seq1 = pF1KB5824.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KB5824/gi568815587f_125526769.tfa (gi568815587f:125526769_125755317), 228549 bp

>pF1KB5824 1428
>gi568815587f:125526769_125755317 (Chr11)

1-65  (100001-100065)   100% ->
66-289  (100839-101062)   100% ->
290-354  (102464-102528)   100% ->
355-424  (102623-102692)   100% ->
425-613  (106395-106583)   100% ->
614-718  (108661-108765)   100% ->
719-814  (110681-110776)   100% ->
815-923  (117024-117132)   100% ->
924-1101  (117323-117500)   100% ->
1102-1233  (117744-117875)   100% ->
1234-1335  (126978-127079)   100% ->
1336-1428  (128457-128549)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGTGCCCTTTGTGGAAGACTGGGACTTGGTGCAAACCCTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGTGCCCTTTGTGGAAGACTGGGACTTGGTGCAAACCCTGGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTGCCTATGGAGA         AGTTCAACTTGCTGTGAATAGAGTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTGCCTATGGAGAGTG...TAGAGTTCAACTTGCTGTGAATAGAGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAAGAAGCAGTCGCAGTGAAGATTGTAGATATGAAGCGTGCCGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100865 CTGAAGAAGCAGTCGCAGTGAAGATTGTAGATATGAAGCGTGCCGTAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTCCAGAAAATATTAAGAAAGAGATCTGTATCAATAAAATGCTAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 TGTCCAGAAAATATTAAGAAAGAGATCTGTATCAATAAAATGCTAAATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAAATGTAGTAAAATTCTATGGTCACAGGAGAGAAGGCAATATCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100965 TGAAAATGTAGTAAAATTCTATGGTCACAGGAGAGAAGGCAATATCCAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTATTTCTGGAGTACTGTAGTGGAGGAGAGCTTTTTGACAGAATAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101015 ATTTATTTCTGGAGTACTGTAGTGGAGGAGAGCTTTTTGACAGAATAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        AGCCAGACATAGGCATGCCTGAACCAGATGCTCAGAGATTCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 A...TAGAGCCAGACATAGGCATGCCTGAACCAGATGCTCAGAGATTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCATCAACTCATGGCAGGGGTG         GTTTATCTGCATGGTATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102507 CCATCAACTCATGGCAGGGGTGGTA...TAGGTTTATCTGCATGGTATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAATAACTCACAGGGATATTAAACCAGAAAATCTTCTGTTGGATGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102642 GAATAACTCACAGGGATATTAAACCAGAAAATCTTCTGTTGGATGAAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 G         ATAACCTCAAAATCTCAGACTTTGGCTTGGCAACAGTATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102692 GGTA...TAGATAACCTCAAAATCTCAGACTTTGGCTTGGCAACAGTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCGGTATAATAATCGTGAGCGTTTGTTGAACAAGATGTGTGGTACTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106435 TCGGTATAATAATCGTGAGCGTTTGTTGAACAAGATGTGTGGTACTTTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATATGTTGCTCCAGAACTTCTGAAGAGAAGAGAATTTCATGCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106485 CATATGTTGCTCCAGAACTTCTGAAGAGAAGAGAATTTCATGCAGAACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTTGATGTTTGGTCCTGTGGAATAGTACTTACTGCAATGCTCGCTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106535 GTTGATGTTTGGTCCTGTGGAATAGTACTTACTGCAATGCTCGCTGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614         AATTGCCATGGGACCAACCCAGTGACAGCTGTCAGGAGTATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106585 TA...TAGAATTGCCATGGGACCAACCCAGTGACAGCTGTCAGGAGTATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGACTGGAAAGAAAAAAAAACATACCTCAACCCTTGGAAAAAAATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108703 CTGACTGGAAAGAAAAAAAAACATACCTCAACCCTTGGAAAAAAATCGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTGCTCCTCTAG         CTCTGCTGCATAAAATCTTAGTTGAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108753 TCTGCTCCTCTAGGTA...TAGCTCTGCTGCATAAAATCTTAGTTGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCATCAGCAAGAATTACCATTCCAGACATCAAAAAAGATAGATGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110709 TCCATCAGCAAGAATTACCATTCCAGACATCAAAAAAGATAGATGGTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAACCCCTCAAGAAAG         GGGCAAAAAGGCCCCGAGTCACT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110759 ACAAACCCCTCAAGAAAGGTA...TAGGGGCAAAAAGGCCCCGAGTCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCAGGTGGTGTGTCAGAGTCTCCCAGTGGATTTTCTAAGCACATTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117047 TCAGGTGGTGTGTCAGAGTCTCCCAGTGGATTTTCTAAGCACATTCAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATTTGGACTTCTCTCCAGTAAACAGTGCTTCTAG         TGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117097 CAATTTGGACTTCTCTCCAGTAAACAGTGCTTCTAGGTA...CAGTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAAATGTGAAGTACTCCAGTTCTCAGCCAGAACCCCGCACAGGTCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117328 AAAATGTGAAGTACTCCAGTTCTCAGCCAGAACCCCGCACAGGTCTTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTATGGGATACCAGCCCCTCATACATTGATAAATTGGTACAAGGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117378 TTATGGGATACCAGCCCCTCATACATTGATAAATTGGTACAAGGGATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTTTCCCAGCCCACATGTCCTGATCATATGCTTTTGAATAGTCAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117428 CTTTTCCCAGCCCACATGTCCTGATCATATGCTTTTGAATAGTCAGTTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGGCACCCCAGGATCCTCACAG         AACCCCTGGCAGCGGTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117478 TTGGCACCCCAGGATCCTCACAGGTG...TAGAACCCCTGGCAGCGGTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTCAAAAGAATGACACGATTCTTTACCAAATTGGATGCAGACAAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117762 GTCAAAAGAATGACACGATTCTTTACCAAATTGGATGCAGACAAATCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCAATGCCTGAAAGAGACTTGTGAGAAGTTGGGCTATCAATGGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117812 TCAATGCCTGAAAGAGACTTGTGAGAAGTTGGGCTATCAATGGAAGAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTTGTATGAATCAG         GTTACTATATCAACAACTGATAGGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117862 GTTGTATGAATCAGGTG...TAGGTTACTATATCAACAACTGATAGGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AACAATAAACTCATTTTCAAAGTGAATTTGTTAGAAATGGATGATAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127005 AACAATAAACTCATTTTCAAAGTGAATTTGTTAGAAATGGATGATAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATTGGTTGACTTCCGGCTTTCTAAG         GGTGATGGATTGGAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127055 ATTGGTTGACTTCCGGCTTTCTAAGGTA...TAGGGTGATGGATTGGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCAAGAGACACTTCCTGAAGATTAAAGGGAAGCTGATTGATATTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128473 TCAAGAGACACTTCCTGAAGATTAAAGGGAAGCTGATTGATATTGTGAGC

   1500     .    :    .    :    .
   1402 AGCCAGAAGATTTGGCTTCCTGCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||
 128523 AGCCAGAAGATTTGGCTTCCTGCCACA