seq1 = pF1KB5799.tfa, 2502 bp
seq2 = pF1KB5799/gi568815592f_31640467.tfa (gi568815592f:31640467_31862528), 222062 bp

>pF1KB5799 2502
>gi568815592f:31640467_31862528 (Chr6)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-271  (100697-100820)   100% ->
272-352  (102411-102491)   100% ->
353-415  (102642-102704)   100% ->
416-537  (103438-103559)   100% ->
538-647  (103724-103833)   100% ->
648-683  (104080-104115)   100% ->
684-766  (104771-104853)   100% ->
767-812  (106921-106966)   100% ->
813-951  (112835-112973)   100% ->
952-1014  (113101-113163)   100% ->
1015-1143  (117699-117827)   100% ->
1144-1216  (118082-118154)   100% ->
1217-1326  (118300-118409)   100% ->
1327-1407  (118631-118711)   100% ->
1408-1495  (118959-119046)   100% ->
1496-1685  (119320-119509)   100% ->
1686-1812  (119624-119750)   100% ->
1813-1962  (120224-120373)   100% ->
1963-2037  (120722-120796)   100% ->
2038-2181  (121006-121149)   100% ->
2182-2319  (121352-121489)   100% ->
2320-2393  (121646-121719)   100% ->
2394-2502  (121954-122062)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCTTAGGAGCGAACCCAAGGAGGACACCGCAGGGACCGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCTTAGGAGCGAACCCAAGGAGGACACCGCAGGGACCGAGACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGGCGGCCTCCTCCGGCTTCCCCAGCCCGGCCCCAGTGCCGGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGGCGGCCTCCTCCGGCTTCCCCAGCCCGGCCCCAGTGCCGGGCCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGGCCGAGGAGGAGGAAGTCGAGGAGGAGGAGGAGCTGGCCGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 GGGAGGCCGAGGAGGAGGAAGTCGAGGAGGAGGAGGAGCTGGCCGAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       ATCCATCTGTGTGTGCTGTGGAATTCAGGATACTTGGGCATTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGATCCATCTGTGTGTGCTGTGGAATTCAGGATACTTGGGCATTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACTATGATACTAGTGACTCCACTATCCACTTCATGCCAGATGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 CTACTATGATACTAGTGACTCCACTATCCACTTCATGCCAGATGCCCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCACGAGAGCCTCAAGCTTCTCCAGAGAG         TTCTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100791 ACCACGAGAGCCTCAAGCTTCTCCAGAGAGGTG...AAGTTCTGGATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCAATCCCCAGTCTGTTGTTACGAGTGCCAAACAGGATGAGAATATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 ATCAATCCCCAGTCTGTTGTTACGAGTGCCAAACAGGATGAGAATATGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGATTTCTGGGAAAGCTTG         CCTCCCAGGAGCACAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102472 TCGATTTCTGGGAAAGCTTGGTA...CAGCCTCCCAGGAGCACAGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTAAAAGACCTGAAATCATATTTTTGCCAAGTGTGGATTTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102663 CTAAAAGACCTGAAATCATATTTTTGCCAAGTGTGGATTTTGGTA...TA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416  GTCTGGAGATAAGCAAACAACGCCTCCTTTCTGGAAACTACTCCTTCAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103437 GGTCTGGAGATAAGCAAACAACGCCTCCTTTCTGGAAACTACTCCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCAGACGCCATGACTGCCACTGAGAAAATCCTCTTCCTCTCTTCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103487 CCCAGACGCCATGACTGCCACTGAGAAAATCCTCTTCCTCTCTTCCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCCCTTTGACTGCCTCCTCACA         GTTCGAGCACTTGGAGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103537 TTCCCTTTGACTGCCTCCTCACAGTG...CAGGTTCGAGCACTTGGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGCTGAAGTTCCTGGGTCGAAGAAGAATCGGGGTTGAACTGGAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103742 CTGCTGAAGTTCCTGGGTCGAAGAAGAATCGGGGTTGAACTGGAAGACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAATGTCAGCGTCCCCATCCTGGGCTTTAAGAAATTTATGTT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103792 TAATGTCAGCGTCCCCATCCTGGGCTTTAAGAAATTTATGTTGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    648  GACTCATCTGGTGAACATAGATCAAGACACTTACAG         TGTT
