seq1 = pF1KB5807.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KB5807/gi568815581r_41482438.tfa (gi568815581r:41482438_41686834), 204397 bp

>pF1KB5807 1416
>gi568815581r:41482438_41686834 (Chr17)

(complement)

1-525  (100001-100525)   99% ->
526-608  (101778-101860)   100% ->
609-765  (102422-102578)   100% ->
766-927  (102914-103075)   100% ->
928-1053  (103159-103284)   100% ->
1054-1274  (103380-103600)   100% ->
1275-1321  (103695-103741)   100% ->
1322-1416  (104303-104397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACCTGCAGCCGCCAGTTCACCTCCTCCAGCTCCATGAAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACCTGCAGCCGCCAGTTCACCTCCTCCAGCTCCATGAAGGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGGCATCGGGGGCGGCATCGGGGGCGGCTCCAGCCGCATCTCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGGCATCGGGGGCGGCATCGGGGGCGGCTCCAGCCGCATCTCCTCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGCCGGAGGGTCCTGCCGCGCCCCCAGCACCTACGGGGGCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGCCGGAGGGTCCTGCCGCGCCCCCAGCACCTACGGGGGCGGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTGTCTCATCCTCCCGCTTCTCCTCTGGGGGAGCCTATGGGTTGGGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||
 100151 TCTGTCTCATCCTCCCGCTTCTCCTCTGGGGGAGCCTGCGGGCTGGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCTATGGCGGTGGCTTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTTTGGTAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCTATGGCGGTGGCTTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTTTGGTAGTGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGGGGAGGATATGGTGGTGGCCTTGGTGCTGGCTTGGGTGGTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGGGGGAGGATATGGTGGTGGCCTTGGTGCTGGCTTGGGTGGTGGCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTGGTGGCTTTGCTGGTGGTGATGGGCTTCTGGTGGGCAGTGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTGGTGGCTTTGCTGGTGGTGATGGGCTTCTGGTGGGCAGTGAGAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACCATGCAGAACCTCAACGACCGCCTGGCCTCCTACCTGGACAAGGTGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACCATGCAGAACCTCAATGACCGCCTGGCCTCCTACCTGGACAAGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGCTCTGGAGGAGGCCAACGCCGACCTGGAAGTGAAGATCCGTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGCTCTGGAGGAGGCCAACGCCGACCTGGAAGTGAAGATCCGTGACTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACCAGAGGCAGCGGCCTGCTGAGATCAAAGACTACAGTCCCTACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACCAGAGGCAGCGGCCTGCTGAGATCAAAGACTACAGTCCCTACTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GACCATTGAGGACCTGAGGAACAAG         ATTCTCACAGCCACAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100501 GACCATTGAGGACCTGAGGAACAAGGTG...CAGATTCTCACAGCCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGACAATGCCAATGTCCTTCTGCAGATTGACAATGCCCGTCTGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101794 TGGACAATGCCAATGTCCTTCTGCAGATTGACAATGCCCGTCTGGCCGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GATGACTTCCGCACCAA         GTATGAGACAGAGTTGAACCTGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101844 GATGACTTCCGCACCAAGTG...CAGGTATGAGACAGAGTTGAACCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATGAGTGTGGAAGCCGACATCAATGGCCTGCGCAGGGTGCTGGACGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102446 CATGAGTGTGGAAGCCGACATCAATGGCCTGCGCAGGGTGCTGGACGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGACCCTGGCCAGAGCTGACCTGGAGATGCAGATTGAGAGCCTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102496 TGACCCTGGCCAGAGCTGACCTGGAGATGCAGATTGAGAGCCTGAAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAGCTGGCCTACCTGAAGAAGAACCACGAGGAG         GAGATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102546 GAGCTGGCCTACCTGAAGAAGAACCACGAGGAGGTG...CAGGAGATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGCCCTGAGAGGCCAGGTGGGTGGAGATGTCAATGTGGAGATGGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 TGCCCTGAGAGGCCAGGTGGGTGGAGATGTCAATGTGGAGATGGACGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CACCTGGCGTGGACCTGAGCCGCATTCTGAACGAGATGCGTGACCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102972 CACCTGGCGTGGACCTGAGCCGCATTCTGAACGAGATGCGTGACCAGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGAAGATGGCAGAGAAGAACCGCAAGGATGCCGAGGAATGGTTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103022 GAGAAGATGGCAGAGAAGAACCGCAAGGATGCCGAGGAATGGTTCTTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAAG         ACAGAGGAGCTGAACCGCGAGGTGGCCACCAACAGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103072 CAAGGTG...CAGACAGAGGAGCTGAACCGCGAGGTGGCCACCAACAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGCTGGTGCAGAGCGGCAAGAGCGAGATCTCGGAGCTCCGGCGCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103196 AGCTGGTGCAGAGCGGCAAGAGCGAGATCTCGGAGCTCCGGCGCACCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CAGAACCTGGAGATTGAGCTGCAGTCCCAGCTCAGCATG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103246 CAGAACCTGGAGATTGAGCTGCAGTCCCAGCTCAGCATGGTA...CAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGCATCCCTGGAGAACAGCCTGGAGGAGACCAAAGGTCGCTACTGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103382 AGCATCCCTGGAGAACAGCCTGGAGGAGACCAAAGGTCGCTACTGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCTGGCCCAGATCCAGGAGATGATTGGCAGCGTGGAGGAGCAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103432 AGCTGGCCCAGATCCAGGAGATGATTGGCAGCGTGGAGGAGCAGCTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CAGCTCCGCTGCGAGATGGAGCAGCAGAACCAGGAGTACAAGATCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103482 CAGCTCCGCTGCGAGATGGAGCAGCAGAACCAGGAGTACAAGATCCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGACGTGAAGACGCGGCTGGAGCAGGAGATCGCCACCTACCGCCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103532 GGACGTGAAGACGCGGCTGGAGCAGGAGATCGCCACCTACCGCCGCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGAGGGCGAGGACGCCCA         CCTCTCCTCCTCCCAGTTCTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103582 TGGAGGGCGAGGACGCCCAGTG...CAGCCTCTCCTCCTCCCAGTTCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TCTGGATCGCAGTCATCCAGAGATG         TGACCTCCTCCAGCCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103717 TCTGGATCGCAGTCATCCAGAGATGGTA...CAGTGACCTCCTCCAGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCAAATCCGCACCAAGGTCATGGATGTGCACGATGGCAAGGTGGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104319 CCAAATCCGCACCAAGGTCATGGATGTGCACGATGGCAAGGTGGTGTCCA

   1450     .    :    .    :    .
   1388 CCCACGAGCAGGTCCTTCGCACCAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 104369 CCCACGAGCAGGTCCTTCGCACCAAGAAC