seq1 = pF1KB5816.tfa, 2625 bp
seq2 = pF1KB5816/gi568815591f_100775591.tfa (gi568815591f:100775591_100988546), 212956 bp

>pF1KB5816 2625
>gi568815591f:100775591_100988546 (Chr7)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-251  (105695-105823)   100% ->
252-398  (106069-106215)   100% ->
399-587  (106463-106651)   100% ->
588-757  (108480-108649)   100% ->
758-942  (108778-108962)   100% ->
943-1041  (109150-109248)   100% ->
1042-1159  (109333-109450)   100% ->
1160-1314  (109626-109780)   100% ->
1315-1376  (110111-110172)   100% ->
1377-1455  (110273-110351)   100% ->
1456-1644  (110657-110845)   100% ->
1645-1818  (111205-111378)   100% ->
1819-1972  (111457-111610)   100% ->
1973-2166  (111730-111923)   100% ->
2167-2323  (112113-112269)   100% ->
2324-2425  (112452-112553)   100% ->
2426-2552  (112667-112793)   100% ->
2553-2625  (112884-112956)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGACAGTGATGACGAGTACGATCGAAGGCGCAGGGACAAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGACAGTGATGACGAGTACGATCGAAGGCGCAGGGACAAGTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGAGAGCGCAGCGACTACGACCGTTCCCGCGAGAGAGATGAAAGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGAGAGCGCAGCGACTACGACCGTTCCCGCGAGAGAGATGAAAGACGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGGGACGATTGGAATGACAG         AGAGTGGGACCGTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 GAGGGGACGATTGGAATGACAGGTG...CAGAGAGTGGGACCGTGGCCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCGCCGTAGTCGGGGTGAATATCGGGACTATGACCGGAATCGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105714 GAGCGCCGTAGTCGGGGTGAATATCGGGACTATGACCGGAATCGGCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGCTTCTCGCCACCTCGCCACGAACTCAGCCCGCCACAGAAGCGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105764 GCGCTTCTCGCCACCTCGCCACGAACTCAGCCCGCCACAGAAGCGCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGAGACTG         GGATGAGCACAGCTCTGACCCATACCACAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105814 GGAGAGACTGGTG...CAGGGATGAGCACAGCTCTGACCCATACCACAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTATGAGATGCCCTATGCTGGGGGGGGTGGGGGCCCAACTTATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106100 GGCTATGAGATGCCCTATGCTGGGGGGGGTGGGGGCCCAACTTATGGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCTCAGCCCTGGGGCCACCCTGACGTCCACATCATGCAGCACCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106150 CCCTCAGCCCTGGGGCCACCCTGACGTCCACATCATGCAGCACCATGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCCTATCCAGGCCAG         GCTGGGCAGCATTGCAGAGATTGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106200 TGCCTATCCAGGCCAGGTA...CAGGCTGGGCAGCATTGCAGAGATTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGGTGTGCCGCCGCCCGTGATGAAGACCTTCAAGGAGTTTCTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106488 CTGGGTGTGCCGCCGCCCGTGATGAAGACCTTCAAGGAGTTTCTCCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGGATGACTCGGTGGATGAGACGGAGGCCGTCAAGCGCTATAATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106538 CCTGGATGACTCGGTGGATGAGACGGAGGCCGTCAAGCGCTATAATGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAAGCTGGATTTCCGGAGGCAACAGATGCAGGATTTCTTCCTGGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106588 ACAAGCTGGATTTCCGGAGGCAACAGATGCAGGATTTCTTCCTGGCGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGATGAGGAGTG         GTTTCGGTCTAAGTACCACCCAGATGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106638 AAAGATGAGGAGTGGTG...CAGGTTTCGGTCTAAGTACCACCCAGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTGGGGAAGCGTCGGCAGGAGGCCCGGGGGGCCCTGCAAAACCGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108507 GGTGGGGAAGCGTCGGCAGGAGGCCCGGGGGGCCCTGCAAAACCGACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGTCTTCCTGTCCCTCATGGAGACTGGCTGGTTTGATAACCTTCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108557 GGGTCTTCCTGTCCCTCATGGAGACTGGCTGGTTTGATAACCTTCTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GACATAGACAAAGCTGATGCCATTGTCAAGATGCTGGATGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108607 GACATAGACAAAGCTGATGCCATTGTCAAGATGCTGGATGCAGGTG...T