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104079 GGACTCATCTGGTGAACATAGATCAAGACACTTACAGGTA...CAGTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTACAGATTTTTAAGAGTGAGTCTCACCCCTCAGTGTACAAAGTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104775 CTACAGATTTTTAAGAGTGAGTCTCACCCCTCAGTGTACAAAGTGGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGACTGAAGGAGGGGCTCAGCCTCTTTG         GAATCCTCAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104825 TGGACTGAAGGAGGGGCTCAGCCTCTTTGGTA...CAGGAATCCTCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GATGCCACTGTAAGTGGGGAGAGAAGCTGCTCAG         GCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106933 GATGCCACTGTAAGTGGGGAGAGAAGCTGCTCAGGTG...CAGGCTATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTCACACGTCCGACTCATGACCTGGGGGAGCTCAGTTCTCGTCTGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112842 TTCACACGTCCGACTCATGACCTGGGGGAGCTCAGTTCTCGTCTGGACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CATTCAGTTTTTTCTGCTGCCCCAGAATCTGGACATGGCTCAGATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112892 CATTCAGTTTTTTCTGCTGCCCCAGAATCTGGACATGGCTCAGATGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATCGGCTCCTGGGTCACATCAAGAACGTGCCT         CTGATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112942 ATCGGCTCCTGGGTCACATCAAGAACGTGCCTGTG...TAGCTGATTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AAACGCATGAAGTTGTCCCACACCAAGGTCAGCGACTGGCAGGTTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113110 AAACGCATGAAGTTGTCCCACACCAAGGTCAGCGACTGGCAGGTTCTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAAG         ACTGTGTACAGTGCCCTGGGCCTGAGGGATGCCTGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113160 CAAGGTA...CAGACTGTGTACAGTGCCCTGGGCCTGAGGGATGCCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GCTCCCTGCCGCAGTCCATCCAGCTCTTTCGGGACATTGCCCAAGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117736 GCTCCCTGCCGCAGTCCATCCAGCTCTTTCGGGACATTGCCCAAGAGTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCTGATGACCTGCACCATATCGCCAGCCTCATTGGGAAAGTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117786 TCTGATGACCTGCACCATATCGCCAGCCTCATTGGGAAAGTAGTG...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144  GTGGACTTTGAGGGCAGCCTTGCTGAAAATCGCTTCACAGTCCTCCCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118081 GGTGGACTTTGAGGGCAGCCTTGCTGAAAATCGCTTCACAGTCCTCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACATAGATCCTGAAATTGATGAGA         AAAAGCGAAGACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118131 ACATAGATCCTGAAATTGATGAGAGTG...TAGAAAAGCGAAGACTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GGACTTCCCAGTTTCCTTACTGAGGTTGCCCGCAAGGAGCTGGAGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118317 GGACTTCCCAGTTTCCTTACTGAGGTTGCCCGCAAGGAGCTGGAGAATCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGACTCCCGTATTCCTTCATGCAGTGTCATCTACATCCCTCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118367 GGACTCCCGTATTCCTTCATGCAGTGTCATCTACATCCCTCTGGTG...C

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327   ATTGGCTTCCTTCTTTCTATTCCCCGCCTGCCTTCCATGGTAGAGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118629 AGATTGGCTTCCTTCTTTCTATTCCCCGCCTGCCTTCCATGGTAGAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 AGTGACTTTGAGATTAATGGACTGGACTTCATG         TTTCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118679 AGTGACTTTGAGATTAATGGACTGGACTTCATGGTA...CAGTTTCTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 AGAGGAGAAGCTGCACTATCGTAGTGCCCGAACCAAGGAGCTGGATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118967 AGAGGAGAAGCTGCACTATCGTAGTGCCCGAACCAAGGAGCTGGATGCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TGCTGGGGGACCTGCACTGCGAGATCCGGG         ACCAGGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119017 TGCTGGGGGACCTGCACTGCGAGATCCGGGGTG...CAGACCAGGAGACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 CTGCTGATGTACCAGCTACAGTGCCAGGTGCTGGCACGAGCAGCTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119331 CTGCTGATGTACCAGCTACAGTGCCAGGTGCTGGCACGAGCAGCTGTCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 AACCCGAGTATTGGACCTTGCCTCCCGCCTGGACGTCCTGCTGGCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119381 