seq1 = pF1KB5815.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KB5815/gi568815579f_55555105.tfa (gi568815579f:55555105_55774065), 218961 bp

>pF1KB5815 1413
>gi568815579f:55555105_55774065 (Chr19)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-185  (104106-104241)   100% ->
186-230  (105073-105117)   100% ->
231-334  (105412-105515)   100% ->
335-486  (105934-106085)   100% ->
487-603  (107398-107514)   100% ->
604-742  (108502-108640)   100% ->
743-822  (113403-113482)   100% ->
823-945  (113566-113688)   100% ->
946-1032  (113979-114065)   100% ->
1033-1281  (114340-114588)   99% ->
1282-1413  (118830-118961)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACTTCGACGAGTTCGAGCGGCAGCTCAACGAGAATAAACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTCGGACTTCGACGAGTTCGAGCGGCAGCTCAACGAGAATAAACAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         AGCGGGACAAGGAGAACCGGCATCGGAAGCGCAGCCACAGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGAGCGGGACAAGGAGAACCGGCATCGGAAGCGCAGCCACAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTCTCGGAGCCGGGACCGCAAACGCCGGAGCCGGAGCCGCGACCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104148 GCTCTCGGAGCCGGGACCGCAAACGCCGGAGCCGGAGCCGCGACCGGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCGGGACCAGCGGAGCGCCTCCCGGGACAGGCGACGACGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104198 AACCGGGACCAGCGGAGCGCCTCCCGGGACAGGCGACGACGCAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    CAAACCTTTGACCAGAGGCGCTAAAGAGGAGCACGGTGGACTGAT  
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105070 CAGCAAACCTTTGACCAGAGGCGCTAAAGAGGAGCACGGTGGACTGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231        TCGTTCCCCCCGCCACGAGAAGAAGAAGAAGGTCCGTAAATAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105120 G...CAGTCGTTCCCCCCGCCACGAGAAGAAGAAGAAGGTCCGTAAATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGGACGTGCCACCCCCAGGCTTTGAGCACATCACCCCAATGCAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105455 TGGGACGTGCCACCCCCAGGCTTTGAGCACATCACCCCAATGCAGTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCCATGCAAG         CTGCGGGTCAGATTCCAGCCACTGCTCTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105505 GGCCATGCAAGGTA...AAGCTGCGGGTCAGATTCCAGCCACTGCTCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCCCCACCATGACCCCTGACGGTCTGGCTGTGACCCCAACGCCGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105964 TCCCCACCATGACCCCTGACGGTCTGGCTGTGACCCCAACGCCGGTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGGTCGGGAGCCAGATGACCAGACAAGCCCGGCGCCTCTACGTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106014 GTGGTCGGGAGCCAGATGACCAGACAAGCCCGGCGCCTCTACGTGGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCCCCTTTGGCATCACTGAG         GAGGCCATGATGGATTTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106064 CATCCCCTTTGGCATCACTGAGGTA...CAGGAGGCCATGATGGATTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCAACGCCCAGATGCGCCTGGGGGGGCTGACCCAGGCCCCTGGCAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107417 TCAACGCCCAGATGCGCCTGGGGGGGCTGACCCAGGCCCCTGGCAACCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGTTGGCTGTGCAGATTAACCAGGACAAGAATTTTGCCTTTTTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107467 GTGTTGGCTGTGCAGATTAACCAGGACAAGAATTTTGCCTTTTTGGAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604        TTCCGCTCAGTGGACGAGACTACCCAGGCTATGGCCTTTGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107517 G...CAGTTCCGCTCAGTGGACGAGACTACCCAGGCTATGGCCTTTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATCATCTTCCAGGGCCAGTCACTAAAGATCCGCAGGCCTCACGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108545 GCATCATCTTCCAGGGCCAGTCACTAAAGATCCGCAGGCCTCACGACTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGCCGCTTCCTGGCATGTCAGAGAACCCCTCCGTCTATGTGCCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108595 CAGCCGCTTCCTGGCATGTCAGAGAACCCCTCCGTCTATGTGCCTGGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743      GGGTTGTGTCCACTGTGGTCCCCGACTCTGCCCACAAGCTGTTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108645 ..TAGGGGTTGTGTCCACTGTGGTCCCCGACTCTGCCCACAAGCTGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCGGGGGCTTACCCAACTACCTGAACGATGACCAG         GTCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113448 TCGGGGGCTTACCCAACTACCTGAACGATGACCAGGTA...CAGGTCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCTGCTGACATCCTTTGGGCCCCTCAAGGCCTTCAACCTGGTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113572 GAGCTGCTGACATCCTTTGGGCCCCTCAAGGCCTTCAACCTGGTCAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGTGCCACGGGGCTCTCCAAGGGCTACGCCTTCTGTGAGTACGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113622 CAGTGCCACGGGGCTCTCCAAGGGCTACGCCTTCTGTGAGTACGTGGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCAACGTCACGGATCAG         GCCATTGCGGGGCTGAACGGCATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113672 TCAACGTCACGGATCAGGTG...CAGGCCATTGCGGGGCTGAACGGCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGCTGGGGGATAAGAAGCTGCTGGTCCAGAGGGCGAGTGTGGGAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114003 CAGCTGGGGGATAAGAAGCTGCTGGTCCAGAGGGCGAGTGTGGGAGCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAATGCCACGCTG         AGCACCATCAATCAGACGCCTGTGACCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114053 GAATGCCACGCTGGTG...CAGAGCACCATCAATCAGACGCCTGTGACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCAAGTGCCGGGCTTGATGAGCTCCCAGGTGCAGATGGGCGGCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114368 TGCAAGTGCCGGGCTTGATGAGCTCCCAGGTGCAGATGGGCGGCCACCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACTGAGGTCCTGTGCCTCATGAACATGGTGCTGCCTGAGGAGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114418 ACTGAGGTCCTGTGCCTCATGAACATGGTGCTGCCTGAGGAGCTGCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGACGAGGAGTATGAGGAGATCGTGGAGGATGTGCGGGACGAGTGCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 114468 CGACGAGGAGTATGAGGAGATCGTGGAGGACGTGCGGGACGAGTGCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGTACGGGCTTGTCAAGTCCATCGAGATCCCCCGGCCTGTGGACGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114518 AGTACGGGCTTGTCAAGTCCATCGAGATCCCCCGGCCTGTGGACGGCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGGTGCCCGGCTGCGGAAAG         ATCTTTGTGGAGTTCACCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114568 GAGGTGCCCGGCTGCGGAAAGGTC...CAGATCTTTGTGGAGTTCACCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGTGTTTGACTGCCAGAAAGCCATGCAGGGCCTGACGGGCCGCAAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118850 TGTGTTTGACTGCCAGAAAGCCATGCAGGGCCTGACGGGCCGCAAGTTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCAACAGAGTGGTTGTCACAAAATACTGTGACCCCGACTCTTATCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118900 CCAACAGAGTGGTTGTCACAAAATACTGTGACCCCGACTCTTATCACCGC

   1500     .    :
   1402 CGGGACTTCTGG
        ||||||||||||
 118950 CGGGACTTCTGG