seq1 = pF1KB5818.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KB5818/gi568815575r_49013624.tfa (gi568815575r:49013624_49223722), 210099 bp

>pF1KB5818 1428
>gi568815575r:49013624_49223722 (ChrX)

(complement)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-331  (100947-101101)   100% ->
332-456  (101201-101325)   100% ->
457-566  (103909-104018)   100% ->
567-780  (105913-106126)   100% ->
781-913  (106561-106693)   100% ->
914-1016  (107400-107502)   100% ->
1017-1140  (107709-107832)   100% ->
1141-1210  (107928-107997)   100% ->
1211-1296  (109785-109870)   100% ->
1297-1428  (109968-110099)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACTCCAAAGAGGGTGTTTTGCCGCTGACGGCTGCTTCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACTCCAAAGAGGGTGTTTTGCCGCTGACGGCTGCTTCCACTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAATTTCATTCGGCTTCACTCGCACGTCCGCACGGAGGCGGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAATTTCATTCGGCTTCACTCGCACGTCCGCACGGAGGCGGCTGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCGGGAGACGGCGCGGGGCCATCTCCGGAGGAGAAGGATTTCTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCGGGAGACGGCGCGGGGCCATCTCCGGAGGAGAAGGATTTCTTGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCGTGGAAGGGAGGGAGCTGCAGAG         TGTGAAGCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 ACCGTGGAAGGGAGGGAGCTGCAGAGGTG...CAGTGTGAAGCCCCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCCCAAGGAACTCGTCATCCCTTTGATCCAGAATGGCCATCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100962 GGCCCCCAAGGAACTCGTCATCCCTTTGATCCAGAATGGCCATCGCAGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCACCAGCCCGGCCCCCTGGGCCATCCACAGATACTGGGGCCTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101012 AGCCACCAGCCCGGCCCCCTGGGCCATCCACAGATACTGGGGCCTTGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGGGGTGGTGTCCCAGGCTGTGAAGGAGCTCATTGCGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101062 GATGGGGTGGTGTCCCAGGCTGTGAAGGAGCTCATTGCGGGTG...TAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCCAAGAAGTCTCTGGAAGAGAGAGAGAATGCGGGTGTCGACCCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101202 ATCCAAGAAGTCTCTGGAAGAGAGAGAGAATGCGGGTGTCGACCCCACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCGCTATCCCCATGATCCAGAAAGGATGCACCCCCAGCGGGGAAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101252 TCGCTATCCCCATGATCCAGAAAGGATGCACCCCCAGCGGGGAAGGGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACAGCGAACCCCGGGCAGAGACA         GTGCCAGAGGAGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101302 GACAGCGAACCCCGGGCAGAGACAGTG...TAGGTGCCAGAGGAGGCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTATGAGGCGGTCCCCGTGGAGGCCTATGGGCTGGCCATGCTGCGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103926 TTATGAGGCGGTCCCCGTGGAGGCCTATGGGCTGGCCATGCTGCGGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGGCTGGAAACCTGGCGAGGGCATCGGCCGCACCTTCAATCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103976 TGGGCTGGAAACCTGGCGAGGGCATCGGCCGCACCTTCAATCAGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567   AGTAGTGAAGCCCCGTGTCAACTCACTGAGGCCCAAGGGGTTAGGGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105911 AGAGTAGTGAAGCCCCGTGTCAACTCACTGAGGCCCAAGGGGTTAGGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGTGCCAACCTGACCGAGGCCCAGGCCTTGACCCCCACTGGCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105961 GGGTGCCAACCTGACCGAGGCCCAGGCCTTGACCCCCACTGGCCCCTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATGCCAAGACCAGATGAGGAGCAAGAGAAAGATAAGGAAGATCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106011 GCATGCCAAGACCAGATGAGGAGCAAGAGAAAGATAAGGAAGATCAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAGGGCTGGTGCCTGGAGGAGCTGTGGTGGTTCTTTCTGGCCCTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106061 CAAGGGCTGGTGCCTGGAGGAGCTGTGGTGGTTCTTTCTGGCCCTCACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGGCCTCTATGGGAAG         GTGGAAGGCCTTGATCCTGACAATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106111 AGGCCTCTATGGGAAGGTA...TAGGTGGAAGGCCTTGATCCTGACAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCGGGCCATGGTTCGTCTGGCTGTGGGGAGCCGGGTGGTGACTGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106586 TTCGGGCCATGGTTCGTCTGGCTGTGGGGAGCCGGGTGGTGACTGTTAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGTACTACCTGCGGCCTGTCTCCCAGCAGGAGTTTGACAAGAACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106636 GAGTACTACCTGCGGCCTGTCTCCCAGCAGGAGTTTGACAAGAACACCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGATCTCA         GGCAACAGAACGGAACTGCCTCATCACGGAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106686 GGATCTCAGTG...CAGGGCAACAGAACGGAACTGCCTCATCACGGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCTCTGGAATCAAGAACTCTACATCCAGCAGGACAACTCAGAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107433 CCCTCTGGAATCAAGAACTCTACATCCAGCAGGACAACTCAGAGAGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGGAAACACCTTCCAGACCG         ACAGGATGGGCCTGCAGCCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107483 CGGAAACACCTTCCAGACCGGTG...CAGACAGGATGGGCCTGCAGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGTGAGAAAGCAGCCCCCAGAAGTCAGCACTGGTTGCACAGGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107730 GAGTGAGAAAGCAGCCCCCAGAAGTCAGCACTGGTTGCACAGGGACCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTGTGCGGTTTGTGGACAACATGTACAAAGGAGGCCAATATTACAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107780 GTGTGCGGTTTGTGGACAACATGTACAAAGGAGGCCAATATTACAACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAG         ATGATAATTGAAGATGTCCTAAGCCCAGATACCTGTGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107830 AAGGTG...CAGATGATAATTGAAGATGTCCTAAGCCCAGATACCTGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ATGTCGGACAGATGAAGGCCGAGTCCTGGAAG         GCCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107966 ATGTCGGACAGATGAAGGCCGAGTCCTGGAAGGTG...TAGGCCTGAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAGACATGCTGGAGACCCTGGTTCCCAAGGCAGAGGGTGACCGTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109794 AAGACATGCTGGAGACCCTGGTTCCCAAGGCAGAGGGTGACCGTGTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGTGCTGGGCCCACAGACTGGAAGG         GTGGGACATTTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109844 GTGGTGCTGGGCCCACAGACTGGAAGGGTG...CAGGTGGGACATTTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGCCGGGACAGAGCACGGAGCCGGGCTTTGGTGCAACTGCCAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109982 GAGCCGGGACAGAGCACGGAGCCGGGCTTTGGTGCAACTGCCAAGAGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATCAGGTGGTGGAGCTTCACTACGATGCCATCTGCCAGTACATGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110032 ATCAGGTGGTGGAGCTTCACTACGATGCCATCTGCCAGTACATGGGCCCT

   1500     .    :    .
   1411 AGTGACACAGATGATGAC
        ||||||||||||||||||
 110082 AGTGACACAGATGATGAC