AACCCGAGTATTGGACCTTGCCTCCCGCCTGGACGTCCTGCTGGCTCTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CCAGTGCTGCCCGGGACTATGGCTACTCAAGGCCGCGTTACTCCCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119431 CCAGTGCTGCCCGGGACTATGGCTACTCAAGGCCGCGTTACTCCCCACAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GTCCTTGGGGTACGAATCCAGAATGGCAG         ACATCCTCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119481 GTCCTTGGGGTACGAATCCAGAATGGCAGGTA...CAGACATCCTCTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GGAACTCTGTGCCCGAACCTTTGTGCCCAACTCCACAGAATGTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119636 GGAACTCTGTGCCCGAACCTTTGTGCCCAACTCCACAGAATGTGGTGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 ACAAAGGGAGGGTCAAAGTCATCACTGGACCCAACTCATCAGGGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119686 ACAAAGGGAGGGTCAAAGTCATCACTGGACCCAACTCATCAGGGAAGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 ATATACCTCAAACAG         GTAGGCTTGATCACATTCATGGCCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119736 ATATACCTCAAACAGGTG...CAGGTAGGCTTGATCACATTCATGGCCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 GGTAGGCAGCTTTGTGCCAGCAGAGGAGGCCGAAATTGGGGCAGTAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120250 GGTAGGCAGCTTTGTGCCAGCAGAGGAGGCCGAAATTGGGGCAGTAGACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 CCATCTTCACACGAATTCATAGCTGCGAATCCATCTCCCTTGGCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120300 CCATCTTCACACGAATTCATAGCTGCGAATCCATCTCCCTTGGCCTCTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 ACCTTCATGATCGACCTCAACCAG         GTGGCGAAAGCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120350 ACCTTCATGATCGACCTCAACCAGGTC...CAGGTGGCGAAAGCAGTGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CAATGCCACTGCACAGTCGCTGGTCCTTATTGATGAATTTGGAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120739 CAATGCCACTGCACAGTCGCTGGTCCTTATTGATGAATTTGGAAAGGGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CCAACACG         GTGGATGGGCTCGCGCTTCTGGCCGCTGTGCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120789 CCAACACGGTG...CAGGTGGATGGGCTCGCGCTTCTGGCCGCTGTGCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CGACACTGGCTGGCACGTGGACCCACATGCCCCCACATCTTTGTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121039 CGACACTGGCTGGCACGTGGACCCACATGCCCCCACATCTTTGTGGCCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CAACTTTCTGAGCCTTGTTCAGCTACAACTGCTGCCACAAGGGCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121089 CAACTTTCTGAGCCTTGTTCAGCTACAACTGCTGCCACAAGGGCCCCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 TGCAGTATTTG         ACCATGGAGACCTGTGAGGATGGCAACGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121139 TGCAGTATTTGGTG...AAGACCATGGAGACCTGTGAGGATGGCAACGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 CTTGTCTTCTTCTATCAGGTTTGCGAAGGTGTTGCGAAGGCCAGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121382 CTTGTCTTCTTCTATCAGGTTTGCGAAGGTGTTGCGAAGGCCAGCCATGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 CTCCCACACAGCTGCCCAGGCTGGGCTTCCTGACAAGCTTGTGGCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121432 CTCCCACACAGCTGCCCAGGCTGGGCTTCCTGACAAGCTTGTGGCTCGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 GCAAGGAG         GTCTCAGACTTGATCCGCAGTGGAAAACCCATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121482 GCAAGGAGGTG...TAGGTCTCAGACTTGATCCGCAGTGGAAAACCCATC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2353 AAGCCTGTCAAGGATTTGCTAAAGAAGAACCAAATGGAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121679 AAGCCTGTCAAGGATTTGCTAAAGAAGAACCAAATGGAAAAGTG...CAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2394 TTGCCAGACATTAGTGGATAAGTTTATGAAACTGGATTTGGAAGATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121954 TTGCCAGACATTAGTGGATAAGTTTATGAAACTGGATTTGGAAGATCCTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2444 ACCTGGACTTGAACGTTTTCATGAGCCAGGAAGTGCTGCCTGCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122004 ACCTGGACTTGAACGTTTTCATGAGCCAGGAAGTGCTGCCTGCTGCCACC

   2700     .
   2494 AGCATCCTC
        |||||||||
 122054 AGCATCCTC