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   CCGTGATTAAGATGGAAGGAGGCACGGAGAATGATCTTCGCATCCTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108776 AGCCGTGATTAAGATGGAAGGAGGCACGGAGAATGATCTTCGCATCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCAGGAGGAGGAGGAGGAGCAGGCAGGAAAGCCTGGGGAGCCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108826 AGCAGGAGGAGGAGGAGGAGCAGGCAGGAAAGCCTGGGGAGCCCAGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAGAAGAAGGACGGGCTGGAGCAGGCCTAGGGGACGGGGAGCGCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108876 AAAGAAGAAGGACGGGCTGGAGCAGGCCTAGGGGACGGGGAGCGCAAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAACGACAAGGATGAGAAGAAGGAAGACGGCAAGCAG         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108926 CAACGACAAGGATGAGAAGAAGGAAGACGGCAAGCAGGTC...TAGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAATGACAGTTCTAATGATGACAAAACAAAGAAGTCGGAGGGTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109154 AGAATGACAGTTCTAATGATGACAAAACAAAGAAGTCGGAGGGTGATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACAAGGAAGAGAAGAAAGAAGACTCCGAGAAGGAAGCCAAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109204 GACAAGGAAGAGAAGAAAGAAGACTCCGAGAAGGAAGCCAAAAAGGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042     AGTAGCAAGAAGCGGAACCGGAAGCACAGTGGTGACGACAGCTTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109254 .CAGAGTAGCAAGAAGCGGAACCGGAAGCACAGTGGTGACGACAGCTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACGAGGGCAGCGTGTCAGAGTCTGAGTCGGAGTCAGAGAGCGGCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109379 ACGAGGGCAGCGTGTCAGAGTCTGAGTCGGAGTCAGAGAGCGGCCAGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGGAGGAGAAGGAGGAGGCCG         AAGCGCTCAAGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109429 GAGGAGGAGAAGGAGGAGGCCGGTA...AAGAAGCGCTCAAGGAGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAGCCCAAGGAAGAAGAATGGGAGAAGCCCAAGGACGCCGCGGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109645 GAAGCCCAAGGAAGAAGAATGGGAGAAGCCCAAGGACGCCGCGGGGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGTGCAAGCCGCGGCCGCTGCATAAGACCTGCTCCCTCTTCATGCGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109695 AGTGCAAGCCGCGGCCGCTGCATAAGACCTGCTCCCTCTTCATGCGCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATCGCGCCCAACATCTCCCGGGCCGAGATCATCTCC         CTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109745 ATCGCGCCCAACATCTCCCGGGCCGAGATCATCTCCGTG...CAGCTTTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TAAAAGGTACCCAGGCTTTATGCGGGTGGCGCTCTCAGAGCCCCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110116 TAAAAGGTACCCAGGCTTTATGCGGGTGGCGCTCTCAGAGCCCCAGCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAGGAG         GTTTTTCCGTCGTGGCTGGGTGACCTTCGACCGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110166 AGAGGAGGTG...TAGGTTTTTCCGTCGTGGCTGGGTGACCTTCGACCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGTGTTAACATTAAAGAGATCTGTTGGAACCTGCAGAACATCCGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110307 AGTGTTAACATTAAAGAGATCTGTTGGAACCTGCAGAACATCCGTGTG..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456     CTCCGGGAGTGTGAGCTGAGCCCTGGTGTGAACAGGGACCTGACCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110357 .CAGCTCCGGGAGTGTGAGCTGAGCCCTGGTGTGAACAGGGACCTGACCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGCGCGTTCGCAACATCAACGGCATCACCCAGCACAAGCAGATTGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110703 GGCGCGTTCGCAACATCAACGGCATCACCCAGCACAAGCAGATTGTGCGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AACGACATCAAGCTGGCGGCCAAGCTGATCCACACGCTGGATGACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110753 AACGACATCAAGCTGGCGGCCAAGCTGATCCACACGCTGGATGACAGGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACAGCTTTGGGCCTCAGAACCAGGGACGCCTCCCCTGCCCACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110803 ACAGCTTTGGGCCTCAGAACCAGGGACGCCTCCCCTGCCCACGGTC...