), 204828 bp

>pF1KB5828 1440
>gi568815593f:3496210_3701037 (Chr5)

1-276  (99897-100172)   100% ->
277-1312  (103016-104051)   100% ->
1313-1385  (104400-104472)   100% ->
1386-1440  (104774-104828)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTCCCGCAGCTGGGCTACCCGCAGTACCTGAGCGCCGCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99897 ATGTCCTTCCCGCAGCTGGGCTACCCGCAGTACCTGAGCGCCGCGGGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGCCTACGGCGGCGAGCGCCCGGGGGTGCTGGCCGCGGCCGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99947 GGGCGCCTACGGCGGCGAGCGCCCGGGGGTGCTGGCCGCGGCCGCTGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCTGCCGCCGCCTCGTCGGGCCGACCGGGGGCCGCGGAGCTGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CGGCTGCCGCCGCCTCGTCGGGCCGACCGGGGGCCGCGGAGCTGGGCGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGCAGGCGCGGCTGCAGTCACCTCGGTGCTGGGCATGTACGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 GGGGCAGGCGCGGCTGCAGTCACCTCGGTGCTGGGCATGTACGCGGCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGCCGTACGCGGGCGCGCCCAACTACAGCGCCTTCCTGCCCTACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 GGGGCCGTACGCGGGCGCGCCCAACTACAGCGCCTTCCTGCCCTACGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGATCTCAGCCTCTTCTCGCAGATG         GGCTCGCAGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100147 CGGATCTCAGCCTCTTCTCGCAGATGGTG...CAGGGCTCGCAGTATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAAGGACAACCCTGGGGTGCACCCCGCCACCTTCGCAGCCCACACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103031 CTGAAGGACAACCCTGGGGTGCACCCCGCCACCTTCGCAGCCCACACGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCGGCTTATTACCCCTACGGCCAGTTCCAATACGGGGACCCCGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103081 GCCGGCTTATTACCCCTACGGCCAGTTCCAATACGGGGACCCCGGGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCAAGAACGCCACCCGCGAGAGCACCAGCACGCTCAAGGCCTGGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103131 CCAAGAACGCCACCCGCGAGAGCACCAGCACGCTCAAGGCCTGGCTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCACCGCAAGAATCCCTACCCCACCAAGGGCGAGAAGATCATGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103181 GAGCACCGCAAGAATCCCTACCCCACCAAGGGCGAGAAGATCATGCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCATCACCAAGATGACCCTCACGCAGGTCTCCACCTGGTTCGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103231 CATCATCACCAAGATGACCCTCACGCAGGTCTCCACCTGGTTCGCCAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGCGCCGGCGCCTCAAGAAGGAGAACAAGGTGACATGGGGAGCGCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103281 CGCGCCGGCGCCTCAAGAAGGAGAACAAGGTGACATGGGGAGCGCGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGGACCAGGAAGATGGAGCGCTCTTCGGCAGCGACACCGAGGGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103331 AAGGACCAGGAAGATGGAGCGCTCTTCGGCAGCGACACCGAGGGCGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGAGAAGGCCGAGGACGACGAGGAGATCGACCTGGAAAGCATCGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103381 GGAGAAGGCCGAGGACGACGAGGAGATCGACCTGGAAAGCATCGACATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAAGATCGACGAGCACGATGGCGACCAGAGCAACGAGGATGACGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103431 ACAAGATCGACGAGCACGATGGCGACCAGAGCAACGAGGATGACGAGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGGCCGAGGCTCCGCACGCGCCCGCAGCCCCTTCTGCTCTTGCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103481 AAGGCCGAGGCTCCGCACGCGCCCGCAGCCCCTTCTGCTCTTGCCCGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCAAGGCTCGCCGCTGGCAGCAGCCGACGTTCTCAAGCCCCAGGACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103531 CCAAGGCTCGCCGCTGGCAGCAGCCGACGTTCTCAAGCCCCAGGACTCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTTGGGCCTGGCAAAGGAGGCCCCAGAGCCGGGCAGCACGCGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103581 CCTTGGGCCTGGCAAAGGAGGCCCCAGAGCCGGGCAGCACGCGCCTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGCCCCGGCGCTGCAGCGGGCGGCCTGCAGGGTGCGCCGCACGGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103631 AGCCCCGGCGCTGCAGCGGGCGGCCTGCAGGGTGCGCCGCACGGCAAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAGATCTGGTCGCTGGCGGAGACAGCCACGAGCCCCGACGGTGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103681 CAAGATCTGGTCGCTGGCGGAGACAGCCACGAGCCCCGACGGTGCGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGCTTCGCCACCACCACCCGCGGGCCACCCCGGCGCGCACGGGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103731 AGGCTTCGCCACCACCACCCGCGGGCCACCCCGGCGCGCACGGGCCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCCGGGGCGCCGCTGCAACACCCCGCCTTCCTGCCTAGCCACGGACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 GCCGGGGCGCCGCTGCAACACCCCGCCTTCCTGCCTAGCCACGGACTGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CACCTGCCACATCGGCAAGTTCTCCAACTGGACCAACAGCGCATTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 CACCTGCCACATCGGCAAGTTCTCCAACTGGACCAACAGCGCATTCCTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CACAGGGCTCCCTGCTCAACATGCGCTCCTTCCTGGGCGTTGGCGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 CACAGGGCTCCCTGCTCAACATGCGCTCCTTCCTGGGCGTTGGCGCTCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CACGCCGCGCCCCATGGCCCTCACCTTCCTGCACCTCCACCACCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 CACGCCGCGCCCCATGGCCCTCACCTTCCTGCACCTCCACCACCGCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCCGGTCGCTATTGCCCCGGGGGCACTCAATGGAGACAAGGCCTCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103981 GCCGGTCGCTATTGCCCCGGGGGCACTCAATGGAGACAAGGCCTCGGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GCAGCAGCCCCACGCTCCCAG         AGAGAGACCTCGTCCCCAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104031 GCAGCAGCCCCACGCTCCCAGGTA...CAGAGAGAGACCTCGTCCCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CCAGATTCGCCGGCACAGCAGTTAAAGTCGCCCTTCCAGCCGGTACGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104420 CCAGATTCGCCGGCACAGCAGTTAAAGTCGCCCTTCCAGCCGGTACGCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CAA         CTCTCTGGCCCCGCAGGAGGGAACGCCGCGGATCCTAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104470 CAAGTG...CAGCTCTCTGGCCCCGCAGGAGGGAACGCCGCGGATCCTAG

   1450     .    :    .
   1424 CAGCCCTCCCGTCCGCC
        |||||||||||||||||
 104812 CAGCCCTCCCGTCCGCC