seq1 = pF1KB5797.tfa, 2502 bp
seq2 = pF1KB5797/gi568815592r_11085165.tfa (gi568815592r:11085165_11313729), 228565 bp

>pF1KB5797 2502
>gi568815592r:11085165_11313729 (Chr6)

(complement)

11-459  (100001-100449)   99% ->
460-561  (120038-120139)   100% ->
562-663  (121284-121385)   100% ->
664-1905  (122525-123766)   100% ->
1906-1995  (125423-125512)   100% ->
1996-2502  (128059-128565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGAATCTTATGGCAAGGGCCTTATATGACAATGTCCCAGAGTGTGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGAATCTTATGGCAAGGGCCTTATATGACAATGTCCCAGAGTGTGCCGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 GAACTGGCCTTTCGCAAGGGAGACATCCTGACCGTCATAGAGCAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAACTGGCCTTTCGCAAGGGAGACATCCTGACCGTCATAGAGCAGAACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 AGGGGGACTGGAAGGATGGTGGCTGTGCTCGTTACACGGTCGGCAAGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100101 AGGGGGACTGGAAGGATGGTGGCTGTGCTCATTACACGGTCGGCAAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 TTGTCCCAGGCAACCGGGTGAAGCTTCTGATTGGTCCCATGCAGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGTCCCAGGCAACCGGGTGAAGCTTCTGATTGGTCCCATGCAGGAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211 GCCTCCAGTCACGAGCAGCCTGCCTCTGGACTGATGCAGCAGACCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCTCCAGTCACGAGCAGCCTGCCTCTGGACTGATGCAGCAGACCTTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    261 CCAACAGAAGCTCTATCAAGTGCCAAACCCACAGGCTGCTCCCCGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACAGAAGCTCTATCAAGTGCCAAACCCACAGGCTGCTCCCCGAGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311 CCATCTACCAAGTGCCACCTTCCTACCAAAATCAGGGAATTTACCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCATCTACCAAGTGCCACCTTCCTACCAAAATCAGGGAATTTACCAAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 CCCACTGGCCACGGCACCCAAGAACAAGAGGTATATCAGGTGCCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCACTGGCCACGGCACCCAAGAACAAGAGGTATATCAGGTGCCACCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411 AGTGCAGAGAAGCATTGGGGGAACCAGTGGGCCCCACGTGGGTAAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100401 AGTGCAGAGAAGCATTGGGGGAACCAGTGGGCCCCACGTGGGTAAAAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460         GTGATAACCCCCGTGAGGACAGGCCATGGCTACGTATACGAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TG...CAGGTGATAACCCCCGTGAGGACAGGCCATGGCTACGTATACGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502 TACCCATCCAGATACCAAAAGGACGTCTATGATATCCCTCCTTCTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120080 TACCCATCCAGATACCAAAAGGACGTCTATGATATCCCTCCTTCTCATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 CACTCAAGGG         GTATACGACATCCCTCCCTCATCAGCAAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120130 CACTCAAGGGGTG...CAGGTATACGACATCCCTCCCTCATCAGCAAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    593 GCCCTGTGTTTTCAGTTCCAGTGGGAGAGATAAAACCTCAAGGGGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121315 GCCCTGTGTTTTCAGTTCCAGTGGGAGAGATAAAACCTCAAGGGGTGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643 GACATCCCGCCTACAAAAGGG         GTATATGCCATTCCGCCCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 121365 GACATCCCGCCTACAAAAGGGGTG...CAGGTATATGCCATTCCGCCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684 TGCTTGCCGGGATGAAGCAGGGCTTAGGGAAAAAGACTATGACTTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122545 TGCTTGCCGGGATGAAGCAGGGCTTAGGGAAAAAGACTATGACTTCCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734 CTCCCATGAGACAAGCTGGAAGGCCGGACCTCAGACCGGAGGGGGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122595 CTCCCATGAGACAAGCTGGAAGGCCGGACCTCAGACCGGAGGGGGTTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784 GACATTCCTCCAACCTGCACCAAGCCAGCAGGGAAGGACCTTCATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122645 GACATTCCTCCAACCTGCACCAAGCCAGCAGGGAAGGACCTTCATGTAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    834 ATACAACTGTGACATTCCAGGAGCTGCAGAACCGGTGGCTCGAAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122695 ATACAACTGTGACATTCCAGGAGCTGCAGAACCGGTGGCTCGAAGGCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 AGAGCCTGTCCCCGAATCACCCACCCCCGCAACTCGGACAGTCAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122745 AGAGCCTGTCCCCGAATCACCCACCCCCGCAACTCGGACAGTCAGTGGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 TCTCAGAACGACGCATATGATGTCCCCCGAGGCGTTCAGTTTCTTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122795 TCTCAGAACGACGCATATGATGTCCCCCGAGGCGTTCAGTTTCTTGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 ACCAGCAGAAACCAGTGAGAAAGCAAACCCCCAGGAAAGGGATGGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122845 ACCAGCAGAAACCAGTGAGAAAGCAAACCCCCAGGAAAGGGATGGTGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 ATGATGTCCCTCTGCATAACCCGCCAGATGCTAAAGGCTCTCGGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122895 ATGATGTCCCTCTGCATAACCCGCCAGATGCTAAAGGCTCTCGGGACTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GTGGATGGGATCAACCGATTGTCTTTCTCCAGTACAGGCAGCACCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122945 GTGGATGGGATCAACCGATTGTCTTTCTCCAGTACAGGCAGCACCCGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TAACATGTCCACGTCTTCCACCTCCTCCAAGGAGTCCTCACTGTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122995 TAACATGTCCACGTCTTCCACCTCCTCCAAGGAGTCCTCACTGTCAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CCCCAGCTCAGGACAAAAGGCTCTTCCTGGATCCAGACACAGCTATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123045 