seq1 = pF1KB5805.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KB5805/gi568815593r_2647567.tfa (gi568815593r:2647567_2851413), 203847 bp

>pF1KB5805 1413
>gi568815593r:2647567_2851413 (Chr5)

(complement)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-655  (101627-102032)   100% ->
656-1363  (102362-103069)   100% ->
1364-1413  (103798-103847)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTACCCGCAGGGCTACCTGTACCAGGCGCCCGGCTCGCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTACCCGCAGGGCTACCTGTACCAGGCGCCCGGCTCGCTGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACTCGTGCCCGGCCTACGGCGCGTCGGCTTTGGCGGCTCCGCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACTCGTGCCCGGCCTACGGCGCGTCGGCTTTGGCGGCTCCGCGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCTGGCGCGCTCGGCGTCGGGCTCGGCGTTCAGCCCCTACCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCTGGCGCGCTCGGCGTCGGGCTCGGCGTTCAGCCCCTACCCGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGCGGCCTTCACGGCGCAGGCGGCCACCGGCTTCGGGAGCCCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGGCGGCCTTCACGGCGCAGGCGGCCACCGGCTTCGGGAGCCCGCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTACTCGGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGCTTCCCGTCCTACATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 GTACTCGGCCGACGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGCTTCCCGTCCTACATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         GGCGCACCCTACGACGCGCACACCACCGGCATGACCGGCGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TA...CAGGGCGCACCCTACGACGCGCACACCACCGGCATGACCGGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCAGCTACCACCCGTACGGCAGCGCGGCCTACCCGTACCAGCTCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101669 ATCAGCTACCACCCGTACGGCAGCGCGGCCTACCCGTACCAGCTCAACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCCGCGTACCGCAAGAACGCCACGCGGGACGCCACGGCCACTCTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101719 CCCCGCGTACCGCAAGAACGCCACGCGGGACGCCACGGCCACTCTCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTGGCTCAACGAGCACCGCAAGAACCCCTACCCCACCAAGGGCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101769 CCTGGCTCAACGAGCACCGCAAGAACCCCTACCCCACCAAGGGCGAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCATGCTAGCCATCATCACCAAGATGACCCTCACCCAGGTCTCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101819 ATCATGCTAGCCATCATCACCAAGATGACCCTCACCCAGGTCTCCACCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTTCGCCAACGCGCGCCGGCGCCTCAAGAAGGAGAACAAGATGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101869 GTTCGCCAACGCGCGCCGGCGCCTCAAGAAGGAGAACAAGATGACCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCCGAGAAACAAAAGCGAAGATGAGGACGAGGACGAGGGCGACGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101919 CCCCGAGAAACAAAAGCGAAGATGAGGACGAGGACGAGGGCGACGCTACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGAAGCAAGGACGAGAGTCCCGACAAGGCGCAGGAGGGCACGGAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101969 AGAAGCAAGGACGAGAGTCCCGACAAGGCGCAGGAGGGCACGGAGACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCAGAGGACGAAG         GGATCAGCCTGCACGTGGACTCGCTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102019 GGCAGAGGACGAAGGTG...CAGGGATCAGCCTGCACGTGGACTCGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CGGATCACTCGTGCTCGGCCGAGTCGGACGGGGAGAAGCTTCCGTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102389 CGGATCACTCGTGCTCGGCCGAGTCGGACGGGGAGAAGCTTCCGTGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCGGGGACCCCCTGTGCGAATCGGGCTCGGAGTGCAAGGACAAGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102439 GCCGGGGACCCCCTGTGCGAATCGGGCTCGGAGTGCAAGGACAAGTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGACCTGGAGGACGACGAGGACGACGACGAGGAGGGCGAGCGGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102489 CGACCTGGAGGACGACGAGGACGACGACGAGGAGGGCGAGCGGGGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CGCCGCCCAAGCCCGTGACCTCGTCGCCGCTTACCGGCTTGGAGGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102539 CGCCGCCCAAGCCCGTGACCTCGTCGCCGCTTACCGGCTTGGAGGCGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGCTGAGCCCCCCGCCCGAGGCCGCGCCCCGCGGTGGCCGCAAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102589 CTGCTGAGCCCCCCGCCCGAGGCCGCGCCCCGCGGTGGCCGCAAGACGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCAGGGCAGCCGGACGTCTCCGGGCGCGCCGCCCCCCGCCAGCAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102639 CCAGGGCAGCCGGACGTCTCCGGGCGCGCCGCCCCCCGCCAGCAAGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGCTGTGGTCGCTGGCCGAGATCGCCACGTCGGACCTCAAGCAGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102689 AGCTGTGGTCGCTGGCCGAGATCGCCACGTCGGACCTCAAGCAGCCGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTGGGCCCGGGCTGCGGGCCACCGGGGCTGCCCGCGGCCGCCGCGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102739 CTGGGCCCGGGCTGCGGGCCACCGGGGCTGCCCGCGGCCGCCGCGCCGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTCAACCGGGGCACCGCCAGGAGGCTCGCCCTACCCTGCCTCGCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102789 CTCAACCGGGGCACCGCCAGGAGGCTCGCCCTACCCTGCCTCGCCGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGGGCCGCCCCCTCTACTACACGTCGCCCTTCTACGGCAACTACACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102839 TGGGCCGCCCCCTCTACTACACGTCGCCCTTCTACGGCAACTACACAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TACGGGAACTTGAACGCGGCGCTGCAGGGCCAGGGTCTCCTGCGGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102889 TACGGGAACTTGAACGCGGCGCTGCAGGGCCAGGGTCTCCTGCGGTACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTCTGCGGCCGCGGCCCCCGGCGAGGCCCTGCACACCGCGCCAAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102939 CTCTGCGGCCGCGGCCCCCGGCGAGGCCCTGCACACCGCGCCAAAGGCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCAGCGACGCGGGCAAGGCGGGCGCGCACCCGCTCGAGTCCCACTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102989 CCAGCGACGCGGGCAAGGCGGGCGCGCACCCGCTCGAGTCCCACTACCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCCCCGGGCGGCGGCTACGAGCCCAAGAAAG         ATGCCAGCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103039 TCCCCGGGCGGCGGCTACGAGCCCAAGAAAGGTA...CAGATGCCAGCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GGGCTGCACCGTGGTTGGCGGGGGCGTCCAGCCCTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103808 GGGCTGCACCGTGGTTGGCGGGGGCGTCCAGCCCTACCTA