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645   AGCCTGCCCTCGCAAAACCCGATCTTGAAGAATATCACCGACTACCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111203 AGAGCCTGCCCTCGCAAAACCCGATCTTGAAGAATATCACCGACTACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ATCGAGGAAGTAAGCGCCGAGGAGGAGGAGCTGCTGGGGAGCAGCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111253 ATCGAGGAAGTAAGCGCCGAGGAGGAGGAGCTGCTGGGGAGCAGCGGGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGCTCCTCCTGAGGAGCCTCCTAAGGAAGGGAACCCGGCAGAGATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111303 CGCTCCTCCTGAGGAGCCTCCTAAGGAAGGGAACCCGGCAGAGATCAACG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGGAGCGGGATGAGAAGTTGATTAAG         GTCTTGGACAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111353 TGGAGCGGGATGAGAAGTTGATTAAGGTG...TAGGTCTTGGACAAGCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTCCTTTACCTGCGCATCGTGCATTCCTTGGATTATTACAACACCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111472 CTCCTTTACCTGCGCATCGTGCATTCCTTGGATTATTACAACACCTGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GTACCCCAACGAGGACGAGATGCCCAATCGCTGTGGGATCATCCACGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111522 GTACCCCAACGAGGACGAGATGCCCAATCGCTGTGGGATCATCCACGTTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GGGGGCCCATGCCACCCAACCGCATCAGTCACGGGGAAG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111572 GGGGGCCCATGCCACCCAACCGCATCAGTCACGGGGAAGGTG...CAGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CTGGAGTGGCAGAAGACTTTTGAGGAGAAGCTCACGCCGTTGCTGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111732 CTGGAGTGGCAGAAGACTTTTGAGGAGAAGCTCACGCCGTTGCTGAGTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCGGGAGTCACTCTCAGAGGAAGAGGCCCAGAAGATGGGGCGCAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111782 GCGGGAGTCACTCTCAGAGGAAGAGGCCCAGAAGATGGGGCGCAAAGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CAGAGCAGGAAGTGGAGAAGTTCGTCACCTCCAACACGCAGGAACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111832 CAGAGCAGGAAGTGGAGAAGTTCGTCACCTCCAACACGCAGGAACTGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AAGGATAAGTGGCTGTGTCCTCTCAGTGGCAAGAAATTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111882 AAGGATAAGTGGCTGTGTCCTCTCAGTGGCAAGAAATTCAAGGTG...CA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2167  GGTCCTGAGTTTGTGCGCAAACATATCTTCAACAAGCATGCAGAGAAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112112 GGGTCCTGAGTTTGTGCGCAAACATATCTTCAACAAGCATGCAGAGAAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TTGAGGAAGTGAAAAAGGAAGTCGCGTTTTTTAACAACTTCCTCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112162 TTGAGGAAGTGAAAAAGGAAGTCGCGTTTTTTAACAACTTCCTCACTGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GCTAAGCGCCCAGCTCTGCCTGAGATCAAGCCAGCCCAGCCACCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112212 GCTAAGCGCCCAGCTCTGCCTGAGATCAAGCCAGCCCAGCCACCTGGCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CGCCCAGA         TACTCCCCCCAGGTTTGACCCCAGGACTCCCCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112262 CGCCCAGAGTA...TTGTACTCCCCCCAGGTTTGACCCCAGGACTCCCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 ACCCACACCAGACTCCCCAGGGCCTGATGCCCTATGGTCAGCCCCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112485 ACCCACACCAGACTCCCCAGGGCCTGATGCCCTATGGTCAGCCCCGGCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CCGATCTTGGGCTATGGAG         CTGGTGCTGTCCGCCCTGCAGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112535 CCGATCTTGGGCTATGGAGGTA...TAGCTGGTGCTGTCCGCCCTGCAGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CCCCACAGGAGGCCCTCCATACCCCCATGCCCCGTATGGTGCTGGTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 CCCCACAGGAGGCCCTCCATACCCCCATGCCCCGTATGGTGCTGGTCGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 GGAACTATGATGCCTTCCGAGGCCAGGGAGGTTATCCTGGGAAACCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112739 GGAACTATGATGCCTTCCGAGGCCAGGGAGGTTATCCTGGGAAACCTCGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 AACAG         GATGGTTCGTGGAGACCCAAGGGCCATTGTGGAATA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112789 AACAGGTG...CAGGATGGTTCGTGGAGACCCAAGGGCCATTGTGGAATA

   2750     .    :    .    :    .    :    .
   2589 TCGGGACCTGGATGCCCCAGACGATGTTGATTTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112920 TCGGGACCTGGATGCCCCAGACGATGTTGATTTCTTT