CCCCAGCTCAGGACAAAAGGCTCTTCCTGGATCCAGACACAGCTATTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AGACTTCAGCGGCTCCAGCAGGCCCTTGAGATGGGTGTCTCCAGCCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123095 AGACTTCAGCGGCTCCAGCAGGCCCTTGAGATGGGTGTCTCCAGCCTAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGCACTGGTCACTACCGACTGGCGGTGTTACGGATATATGGAAAGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123145 GGCACTGGTCACTACCGACTGGCGGTGTTACGGATATATGGAAAGACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCAATGAAATACGCACAGCAGTGGACAAGGTGGAGCTGTTCCTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123195 TCAATGAAATACGCACAGCAGTGGACAAGGTGGAGCTGTTCCTGAAGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TACCTCCACTTTGTCAAGGGAGCTGTTGCAAATGCTGCCTGCCTCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123245 TACCTCCACTTTGTCAAGGGAGCTGTTGCAAATGCTGCCTGCCTCCCGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 ACTCATCCTCCACAACAAGATGAAGCGGGAGCTGCAACGAGTTGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123295 ACTCATCCTCCACAACAAGATGAAGCGGGAGCTGCAACGAGTTGAAGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCCACCAGATCCTGAGTCAAACCAGCCATGACTTAAATGAGTGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123345 CCCACCAGATCCTGAGTCAAACCAGCCATGACTTAAATGAGTGCAGCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCCTGAATATCTTGGCCATCAACAAGCCCCAGAACAAGTGTGACGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123395 TCCCTGAATATCTTGGCCATCAACAAGCCCCAGAACAAGTGTGACGATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGACCGGTTTGTGATGGTGGCAAAGACGGTGCCCGATGACGCCAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123445 GGACCGGTTTGTGATGGTGGCAAAGACGGTGCCCGATGACGCCAAGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCACCACAACCATCAACACCAACGCAGAGGCCCTCTTCAGACCCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123495 TCACCACAACCATCAACACCAACGCAGAGGCCCTCTTCAGACCCGGCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCAGCTTGCATCTGAAGAATGGGCCGGAGAGCATCATGAACTCAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123545 GGCAGCTTGCATCTGAAGAATGGGCCGGAGAGCATCATGAACTCAACGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GTACCCACACGGTGGCTCCCAGGGACAGCTGCTGCATCCTGGTGACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123595 GTACCCACACGGTGGCTCCCAGGGACAGCTGCTGCATCCTGGTGACCACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGGCCCAGGCCCACAACAAGGCACTGCCCCCAGGCCTGAGCAAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123645 AGGCCCAGGCCCACAACAAGGCACTGCCCCCAGGCCTGAGCAAGGAGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GCCCCTGACTGTAGCAGCAGTGATGGTTCTGAGAGGAGCTGGATGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123695 GCCCCTGACTGTAGCAGCAGTGATGGTTCTGAGAGGAGCTGGATGGATGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CTACGATTACGTCCACCTACAG         GGTAAGGAGGAGTTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123745 CTACGATTACGTCCACCTACAGGTA...CAGGGTAAGGAGGAGTTTGAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GGCAACAGAAAGAGCTATTGGAAAAAGAGAATATCATGAAACAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125442 GGCAACAGAAAGAGCTATTGGAAAAAGAGAATATCATGAAACAGAACAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATGCAGCTGGAACATCATCAG         CTGAGCCAGTTCCAGCTGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125492 ATGCAGCTGGAACATCATCAGGTA...CAGCTGAGCCAGTTCCAGCTGTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGAACAAGAGATTACAAAGCCCGTGGAGAATGACATCTCGAAGTGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128079 GGAACAAGAGATTACAAAGCCCGTGGAGAATGACATCTCGAAGTGGAAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CCTCTCAGAGCCTACCCACCACAAACAGTGGCGTGAGTGCTCAGGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128129 CCTCTCAGAGCCTACCCACCACAAACAGTGGCGTGAGTGCTCAGGATCGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CAGTTGCTGTGCTTCTACTATGACCAATGTGAGACCCATTTCATTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128179 CAGTTGCTGTGCTTCTACTATGACCAATGTGAGACCCATTTCATTTCCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TCTCAACGCCATTGACGCACTCTTCAGTTGTGTCAGCTCAGCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128229 TCTCAACGCCATTGACGCACTCTTCAGTTGTGTCAGCTCAGCCCAGCCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CGCGAATCTTCGTGGCACACAGCAAGTTTGTCATCCTCAGTGCACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128279 CGCGAATCTTCGTGGCACACAGCAAGTTTGTCATCCTCAGTGCACACAAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CTGGTGTTCATTGGAGACACGCTGACACGGCAGGTGACTGCCCAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128329 CTGGTGTTCATTGGAGACACGCTGACACGGCAGGTGACTGCCCAGGACAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TCGCAACAAAGTCATGAACTCCAGCAACCAGCTCTGCGAGCAGCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128379 TCGCAACAAAGTCATGAACTCCAGCAACCAGCTCTGCGAGCAGCTCAAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CCATAGTCATGGCAACCAAGATGGCCGCCCTCCATTACCCCAGCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128429 CCATAGTCATGGCAACCAAGATGGCCGCCCTCCATTACCCCAGCACCACG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GCCCTGCAGGAAATGGTGCACCAAGTGACAGACCTTTCTAGAAATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128479 GCCCTGCAGGAAATGGTGCACCAAGTGACAGACCTTTCTAGAAATGCCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .
   2466 GCTGTTCAAGCGCTCTTTGCTGGAGATGGCAACGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128529 GCTGTTCAAGCGCTCTTTGCTGGAGATGGCAACGTTC